運用研發成果所獲得之收入包括授權金、權利金、價金、股權及其他權益。

執行單位運用研發成果所獲得總收入之一定比率，應交由本部繳交國庫或循預算程序撥入行政院指定之基金。

執行單位如為公、私立學校或政府研究機關（構）者，其繳交收入之比率為百分之二十。

前項以外之執行單位，其繳交收入之比率為百分之四十。

本部提供金額占科技計畫總經費百分之五十以下者，執行單位繳交收入之比率由雙方約定之或免繳之。

本部基於整體產業發展或依本辦法績效評估之結果，得專案核定執行單位繳交收入之比率，不受第一項至第三項規定之限制。

執行單位及產學研合作對象運用產學研合作研發成果，應就各自所獲得之收入，依前條規定繳交之。

產學研合作對象提供金額超過科技計畫總經費百分之五十者，其繳交收入之比率由本部專案核定。

執行單位應將運用研發成果所獲得之收入，分配一定比率予研發人員及其他有關人員，作為獎勵。

前項獎勵之方式、範圍、比率及其他相關事宜，執行單位應訂定規範，並報本部備查。

執行單位應自行負擔下列各款費用：
一、研發成果之維護及確保費用。
二、研發成果之推廣及管理費用。
三、其他相關費用。