本條例第十三條第一項第七款所定有配額限制之魚種（以下稱配額限制魚種），於本辦法指大目鮪、北大西洋長鰭鮪及南大西洋長鰭鮪、北大西洋劍旗魚、南大西洋劍旗魚、黑皮旗魚、南大西洋短鰭馬加鯊、大西洋白旗魚及圓鱗旗魚。

我國於大西洋之年度漁獲總配額（以未處理之全魚重量計，以下稱配額者，亦同），及各鮪延繩釣漁船之單船配額，由主管機關依各養護管理措施公告之。

配額限制魚種漁獲量達前項年度漁獲總配額百分之九十五，主管機關得命令鮪延繩釣漁船限期停止捕撈該配額限制魚種。

第一項配額使用期間為當年一月一日至十二月三十一日。

當年度我國於大西洋賸餘之漁獲總配額，由主管機關統籌運用。

鮪延繩釣漁船年度單船許可配額上限如下：
一、大目鮪組：大目鮪四百公噸。
二、北長鰭鮪組：北大西洋長鰭鮪六百公噸。
三、南長鰭鮪組：南大西洋長鰭鮪七百公噸。

前項所稱單船許可配額，指主管機關依本辦法核給之單船配額、受讓、申請分配與獎勵配額之總和，並扣除該船轉讓、減少及收回之配額。

取得當年度作業許可者，始得核給當年度鮪延繩釣漁船之配額。

未取得全年度作業許可者，依許可月數占全年度之比率核給配額。鮪延繩釣漁船之經營者變更，原經營者所使用配額，超過其許可月數占全年度之比率時，核給新經營者該船當年度未使用之單船許可配額。

鮪延繩釣漁船有下列情形之一者，主管機關收回當年度未使用之單船許可配額：
一、船體滅失或受損致當年度顯無作業可能。但受讓他船之配額不予收回。
二、漁業證照經主管機關撤銷或廢止。
三、遠洋漁業作業許可經主管機關撤銷或廢止。

鮪延繩釣漁船所捕配額限制魚種之漁獲量，不得超過該船當年度之單船許可配額；超過者，應減少該船下一次及其後許可之年度配額至扣減完畢為止。

前項配額限制魚種漁獲量達單船許可配額百分之九十者，主管機關得令該船限期停止捕撈該配額限制魚種。<br />

鮪延繩釣漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際出海作業月數占全年度之比率核給當年度配額；已核給配額者，依比率收回其配額；當年度無配額可收回時，自該船下一次許可之年度配額中扣回：
一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。
二、遭外國政府扣押在港內。

漁船經核准以出租方式對外漁業合作期間，不核給漁獲配額。已核給者，主管機關依核准對外漁業合作月數占全年度之比率收回當年度配額；當年度無配額可收回時，自該船下一次許可之年度配額中扣回。

鮪延繩釣漁船依第十三條規定與其他漁船互換作業洋區或作業組別，其後續許可期間之漁獲配額為對方尚未利用之單船許可配額。但不得超過第二十二條之一第一項規定上限。

大目鮪組漁船之大目鮪配額，符合下列規定者，得由鮪魚公會協調，報經主管機關同意後，轉讓予其他大目鮪組漁船：
一、配額轉讓後，受讓配額漁船大目鮪配額不超過第二十二條之一第一項第一款規定上限。
二、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無受本條例第三十五條、第三十六條或第四十條處罰或處分情形。
三、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無本條例第四十一條所處罰鍰或收回漁業證照處分，尚未繳納或未執行完畢情形。

大目鮪組漁船轉讓大目鮪配額，累計達三十公噸者，當年度應進港並停止漁撈作業一個月；累計達六十公噸者，應進港並停止漁撈作業二個月，以此類推。

依前項規定漁船應進港並停止漁撈作業者，其起迄日及停泊地點，應於申請主管機關同意轉讓配額時，一併敘明；其停止漁撈作業未符合前項規定者，主管機關得不予同意轉讓配額申請，已同意者，得廢止之。<br />

北長鰭鮪組及南長鰭鮪組漁船之長鰭鮪配額，符合下列規定者，得由鮪魚公會協調，報經主管機關同意後，轉讓予其他漁船：
一、配額轉讓後，受讓配額漁船長鰭鮪配額不超過第二十二條之一第一項第二款或第三款規定上限。
二、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無本條例第三十五條、第三十六條或第四十條處罰或處分情形。
三、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無本條例第四十一條所處罰鍰或收回漁業證照處分，尚未繳納或未執行完畢情形。

北長鰭鮪組或南長鰭鮪組漁船轉讓長鰭鮪配額，累計達三十公噸者，當年度應進港並停止漁撈作業一個月；累計達六十公噸者，應進港並停止漁撈作業二個月，以此類推。

依前項規定漁船應進港並停止漁撈作業者，其起迄日及停泊地點，應於申請主管機關同意轉讓配額時，一併敘明；其停止漁撈作業未符合前項規定者，主管機關得不予同意轉讓配額申請，已同意者，得廢止之。<br />

主管機關得視當年度各魚種漁獲情形，再分配我國大西洋賸餘之漁獲總配額。

依前項取得之漁獲配額，不得轉讓。

主管機關於每年五月後，得依鮪延繩釣漁船之作業組別公告可申請分配之配額。

申請前項配額之漁船，其漁獲量應達單船許可配額百分之八十。

依前項申請分配配額，致單船許可配額超過第二十二條之一第一項規定上限者，主管機關不予核給超過上限之部分。

申請取得第一項大目鮪、北大西洋長鰭鮪及南大西洋長鰭鮪配額，不得轉讓。<br />

鮪延繩釣漁船配合主管機關執行相關試驗研究或管理措施者，主管機關得另核給獎勵配額。

前項獎勵配額，不得轉讓。

大目鮪組漁船依第九條取得赴北長鰭鮪或南長鰭鮪漁區作業許可，主管機關依許可月數之比率，核給每船每月三十三點三公噸之北大西洋長鰭鮪或南大西洋長鰭鮪配額；大目鮪配額每船每月扣除十公噸，由主管機關收回統籌運用。