經營者申請所屬漁船次年度赴各漁區之作業許可者，應填具申請書（附件二），並檢附下列文件：
一、有效期限內之特定漁業證照影本；證照影本應有國際海事組織（IMO）船舶識別號碼。
二、最近三年內拍攝之下列彩色船舶照片及其電子檔；照片應能清楚辨識中英文船名及國際識別編號，其尺寸不得小於十二公分乘以七公分：
（一）呈現右船舷之完整全長及結構特徵之照片一張。
（二）呈現左船舷之完整全長及結構特徵之照片一張。
（三）直接從船後方拍攝船艉之照片一張。
三、經受託專業機構確認漁船之船位回報器可正常回報船位資料之證明文件。
四、經受託專業機構確認漁船之電子漁獲回報系統可正常回報漁獲資料之證明文件。
五、漁船最近一次進港或出港證明。

魷釣漁船經營者填具前項申請書時，應依第四條規定選擇其作業漁區，作業漁區可複選。<br />

申請漁船次年度作業許可者，應檢具前條規定之文件，於當年十月十五日前向台灣區遠洋魷魚暨秋刀魚漁船魚類輸出業同業公會（以下簡稱魷秋公會）登記，由魷秋公會彙整後，於當年十月三十一日前報送主管機關。

漁船有下列情形之一者，其經營者得檢具第五條第一項規定之文件，向主管機關申請作業許可，不受前條申請程序及期限規定之限制：
一、經營者變更。
二、租用他人漁船並取得漁業證照。
三、新船建造完成後取得漁業證照。
四、依漁業法第十一條第二項規定申請核准休業，休業終了復業。
五、換發漁業證照。
六、收回漁業證照處分執行完畢，或罰鍰繳納完畢。
七、取得當年度作業許可之運搬船，申請增加作業洋區。

申請作業許可案件經主管機關審查通過者，核發遠洋漁業作業許可證明書，許可期間最長為一年，且不得逾漁業證照有效期限。

遠洋漁業作業許可證明書，應以中英文記載下列事項：
一、證書編號。
二、船名、漁船統一編號、總噸位、漁船全長、漁業種類。
三、經營者姓名或名稱。
四、許可之作業洋區、作業漁區、作業期間。
五、國際識別編號。
六、IMO 船舶識別號碼。

經營者應於漁船上放置有效遠洋漁業作業許可證明書影本，以備檢查。

經許可作業之漁船，其申請書所載資料變更，或漁船外部特徵與已提交之船舶照片不同者，經營者應於變更後三個工作日內，向魷秋公會提供變更後之船舶資料或新拍攝照片，魷秋公會應於受理後三個工作日內報送主管機關。

已取得作業許可之魷釣漁船經營者，得隨時向魷秋公會登記，由魷秋公會報送主管機關申請新增作業漁區。