各級政府於重要濕地或第十五條第二項規定納入整體規劃及管理範圍之其他濕地及周邊環境內辦理下列事項時或其計畫有影響重要濕地之虞者，應先徵詢中央主管機關之意見：
一、擬訂、檢討或變更區域計畫、都市計畫或國家公園計畫。
二、實施環境影響評估。
三、審核或興辦水利事業計畫。
四、審核或興辦水土保持計畫。
五、其他各目的事業主管機關審核興辦事業計畫或開發計畫。
六、其他開發或利用行為經各目的事業主管機關認有必要者。

重要濕地範圍內之土地得為農業、漁業、鹽業及建物等從來之現況使用。但其使用違反其他法律規定者，依其規定處理。

前項從來之現況使用，由主管機關會同目的事業主管機關認定之；其認定基準日，以第十條第一項重要濕地評定之公開展覽日為準。

第一項範圍內之私有土地權利人增設簡易設施或使用面積有變更者，應經主管機關之許可。

第一項從來之現況使用，對重要濕地造成重大影響者，主管機關應命土地開發或經營單位及使用人限期改善，並副知其目的事業主管機關。但因故無法發現土地開發或經營單位、使用人時，得命權利關係人、所有權人或管理人限期改善。必要時，得輔導轉作明智利用項目。

前項使用屆期未改善或未轉作明智利用項目，而違反本法相關規定，致重要濕地無法零淨損失者，除應依本法規定處罰外，並應依第二十七條規定實施衝擊減輕、異地補償及生態補償。

重要濕地範圍內之土地，主管機關為實施保育利用計畫之必要，得依法徵收、撥用或租用。

重要濕地範圍內之公有土地，經主管機關同意，得委託民間經營管理。

前項受委託經營管理者之資格條件、經營管理計畫應記載事項、經營管理方式、委託之程序、期限、終止、監督及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

重要濕地應依重要濕地保育利用計畫經營管理，除合於本法或漁業法之使用者外，於重要濕地內以生產、經營或旅遊營利為業者，應向所屬主管機關申請許可，並得收取費用；相關經營收益，應繳交一定比率之回饋金。

前項經營管理之許可、收費、運用、回饋金繳交比率、會計稽核及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

主管機關執行第六條第二項進入公私有土地、第十二條第四項所定公告禁止或限制事項，或第二十一條第四項濕地保育輔導轉作明智利用項目規定，致土地所有權人、經營人、使用人或權利關係人受有損失者，應予合理補償。

前項補償金額、方式及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

非經主管機關許可，重要濕地範圍內禁止從事下列行為。但其他法律另有規定者，從其規定：
一、擅自抽取、引取、截斷或排放濕地水資源及改變原有水資源系統。
二、挖掘、取土、埋填、堆置或變更濕地地形地貌。
三、破壞生物洄游通道及野生動植物繁殖區或棲息環境。
四、於重要濕地或其上游、周邊水域投放化學物品，排放或傾倒污（廢）水、廢棄物或其他足以降低濕地生態功能之污染物。
五、騷擾、毒害、獵捕、虐待、宰殺野生動物。
六、未經目的事業主管機關許可之砍伐、採集、放生、引入、捕撈、獵捕、撿拾生物資源。

主管機關應依實際濕地保育情形，對於下列具有公共利益之事項得予適當獎勵及表揚：
一、濕地生態之保育及復育。
二、濕地環境教育之推廣。
三、濕地保育與明智利用之科學、技術、研究及藝文創作。
四、濕地友善產品或產業之創新、研發及行銷。
五、濕地之認養、基金與私人土地之捐贈及人工濕地之營造。
六、其他與濕地保育有關之行為。