本條例第十三條第一項第七款所定有配額限制之魚種（以下稱配額限制魚種），於本辦法指秋刀魚。

我國於北太平洋之年度漁獲總配額，及各秋刀魚漁船之單船配額，由主管機關依各養護管理措施公告之。

配額限制魚種漁獲量達前項年度漁獲總配額百分之九十五，主管機關得命令秋刀魚漁船限期停止捕撈該配額限制魚種。

第一項配額使用期間由主管機關公告之，每年最長為一百八十日。

當年度我國於北太平洋賸餘之漁獲總配額，由主管機關統籌運用。

秋刀魚漁船年度單船許可配額以四千噸為上限。

前項所稱單船許可配額，指主管機關依本辦法核給之單船配額、受讓、申請分配與獎勵配額之總和，並扣除該船轉讓、減少及收回之配額。

秋刀魚漁船取得當年度作業許可者，始得核給當年度配額。

未全部取得第十二條之二第三項配額使用期間作業許可者，依許可月數占該期間之比率核給配額。秋刀魚漁船之經營者變更，原經營者所使用配額，超過其許可月數占該期間之比率時，核給新經營者該船當年度未使用之單船許可配額。

秋刀魚漁船有下列情形之一者，主管機關收回當年度未使用之單船許可配額：
一、船體滅失或受損致當年度顯無作業可能。但受讓他船之配額不予收回。
二、漁業證照經主管機關撤銷或廢止。
三、遠洋漁業作業許可經主管機關撤銷或廢止。

秋刀魚漁船所捕配額限制魚種之漁獲量，不得超過該船當年度之單船許可配額；超過者，應減少該船下一次及其後許可之年度配額至扣減完畢為止。

前項配額限制魚種漁獲量達單船許可配額百分之九十者，主管機關得令該船限期停止捕撈該配額限制魚種。<br />

秋刀魚漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際作業月數占第十二條之二第三項配額使用期間之比率核給當年度配額；已核給配額者，依比率收回其配額；當年度無配額可收回時，應減少該船下一次許可之年度配額：
一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。
二、遭外國政府扣押在港內。

秋刀魚漁船取得當年度作業許可，於當年九月三十日前未出港作業者，主管機關收回其單船配額之百分之五十。<br />

秋刀魚漁船之單船許可配額，符合下列規定者，得由魷秋公會協調，報經主管機關同意後，轉讓予其他秋刀魚漁船：
一、配額轉讓後，受讓配額漁船之配額不超過第十二條之三第一項上限規定。
二、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無受本條例第三十五條、第三十六條或第四十條處罰或處分情形。
三、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無依本條例第四十一條所處罰鍰或收回漁業證照處分，尚未繳納或未執行完畢情形。

主管機關得視當年度漁獲配額使用情形，公告可申請分配之配額。

秋刀魚漁船符合下列規定者，得申請前項配額：
一、秋刀魚漁船單船許可配額應達第十二條之二第一項公告之單船配額百分之八十。
二、秋刀魚漁船漁獲量達單船許可配額百分之八十，且未超過單船許可配額。

有下列情形之一者，主管機關不予核給第一項之配額：
一、前一許可年度配額限制魚種之漁獲量，超過該年度單船許可配額百分之十以上。
二、分配後單船許可配額超過第十二條之三第一項規定上限之部分。

申請取得之第一項配額，不得轉讓。

秋刀魚漁船配合主管機關執行相關試驗研究或管理措施者，主管機關得另核給獎勵配額。

前項獎勵配額，不得轉讓。