主任秘書承長官之命，處理事務，其權責如下：
一、關於本署文稿之綜核、代判事項。
二、關於機密及重要文件之處理、分配事項。
三、關於各種重要會議之籌劃、參加事項。
四、關於與各機關之聯繫、協調及質詢調查案件之分辦事項。
五、關於行政業務之管制考核事項。
六、關於署長、副署長不在署時署務之代理事項。
七、關於分層負責權責範圍內事項之決定事項。
八、關於職責上應隨時提請署長、副署長注意之事項。
九、關於署長、副署長交辦事項。

技監承長官之命，處理事務，其權責如下：
一、關於技術性事務之審核事項。
二、關於技術業務執行之指導、監督事項。
三、關於技術之研究、發展、推動事項。
四、關於技術性法案之會核、審核事項。
五、關於署長、副署長交辦事項。

參事承長官之命，處理事務，其權責如下：
一、關於法案、命令之審核事項。
二、關於法令疑義解釋之審核事項。
三、關於法令公（發）布、廢止、修正案件之會核事項。
四、關於各省（市）環境保護單行法規之審查事項。
五、關於立法院審查本署有關法律案之列席事項。
六、關於出席各種法規審查及研究會議事項。
七、關於法規之整理及編輯之審核事項。
八、關於署長、副署長交辦事項。

本署處理事務，實施分層負責制度，逐級授權決定，其分層負責明細表另定之。