主管機關應擬具特種基金收支保管及運用辦法，報請行政院核定發布，並送立法院。但屬下列情形之一者，不適用之：
一、營業基金依國營事業管理法、各事業設立法律設立。
二、信託基金依法律、契約或遺囑設立。
三、非營業特種基金設立法律已明定基金之收支保管事項。

前條所定收支保管及運用辦法，應載明下列事項：
一、基金設立之目的。
二、基金之性質。
三、管理機關。
四、基金來源。
五、基金用途。
六、預、決算處理程序。
七、財務事務處理程序。
八、會計事務處理程序。
九、其他有關事項。

各特種基金資金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。

特種基金預算之編製、審議及執行，應依預算法之規定辦理。但國立大學校院校務基金之自籌收入，不在此限。

信託基金之預算，應配合年度預算籌編時程，由主管機關函送立法院。

每一特種基金均應訂定會計制度，凡性質相同或類似之基金，其會計制度得為一致之規定。

營業基金、信託基金、作業基金盈（賸）餘分配及虧損（短絀）填補之原則如下：
一、營業基金依預算法第八十五條規定辦理。
二、信託基金依其所定條件辦理。
三、作業基金之賸餘分配及短絀填補之項目如下：
（一）賸餘分配：
（二）短絀填補：

各特種基金之主管機關對所管各特種基金之營運績效、財務狀況，應切實督導考核，並得訂定督導考核相關規定。信託基金主管機關並應督促管理機關依第四條第四項規定辦理。

各特種基金有關收支之執行成效，得由審計部、財政部或中央主計機關依法隨時實地調查。

特種基金之決算，應依決算法之規定辦理。但國立大學校院校務基金之自籌收入，不在此限。