本辦法依促進民間參與公共建設法（以下簡稱本法）第三十六條第三項規定訂定之。

本辦法用詞，定義如下：
一、課稅所得：指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之所得額，減除所得稅法第三十九條第一項但書規定經稽徵機關核定之前十年內屬於該重大公共建設之各期虧損後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。
二、免納營利事業所得稅：指前款課稅所得，依本法第三十六條規定免計入民間機構課稅所得計算其應納之營利事業所得稅額。
三、開始營運：指民間機構與主辦機關依本法規定簽訂之參與重大公共建設投資契約約定首次開始營運時。如因情事變更重新約定者，從其約定。
四、有課稅所得之年度：指民間機構參與重大公共建設，實際投資於公共建設達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得之年度；或申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得之年度。

民間機構參與重大公共建設免納營利事業所得稅之範圍，以經營重大公共建設之下列所得（明細如附表）為限；經營附屬事業之所得，不適用本辦法：
一、交通建設：
（一）鐵路：客運所得及貨運所得。
（二）公路：通行費所得。
（三）市區快速道路：通行費所得。
（四）大眾捷運系統：客運所得。
（五）輕軌運輸系統：客運所得。
（六）轉運站：勞務所得。
（七）航空站與其設施：航空站業務所得及租金所得。
（八）港埠與其設施：港灣業務所得及棧埠業務所得。
（九）停車場：停車費所得。
（十）橋梁、隧道：通行費所得。
二、共同管道：共同管道出租之所得及共同管道管理維護之所得。
三、環境污染防治設施：環境污染防治及環境污染物清理之所得、農業生產廢棄物處理場處理製造後之成品出售所得。
四、污水下水道：用戶使用下水道使用費所得。
五、自來水設施：用戶使用自來水水費所得、用戶接用自來水外線工程費所得及民間機構售水給自來水事業所得。
六、水利設施：海水淡化處理及工業區污水廠放流水回收後之出售所得。
七、衛生醫療設施：勞務所得、疫苗製造工廠製造疫苗出售所得。
八、社會福利設施：殯儀館及火葬場設施使用費所得、社會住宅出租之所得。
九、文教設施：勞務所得。
十、觀光遊憩設施：勞務所得、依森林法規定設置之森林遊樂區事業所得。
十一、電業設施：售電所得。
十二、公用氣體燃料設施：售氣所得。
十三、運動設施：業務所得。
十四、商業設施：
十五、政府廳舍設施：租金所得及勞務所得。

民間機構經營重大公共建設、其附屬事業及非屬重大公共建設業務之成本費用，應分別辨認歸屬，自各相關收入中減除；其無法分別辨認歸屬者，應按重大公共建設、其附屬事業及非屬重大公共建設業務之營業收入比例分攤之。

民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅者，免稅年限為五年。

前項免稅年限應連續計算，不得中斷。民間機構在免稅期間內，應按所得稅法規定之固定資產耐用年數，逐年提列折舊。

民間機構參與重大公共建設，實際投資達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得者，應自所得稅結算申報日之次日起六個月內；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起六個月內，檢具下列文件，向財政部申請核准免納營利事業所得稅：
一、公司登記證明文件影本。
二、主辦機關核准參與重大公共建設之文件。
三、重大公共建設主辦機關核發之營運證明文件影本。
四、主辦機關審核重大公共建設符合第三條第一項所定免稅獎勵範圍之證明書；證明書上應載明民間機構名稱、統一編號、地址、申請日期、重大公共建設類別、參與重大公共建設之方式、主辦機關核定參與重大公共建設之日期、開始營運之日期、符合本法重大公共建設範圍規定要件及其日期、免稅所得項目、實際投資金額（不含土地）。
五、重大公共建設申報有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅核定稅額通知書影本。以上情形，並均應檢附該重大公共建設之課稅所得計算表。
六、主辦機關查核證明之機器、設備及新建主體建物清單；清單上應載明截至有課稅所得之年度末日止，重大公共建設所購置或興建機器、設備之名稱、性能、用途、廠別、出廠、購入或進口日期、數量、金額及新建主體建物之工程成本明細表。

前項重大公共建設申報有課稅所得者，民間機構應於辦理有課稅所得之年度所得稅結算申報期間屆滿前；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起三個月內，向主辦機關申請核發前項第四款所定證明書及第六款所定機器、設備及新建主體建物清單。主辦機關應自民間機構申請之次日起三個月內核發，並副知財政部賦稅署及民間機構所在地之稅捐稽徵機關。

民間機構依本法第三十六條第二項規定選定延遲開始免稅之期間，應自有課稅所得之年度起四年內，依下列規定向財政部申請核准延遲開始免稅；逾期申請者，除符合第三項規定外，不予核准：
一、與申請適用免納營利事業所得稅同時申請者，於同一申請書內敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。
二、於核准免納營利事業所得稅後始行申請者，應另備申請書，敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。

民間機構依前項規定申請延遲開始免稅者，應於有課稅所得之年度次年起三個年度中，擇一年度開始適用免稅；擇定後，除符合第四項規定外，不得變更。

民間機構所得稅結算申報自行申報該重大公共建設無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，如其核定稅額通知書送達之次日已逾第一項規定得申請延遲免稅之期限，或未逾該期限而賸餘期間不足三個月，得自核定稅額通知書送達之次日起三個月內，敘明自行選定延遲開始免稅之期間及其會計年度起訖日期，向財政部申請核准延遲開始免稅。逾期申請者，不予核准；其經核准者，除符合第四項規定外，不得變更。

民間機構已依前條或第一項規定開始適用免稅，如其以前年度所得稅結算申報自行申報該重大公共建設無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得，得以核定有課稅所得之年度為準，依本法第三十六條第二項規定向財政部申請選定或重新選定延遲開始免稅之期間；其選定開始免稅之年度不得遲於原選定開始適用免稅之年度。

前項申請應於核定稅額通知書送達之次日起三個月內為之；逾期申請者，應自核定有課稅所得之年度起開始免稅。

適用本辦法之民間機構未能於第五條規定期限內檢齊文件而有正當理由者，得於該條規定期限內提出補送文件之申請，並應於該條規定期限屆滿之次日起九十日內補送齊全。

民間機構逾第五條規定之申請期限或前項規定補送文件之期限者，財政部仍得於本法第三十六條規定自有課稅所得之年度起五年免納營利事業所得稅之獎勵期間內，就賸餘期間核定免稅。但賸餘期間不足一個月之畸零日數，不予獎勵。

前項賸餘期間，自應送文件檢齊之當日起算。

民間機構有下列情形之一者，不得適用本法第三十六條規定免納營利事業所得稅之獎勵：
一、經營重大公共建設之所得已依其他法令規定享受免徵營利事業所得稅優惠。
二、未依所得稅法第七十一條辦理結算申報。
三、免稅期間之各年度結算申報、當期決算或清算申報有短漏報所得額情事，受所得稅法第一百十條規定處分。但短漏報之所得額依短漏報年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣二十萬元或短漏報之所得額占全年所得額之比率不超過百分之十者，不在此限。

民間機構全年所得額為零或負數者，不適用前項第三款但書後段短漏報之所得額占全年所得額比率之計算規定。

民間機構有本法第五十二條或第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，應依下列規定辦理：
一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構者，其未經核定賸餘期間之營利事業所得稅，不得繼續依本辦法適用免稅。
二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構者，應向稅捐稽徵機關補繳已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。

民間機構已依本法第三十六條規定免納營利事業所得稅，經主辦機關認定其參與之公共建設不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍者，應向稅捐稽徵機關補繳全部已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。

主辦機關依第一項規定終止投資契約，或依前項規定認定民間機構參與之公共建設不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，通知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。

本辦法自發布日施行。但中華民國一百零九年五月十八日修正發布之第三條第一項第十五款自一百零六年十一月二十七日施行，第八款自一百零八年六月十日施行。