本條例第十五條所定使用統一發票之納稅義務人應依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法之規定，設置並保存帳簿、憑證及會計紀錄。

產製廠商應設置下列輔助帳簿：
一、原料明細分類帳：根據進貨發票及製造部門之領料、退料憑證等記載；主要原料均應辦理入倉手續。
二、製成品明細分類帳：根據製造部門之交班竣工報告表，及其入倉、出廠或移付加工通知單等，按類名分別記載。
三、倉儲登記簿：各倉棧分別設立，記載原料、製成品及半製品等收發數量。
四、免稅登記簿：記載出廠應稅特種貨物依法免稅事項。
五、原料免稅登記簿：記載有關以應稅特種貨物加工為另一應稅特種貨物之免稅原料，及其入廠、領用事項。
六、退廠整理及改裝改製登記簿：根據銷貨退回及有關倉儲、加工等紀錄憑證，分按退廠整理及改裝改製情形，詳實記錄掉換、補充或損耗之數量。

產製廠商原有設立帳簿，具有前項各款帳簿之性質及功能者，得報經工廠所在地主管稽徵機關備查並繼續沿用，或酌為增減修正。

規模狹小之產製廠商，對於設置第一項各款輔助帳簿確有困難者，得向工廠所在地主管稽徵機關申請核准，以規定格式之產銷日記簿替代。

產製廠商每次出廠特種貨物之數量，應分類按出廠時序批次詳為登載，並逐次累計，以備查核。

納稅義務人依本條例第六條規定適用免徵特種貨物及勞務稅者，應保存下列文件，以備稽徵機關查核：
一、供作產製另一應稅特種貨物者，為採購免稅特種貨物之產製廠商工廠所在地主管稽徵機關核准免稅文件。
二、運銷國外者，為出口報單。
三、參加展覽者，為產製廠商工廠所在地或展覽地主管稽徵機關核准免稅出廠或進口之證明文件。
四、專供教育、研究或實驗之用，或專供參加國際比賽及訓練之用者，為主管機關出具之證明文件或該公私立各級學校、教育或研究機關（構）出具之驗收證明等文件。
五、專供研究發展、公共安全、緊急醫療救護、或災難救助用之小客車，為主管機關出具之證明文件。
六、非供自用之飛機、直昇機及超輕型載具，為主管機關出具之證明文件。

本條例第二條第一項第二款至第六款規定之特種貨物，有下列情形之一者，應依本條例第十六條規定申報繳稅：
一、在廠內加工為非應稅特種貨物。
二、產製廠商以其產製供銷售之特種貨物，轉供自用。
三、產製廠商註銷登記時庫存應稅未稅之特種貨物。

運銷國外之特種貨物，於出口後因故退貨，除退運回廠應由該貨物之產製廠商先向工廠所在地主管稽徵機關申請核准免稅，檢附上開證明文件向進口地海關申請免稅復運進口外，應依本條例第十六條第六項規定申報繳稅。

納稅義務人以特種貨物或特種勞務與他人交換貨物、勞務、特種貨物或特種勞務者，其銷售價格應以換出或換入之時價，從高認定。

本條例第二十條所定主管稽徵機關應通知補辦或改正期限，不得超過通知送達之次日起算十五日。

本條例第二條第一項第二款至第六款規定之已稅特種貨物出廠後，因故退回原廠者，得憑退貨交運單等文件自行退運，並依下列規定辦理：
一、退廠整理：退廠整理後該特種貨物之品質、外觀、形狀及售價均未變更，准免稅復運出廠。
二、改裝改製：產製廠商應事先申請工廠所在地主管稽徵機關核准後，憑完稅證明文件退稅或抵繳；俟改裝改製完竣後，再併同當月份出廠應稅特種貨物，報繳應納稅款。

本條例第二條第一項第二款至第六款規定之已稅特種貨物經銷售使用後，因故退換之新品，應依法課徵特種貨物及勞務稅。