生產品質管制，應符合下列規定：
一、確定生產之品質管制點應；有管制溫度、溼度、酸鹼（pH）值、水活性、壓力、流速、時間或其他必要事項者，應建立管制方法及基準。
二、關鍵之設施、設備或製程，於維修或變更後，應確認其恢復或變更狀態及性能，或查證其有效性。

成品品質管制，應符合下列規定：
一、依品質規格、檢驗項目、驗收標準、抽樣計畫、檢驗方法或其他管制規定，確實執行。
二、健康食品之營養素或具有保健功效之成分，應符合管制項目及基準。
三、依留樣保存計畫，保留每批成品至有效日期。
四、建立品質保證制度及訂定不符合品保要求健康食品之處理程序，並依該程序執行。

檢驗及量測品質管制，應符合下列規定：
一、依中央主管機關公告之檢驗方法檢驗；未公告檢驗方法者，依國際間認可之方法檢驗。有必要採用簡便方法檢驗者，應定期與上開方法核對。
二、保健功效成分或品管指標成分之檢驗方法，其於執行檢驗前，應先經查證或確效程序，並確認其檢驗單位之檢驗能力。
三、檢驗中可能產生之生物性、物理性及化學性污染源，應建立有效管制措施。
四、定期校正檢驗儀器、測量器或記錄儀，維持其準確性。

不合格品之管制，應符合下列規定：
一、明顯標示，並置於特定區域。
二、除經品質管制部門確認符合安全或衛生標準外，不得再行加工。

退貨品之管制，應符合下列規定：
一、明顯標示，並置於特定區域。
二、除經品質管制部門確認符合安全或衛生標準外，不得再行加工、改標或販賣。