第一類漁港及第二類漁港分別由中央主管機關或直轄市、縣（市）主管機關置專任人員管理之。

主管機關應逐年編列預算，辦理各漁港基本設施管理及維護工作，並向使用者收取管理費。但本國籍漁船、公務船舶或緊急避難船舶免收管理費。

前項管理費收費類目及費率之標準，由中央主管機關定之。

主管機關應編列預算，辦理各漁港公共設施管理及維護工作，並得委託漁港所在地漁會、其他法人或團體管理及維護。

漁港一般設施優先由漁港所在地漁會，依漁會法第四條所規定任務及漁港計畫擬訂投資計畫，以價購方式取得土地或向主管機關租用土地，申請建設、經營，並取得地上物所有權。

漁港所在地漁會因人力、物力不足，無法依前項規定辦理時，得循公開招標方式公告徵求投資人依據漁港計畫擬訂投資計畫，以價購方式取得土地或向主管機關租用土地，申請建設、經營，並取得地上物所有權，或由主管機關提供土地無償使用，由投資人以投資建設、經營，經營期滿移轉該設施之所有權予主管機關之方式辦理之。

前二項租用之土地，不得設定地上權。

主管機關應依漁港規模、水域，公告得設籍停泊該漁港漁船之總噸位及艘數。

主管機關得依漁港區域實際使用狀況，限制設籍漁船以外船舶入港停泊。但為緊急避難者，不在此限。

船舶進出漁港，除應依有關法令規定實施檢查外，本籍漁船以外船舶應先經主管機關之核准。

船舶未經核准任意進港或進港船舶不依規定區域停泊者，主管機關得逕予移泊；其費用，由船舶所有人或船長負擔。

漁港區域內之沉船、物資、漂流物、污染物及船筏，有危害、妨礙進出船舶航行、停泊或污染漁港區域之虞或情形者，主管機關得依下列方式處理：
一、通知沉船、物資、漂流物、污染物及船筏所有人限期打撈清除；屆期未打撈清除者，視同廢棄物逕予清除。
二、因時間急迫，必須緊急處理者，逕予打撈清除。

前項第一款之所有人不明或無法通知者，以公告方式為之。

第一項各款所需之費用，由所有人負擔。

在漁港區域內，不得為下列行為：
一、危害安全及妨礙船舶航行行為。
二、排放有毒物質、有害物質、廢油。
三、排放廢污水或任意投棄廢棄物。
四、採捕或養殖水產動植物。
五、其他經主管機關依法公告禁止之行為。

違反前項各款行為之一者，海岸巡防機關應採取適當措施制止之。

漁港主管機關在不妨礙港區作業、安全及不造成港區污染情況下，應指定區域，訂定相關措施，公告開放民眾垂釣，不受第一項第四款之限制。

在漁港區域內為下列行為者，應向主管機關申請核准：
一、打撈沉船、物資或漂流物。
二、設置浮標、立標。
三、在水面浮標、立標及其他航路標誌上，栓繫繩纜或船具。
四、探採礦或採取土石。
五、拆解船舶。
六、試俥。
七、在漁港區域陸地上放置船舶或其他物料。
八、敷設、變更或拆除給水、給油、排水、電力、電信、瓦斯等管道及設備。
九、疏浚工程。
十、開闢及修建道路。
十一、爆破作業。
十二、其他經主管機關基於維護漁港安全、環境衛生及船舶航行需要，公告應經核准之行為。

前項核准得為附款，其因漁港建設需要或妨礙漁港安全及管理者，主管機關得變更或廢止之。