園區事業在生產過程中所產生之副產品、廢品、下腳等，均應按類別、性質依序儲存於倉庫或經管理局及海關認可之地點，屬半製品之廢品，並應分別列明以備查核。

前項所稱廢品，係指園區事業所有不堪使用之機器、設備、零組件或材料，其本身事業不能利用者；或未經製造過程，仍屬資產之一部分者；或其產品及設備因災害受損，本身事業不能利用，仍屬資產之一部分者。

第一項所稱下腳，係指園區事業在其製造過程中，所殘餘之渣滓、廢料，且該事業不能利用者；或非經產製過程所積存之渣滓、廢料、包裝從物，且不屬於資產之一部分者。

前條副產品、廢品、下腳等之報廢，應依下列規定處理：
一、有利用價值部分：由園區事業事前向管理局申請專案核准，並會同海關、稅捐稽徵機關現場監毀。屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目者，園區事業應另向管理局申請許可證，經海關依關稅法有關規定核定完稅價格計徵稅捐後，由園區事業補稅提領出區；上述作業園區事業得經管理局核准，以預估每年處理監毀數量，依其剩餘價值事先補稅。園區事業於海關及管理局監毀後，得在預先補稅額度內准予提領出區。
二、無利用價值部分：由管理局或委託專業機構會同海關監毀。

前項廢品、下腳等，其未在用料清表用料量中另列有損耗率或未經核准者，得核實沖銷保稅原料帳。

經核准處理之廢品、下腳等，園區事業應依據廢棄物清理法之規定處理。

第一項報廢銷毀案件，其經海關認證為安全認證優質企業之園區事業，經向管理局申請核准後得免監毀。

園區事業存倉過程中之保稅貨品遭受失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明文件並報請海關查明屬實者，應自失竊之翌日起三個月內補稅除帳；如有特殊情形，報經海關核准者，得申請提供保證金暫免補稅，最長不得超過六個月。期滿後仍未找回者，由海關逕以保證金抵繳稅款結案，找回之部分，海關應將保證金退還。

園區事業存倉過程中之保稅貨品屬觀賞水族動物者，因貨品之性質有殘食致無屍體殘骸情形而短少，且其短少部分在一定合理比率範圍內，園區事業得向海關申請核准除帳。

前項觀賞水族動物因殘食致無屍體殘骸情形而短少之合理比率範圍，由主管機關公告之；修正時，亦同。

第一項觀賞水族動物因貨品之性質有死亡情形且有屍體殘骸者，園區事業應向管理局申請派員監毀，並得向海關申請核實除帳。

第一項觀賞水族動物送各檢疫機關進行檢疫時，憑各相關機關核發之文件核實除帳。

園區事業間借入、借出及歸還原料、物料、燃料、半製品、成品，應由雙方聯名填具園區事業借入（出）原料、物料、燃料、半製品、成品申請書，向海關申報辦理驗放及進（出）廠手續，並由各該園區事業點收或歸還銷案後登入帳冊。

前項案件得依第五條及第六條規定，辦理自行點驗進（出）廠，並於進（出）廠五日內檢送園區事業借入（出）原料、物料、燃料、半製品、成品申請書向海關報備。

前二項由園區事業借出之原料、物料、燃料、半製品或成品，應自借出之日起三個月內歸還，逾期不還或未向海關銷案者，應即依第三十二條規定補辦通關及轉帳手續，其情節重大者，並得停止受理雙方園區事業借出入案件之申請半年。