鮮貨、易腐物品、活動物、植物、有時間性之新聞及資料、危險品、放射性元素、骨灰、屍體、大宗及散裝貨物及其他特殊情形，得核准船（機）邊驗放或船（機）邊免驗提貨。
海關對申報轉運至國內其他關區、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區或自由貿易港區之進口貨物，得於轉運時查驗之。
海關辦理人工查驗，得視貨物進口人、報關業者、起運口岸、生產國別、貨物特性、稅則號別及輸出入規定等因素決定以簡易查驗、一般查驗或詳細查驗之方式為之，並得由海關之電腦系統或派驗報單主管人員決定指櫃、指位或查驗件數。
海關辦理儀器查驗得由海關之電腦系統或派驗報單主管人員決定指櫃查驗。
下列進口貨物應予免驗：
一、總統、副總統應用物品。
二、駐在中華民國之各國使領館外交官、領事官及其他享有外交待遇之機構與人員之公用或自用物品，經外交部或其授權之機關證明者。但必要時，海關仍得查驗，並通知進口人及外交部禮賓司洽有關使領館或機構派員會同辦理。
三、其他專案核准免驗物資。
下列進口貨物得予免驗：
一、包裝、重量相同，或散裝進口之大宗貨物，或笨重之機器及器材，經審核其提貨單、裝箱單、發票等證件認為無異狀者。
二、軍政機關進口貨物。
三、公營事業機構進口貨物。
四、供緊急救難用之進口器材與物品。
五、國內公私立大學進口貨物。
六、私人餽贈之進口物品郵包，數量零星者。
七、靈柩或骨灰。
八、其他經海關核准廠商之進口貨物。
進口貨物如有溢裝，或實到貨物與原申報不符，或夾雜其他物品進口情事，係出於同一發貨人發貨兩批以上，互相誤裝錯運，經舉證證明，並經海關查明屬實，免依關稅法及海關緝私條例有關規定論處。
進口貨物於查驗時，未發現有短裝情事，收貨人如獲悉有部分短裝者，得於提領出倉前，向海關申請複驗。
未查驗之進口貨物於完稅提領出倉後，始發現短裝者，收貨人應於貨物提領出倉之翌日起一個月內，檢具有關證明文件如公證報告、發貨人證明函電等向海關申請核辦，經查明屬實者，得對補運進口之短裝部分，免予課徵關稅。如係機器設備，得於安裝就緒，試車之翌日起三個月內申請核辦。
一般電子工廠進口外銷電子裝配零件經提領出倉後，發現短裝或溢裝，應按下列方式處理：
一、進口原料基於零件項目繁多，體積細小，點數困難，致有短裝或溢裝情事者，收貨人得於貨物提領出倉之翌日起一個月內，檢具有關文件如公證報告、發貨人證明函電等向海關申請准予調整數量。
二、進口原料，如非細小零件，其經核明具有特殊用途，無法移作他用，在國內市場無脫售圖利之可能者，收貨人得於貨物提領出倉之翌日起一個月內，檢具有關短裝或溢裝證件，向海關申請准予調整數量。
海關管理保稅工廠進口保稅原料，有短裝、溢裝情事，依下列方式處理：
一、進口保稅原料於進口地海關驗放提領進廠後，廠方自行發現溢裝情事，經向監管海關申請更正者，不論是否業經進口地海關查驗，准予核實登帳，免按海關緝私條例論處。
二、進口保稅原料於進口地海關驗放提領進廠後，廠方自行發現短裝情事，如其實到數量短少未逾所申報數量百分之五，且其短少原料之貨價在美金一千元以下者，廠方應於提領出倉之翌日起一個月內，以書面向監管海關報備，並自行依實到數量調整登帳。
三、進口保稅原料如其實到數量短少逾前款規定標準者，廠方應於提領出倉之翌日起一個月內檢具有關文件如公證報告、發貨人證明函電等以書面向監管海關申請核辦。其經查明屬實者，得辦理免稅補運短裝部分之原料，或依實到數量調整登帳。
加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、自由貿易港區之區內事業、保稅倉庫及物流中心進口保稅物品，有短裝、溢裝情事者，準用前項規定辦理。
進口危險品、氣體、易受污染變質或受損之貨物，進口人應於海關查驗貨物前，提供貨物之毒性、易燃性、易爆性、化合性、氣體壓力或其他特性等查驗應注意事項，以書面向海關說明。
前項貨物，經查驗單位認定貨物包裝本體如經開啟，確有發生危害或致使貨物受損或受汙染變質之虞，且貨物為原製造廠原封者，得免開啟查驗。
整裝貨櫃進口貨物，得經海關核准在碼頭、機場、貨櫃場、海關儀檢站、貨櫃集中查驗區、工廠驗放或直接卸存工廠查驗；合裝貨櫃應於拆櫃進倉後查驗，必要時得經海關核准在工廠驗放。
大宗貨物如有關稅法第五十條之破損短少情形，查驗時無法核明者，得應納稅義務人之申請，先予放行，並於提貨時，在駐船關員、駐庫關員或貨棧自主管理之專責人員監視下，會同公證行查明破損短少情形，以憑辦理退還溢徵之稅費。
核定人工查驗之進口貨物，報關人應自報關之翌日起十日內；快遞貨物應自報關之翌日起三日內申請並會同海關查驗，屆期仍未申請查驗或申請展延查驗期限者，應由海關書面通知倉庫管理人預定會同查驗時間，並副知報關人或納稅義務人。
前項倉庫管理人會同查驗時，應配合辦理代辦貨物之搬移、拆包或開箱及恢復原狀等事項，並在報單背面簽署有關破損或數量、重量不符，或有其他虛報情事等查驗結果。
核定儀器查驗之進口貨物，報關人應自海關電腦發送儀器查驗訊息通知之翌日起十日內申請查驗，屆期仍未申請查驗或申請展延查驗期限者，應由海關書面通知倉庫管理人預定查驗時間，並副知報關人或納稅義務人。
前項倉庫管理人應配合將進口貨物運送至海關儀檢站受檢。
查驗過程中如發現影像異常，準用第十三條第三項及第二十六條第二項規定。