爭議處理機構應設董事會，置董事七人至十一人。

董事之任期三年，連選（派）得連任，每屆期滿連任之董事，不得逾全體董事人數三分之二。

董事會應由全體董事三分之二以上之出席，出席董事過半數之同意，選出董事一人為董事長，經本會核可後生效。

董事會由董事長召集之，並為主席。董事長因故不能召集及主持會議時，由董事長指定董事一人代理，董事長未指定代理人時，或不為召集時，由董事互推一人召集及主持會議。

董事會每三個月至少舉行一次，必要時得召集臨時董事會。

爭議處理機構董事會之議事錄，應於決議之日起五日內函報本會備查。

董事會職權如下：
一、基金之籌措、管理及運用。
二、董事長之推選及解聘。
三、評議委員會評議委員之遴選。
四、業務規則之訂定或修改。
五、內部組織之訂定及管理。
六、工作計畫之研訂及推動。
七、年度預算及決算之審定。
八、捐助章程變更之擬議。
九、不動產處分或設定負擔之擬議。
十、其他章程規定事項之擬議或決議。

董事會之決議應有二分之一以上董事出席及出席董事過半數之同意。

前項會議，董事應親自出席，若有特殊事由，得載明授權範圍並出具委託書，委託其他董事代理出席。但每名董事以代理一名為限。

董事或監察人執行職務時，有利益衝突者，應自行迴避。但董事長推選及董事改選時，不在此限。

前項所稱利益衝突，指董事或監察人得因其作為或不作為，直接或間接使本人或其關係人獲取利益或減少損失者。

爭議處理機構對於下列事項，應經董事三分之二以上出席，及出席董事四分之三以上之同意行之：
一、章程變更。
二、組織規程之訂定及變更。
三、法人之解散或目的之變更。
四、不動產之購置、處分或設定負擔。
五、申請貸款。
六、超過一定金額以上之採購支出。
七、基金保管運用方式之變更。

前項第一款章程變更，如有民法第六十二條或第六十三條之情事，本會得聲請法院為必要處分。

第一項第一款至第三款及第六款事由應報經本會核可後，始得為之。

第一項事項之討論，應於會議十日前將議程通知全體董事，並報請本會備查，本會得派員列席。

第一項第六款之一定金額，由本會定之。

爭議處理機構置監察人一人至三人。

監察人得隨時調查爭議處理機構之業務及財務狀況，查核簿冊文件，並得請求董事會提出報告。

監察人各得單獨行使監察權，發現董事會執行職務有違反法令、捐助章程或業務規則之行為時，應即通知董事會停止其行為，同時副知本會，並於三日內以書面敘明相關事實函報本會。

第七條第二項之規定，於監察人準用之。

爭議處理機構內部單位之組織、員額編制及職稱，應訂定組織規程，並申報本會核定，修改時亦同。

前項各單位副主管以上之人員異動，應於異動後十五日內報請本會備查。

爭議處理機構對人員之進用、待遇、考勤、獎懲、訓練、進修、退休、資遣、撫卹等，應訂定人事管理規定，申報本會核定；修正時，亦同。

爭議處理機構對人員待遇之支給，除前項人事管理規定訂定者外，不得另立科目支給。

爭議處理機構之經理人及受雇人不得以任何方式兼任金融服務業之任何職務或名譽職位。

爭議處理機構之經理人及受雇人於執行職務涉及本身利害關係時，應行迴避。

爭議處理機構之董事、監察人、經理人及受雇人，不得有下列行為：
一、對非依法令所為之查詢，洩漏職務上所獲悉之秘密。
二、對於職務上或違背職務之行為，要求期約或收受不正當利益。
三、其他違反金融法令或本會規定應為或不得為之情事。