本辦法依新市鎮開發條例（以下簡稱本條例）第二十四條第四項規定訂定之。
本條例第二十四條第一項第一款所稱投資總額，指按開發主管機關核定之投資計畫實際購置全新供營業使用，且未適用投資抵減之機器、設備及建築物之總額，經扣除政府補助款後之總數額，並以稅捐稽徵機關核定數額為準。
本條例第二十四條第一項第一款所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指抵減稅捐稽徵機關核定之當年度營利事業課稅所得額按所得稅法規定稅率計算之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定之上一年度未分配盈餘按所得稅法規定稅率計算之應加徵稅額。
本條例第二十四條第一項第一款及第二款所稱開始營運，指開發主管機關核定之投資計畫所載完成之日。
本條例第二十四條第一項第二款所稱土地，指依法完成營利事業登記或工廠設立登記，且供該產業直接使用之土地；所定出售原營業使用之土地地價，以該次移轉計徵土地增值稅之地價為準；所定重購土地地價，以該次移轉原所有權人計徵土地增值稅之地價為準。
第一項所定購置，包括向他人購買、融資租賃取得、自行或委由他人製造（含興建），且供自行使用者。
前項所稱融資租賃取得，指公司承租機器、設備或建築物符合下列情形之一：
一、租賃期間屆滿時，機器、設備或建築物所有權移轉予承租人。
二、承租人於租賃期間得行使購買租賃機器、設備或建築物選擇權，且得以明顯低於選擇權行使日該機器、設備或建築物公允價值之價格購買。
三、租賃期間達租賃機器、設備或建築物經濟年限四分之三。
四、租賃開始日，最低租賃給付現值達租賃機器、設備或建築物公允價值百分之九十。
五、其他足資證明租賃機器、設備或建築物已移轉附屬於該機器、設備或建築物所有權所有之風險及報酬。
本條例第二十四條第一項適用稅捐減免地區之劃定，由開發主管機關就各該新市鎮特定區內已規劃整理完成之地區，視產業引進需要劃定範圍公告之。
申請適用本條例第二十四條第一項第一款之稅捐減免者（以下簡稱申請人），應符合下列資格條件：
一、經營符合行政院所定有利於新市鎮發展之產業，於開發主管機關公告劃定範圍後，在劃定範圍內新投資設立之股份有限公司或增資擴充之股份有限公司於公告劃定範圍內新設立分公司。
二、最近三年未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。
申請人應於開發主管機關依第三條規定劃定範圍公告後，依下列規定期限擬具投資計畫，送請開發主管機關核定，逾期申請者，不予受理：
一、屬新投資設立者，應自公司設立登記之日起六個月內。
二、屬增資擴充者，應自增資且完成分公司設立登記之日起六個月內。
前項投資計畫內容應載明下列事項：
一、申請人資料。
二、計畫目的。
三、營業項目。
四、預定購置全新機器、設備與建築物及公司設立登記建築物之規格、數量及金額。
五、機器、設備安裝地及建築物所在地。
六、計畫預定完成日期。
七、預期效益。
八、其他經開發主管機關規定應載明之事項。
申請人應於開始營運後六個月內，檢附購置機器、設備及建築物之相關證明文件，向原核定之開發主管機關申請核發股份有限公司投資於新市鎮特定區適用投資抵減證明（以下簡稱投資抵減證明），屆期未申請者，原核定投資計畫失其效力。
前項投資抵減證明格式，由中央主管機關定之。
申請人得於開始營運後，按下列規定抵減當年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：
一、於依第三條規定公告劃定範圍之日起五年內申請核發投資抵減證明者，按其投資總額百分之十五抵減當年度應納營利事業所得稅額。
二、於依第三條規定公告劃定範圍之日起第六年至第十年內，申請核發投資抵減證明者，其抵減率依前款規定減半。
自依第三條規定公告劃定範圍之日起第十一年以後申請核發投資抵減證明者，不予優惠。
原核定之投資計畫內容有變更時，申請人應於原核定之計畫所載完成日期前，向原核定之開發主管機關申請變更核定。但僅變更第五條第二項第四款規定事項，且變更金額累計未達新臺幣一百萬元者，免申請變更核定，並應於申請核發投資抵減證明時提出說明。
原核定之投資計畫內容有變更，未依前項規定申請變更核定者，開發主管機關應按原核定之投資計畫，就其完成部分，核發投資抵減證明。
開發主管機關核定、變更核定投資計畫或核發投資抵減證明，應副知申請人所在地之稅捐稽徵機關。
申請人申請投資抵減之機器、設備或建築物，以開發主管機關受理投資計畫之日起至開始營運前購置者為限。但申請人於劃定範圍公告後至開發主管機關受理投資計畫前購置全新之公司設立登記建築物，亦得抵減。
前項所定機器及設備之範圍如下：
一、在產製物品或提供勞務過程中所須之機器及設備。
二、品質檢驗或研究發展所須之儀器及設備。
三、防治污染及節約能源所須之設備。
四、廠區內之消防設備。
五、工業安全衛生設備。
六、起卸、堆置及搬運設備。
第一項所定建築物之範圍如下：
一、自行生產或營業用之營運辦公處所、管理處、分支機構、事務所、工廠、工作場、棧房、倉庫、建築工程場所等建築物及其附屬建築物。
二、擴建前款建築物增加其原有資產價值或效能之資本支出。
申請人應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依財政部規定格式填報投資抵減項目，並檢附投資抵減證明與購置機器、設備及建築物之相關證明文件，送請所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減營利事業所得稅額。
申請人依前項規定應填報或檢附之資料有缺漏，稅捐稽徵機關應通知限期補正，屆期未補正或補正不完全者，稅捐稽徵機關應不予受理。
依本辦法申請適用投資抵減之機器、設備及建築物，於核發投資抵減證明之次日起三年內出售、出租、出借、退貨、報廢、拍賣、失竊、經他人依法收回、變更原使用目的或遷移至依第三條規定公告劃定範圍以外之地區者，申請人應向稅捐稽徵機關補繳各該部分已抵減之營利事業所得稅，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報期限屆滿之次日起至繳納之日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
機器、設備及建築物因不可抗力之災害或事件致報廢者，不受前項規定之限制，申請人應自事實發生之次日起三十日內，檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其未依限報請稅捐稽徵機關派員勘查，而能提出確實證據證明其損失屬實者，仍得檢具損失清單及證明文件，向稅捐稽徵機關申請核實認定。
前項所稱不可抗力之災害或事件，準用所得稅法施行細則第十條之一第一項規定。
申請人依本辦法申請投資抵減營利事業所得稅額，經查明申請資料有虛報情事者，依所得稅法有關逃漏稅處罰及稅捐稽徵法有關停止並追回其享受租稅優惠待遇之規定處理。
土地所有權人於依第三條規定劃定範圍內重購有利於新市鎮發展產業營業所需土地，申請依本條例第二十四條第一項第二款規定退還已納土地增值稅者，應由土地所有權人檢同原出售及重購土地向地政機關辦理登記時之契約文件及合於重購退稅之相關證明文件影本，向原出售土地所在地之主管稽徵機關申請辦理。
重購土地及出售土地不在同一直轄市、縣（市）者，依前項規定受理申請退稅之主管稽徵機關，應函請重購土地所在地主管稽徵機關查明有關資料後再憑辦理；其經核准退稅後，應即將有關資料通報重購土地所在地主管稽徵機關。
重購土地所在地之主管稽徵機關對已核准退稅之案件及前項受通報之資料，應裝冊保管，每年應定期清查，發現重購土地自完成移轉登記起五年內再轉讓或經會同相關主管機關認定改作非獎勵範圍內產業之用途者，應追繳原退還稅款。
土地所有權人依本條例第二十四條第一項第二款規定申請退還已納土地增值稅者，其出售原營業使用土地，以出售前一年內，未出租且繼續營業使用者為限。
本辦法自發布日施行。