本條例第十三條第一項第七款所定有配額限制之魚種（以下稱配額限制魚種），於本辦法指大目鮪。

我國於太平洋海域之年度漁獲總配額（以未處理之全魚重量計，以下稱配額者，亦同），及各捕撈漁船之單船配額，由主管機關依各養護管理措施公告之。

WCPFC 公約海域年度漁獲總配額，分配予大釣船、小釣船之比率，分別為百分之五十七、百分之四十三。

配額限制魚種漁獲量達第一項年度漁獲總配額百分之九十五，主管機關得命令捕撈漁船限期停止捕撈該配額限制魚種。

大釣船或小釣船漁獲量達第二項所分配配額百分之九十五，主管機關得命令大釣船或小釣船限期停止捕撈該配額限制魚種。

第一項配額使用期間為當年一月一日至十二月三十一日。

當年度各作業組別取得作業許可之漁船未達船數限額時，其賸餘之漁獲總配額，由主管機關統籌運用。

捕撈漁船取得當年度作業許可者，始得核給當年度配額。

未取得全年度作業許可者，依許可月數占全年度之比率核給配額。捕撈漁船之經營者變更，原經營者所使用配額，超過其許可月數占全年度之比率時，核給新經營者該船當年度未使用之單船許可配額。

捕撈漁船有下列情形之一者，主管機關收回當年度未使用之單船許可配額：
一、船體滅失或受損致當年度顯無作業可能。但受讓他船之配額不予收回。
二、漁業證照經主管機關撤銷或廢止。
三、遠洋漁業作業許可經主管機關撤銷或廢止。

前二項所稱單船許可配額，指主管機關依本辦法核給之單船配額、受讓、申請分配與獎勵配額之總和，並扣除該船轉讓、減少及收回之配額。<br />

捕撈漁船所捕配額限制魚種或北太平洋紅肉旗魚之漁獲量，不得超過該船當年度之單船許可配額；超過者，應減少該船下一次及其後許可之年度配額至扣減完畢為止。

前項配額限制魚種漁獲量達單船許可配額百分之九十者，主管機關得令該船限期停止捕撈該配額限制魚種。<br />

捕撈漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際出海作業月數占全年度之比率核給當年度配額；已核給配額者，依比率收回其配額；當年度無配額可收回時，應減少該船下一次許可之年度配額：
一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。
二、遭外國政府扣押在港內。

捕撈漁船經核准以出租方式對外漁業合作期間，不核給漁獲配額。已核給者，主管機關依核准對外漁業合作月數占全年度之比率收回當年度配額；當年度無配額可收回時，應減少該船下一次許可之年度配額。<br />

小釣船不得以大目鮪為主要漁獲物。

前項所稱以大目鮪為主要漁獲物，指漁船六個月內之大目鮪漁獲量，占該期間總漁獲量百分之五十以上。

小釣船於赤道以北海域作業，不得以長鰭鮪為主要漁獲物。

前項所稱以長鰭鮪為主要漁獲物，指漁船六個月內之長鰭鮪漁獲量，占該期間總漁獲量百分之五十以上。

鮪延繩釣漁船依第十八條規定與其他漁船互換作業洋區或作業組別，其後續許可期間之漁獲配額為對方尚未利用之單船許可配額，且其單船全年大目鮪配額，不得超過下列所定上限：
一、大釣船：三百三十公噸。
二、冷凍黃鰭鮪組漁船：四十公噸。

大釣船在太平洋各漁區之大目鮪配額得自行轉移，並報主管機關備查；轉移後，該船於WCPFC公約海域之大目鮪配額總數，不得超過轉移前WCPFC公約海域之大目鮪配額總數。

大目鮪組漁船之大目鮪配額，符合下列規定者，得由鮪魚公會協調，報經主管機關同意後，轉讓予其他大目鮪組漁船：
一、配額轉讓後，該船大目鮪配額不超過三百三十公噸。
二、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無受本條例第三十五條、第三十六條或第四十條處罰或處分。
三、轉讓或受讓配額漁船，當年度均無本條例第四十一條所處罰鍰或收回漁業證照處分，尚未繳納或未執行完畢情形。

大目鮪組漁船轉讓大目鮪配額，累計達三十公噸者，當年度應進港並停止漁撈作業一個月；累計達六十公噸者，應進港並停止漁撈作業二個月，以此類推。

依前項規定漁船應進港並停止漁撈作業者，其起迄日及停泊地點，應於申請主管機關同意轉讓配額時，一併敘明。

大目鮪組漁船相互轉讓不同漁區之漁獲配額，當次轉讓配額後，該船於太平洋之配額總數，不大於當年度單船配額時，不受前二項規定之限制。

長鰭鮪組漁船之大目鮪配額，得由鮪魚公會協調，報經主管機關同意後，與其他長鰭鮪組漁船相互轉讓不同漁區之配額；轉讓後，該船於太平洋之配額總數應與轉讓前相同。

主管機關得視當年度漁獲配額使用情形，公告可申請分配之大目鮪或黃鰭鮪配額。

申請前項配額者，大目鮪漁獲量應未超過單船許可配額，且應符合下列規定之一：
一、大目鮪組漁船：曾受讓他船之大目鮪配額，該船大目鮪配額達三百三十公噸，且大目鮪漁獲量達單船許可配額百分之七十。
二、冷凍黃鰭鮪組漁船：大目鮪漁獲量達單船許可配額百分之七十。
三、一般組漁船：大目鮪漁獲量達單船許可配額百分之八十。

前項每船配額之申請上限如下：
一、大目鮪組漁船：七十公噸。
二、冷凍黃鰭鮪組漁船：四十公噸。
三、一般組漁船：由主管機關視當年度漁船作業情形公告之。

申請取得第一項大目鮪配額，不得轉讓。<br />

捕撈漁船配合主管機關執行相關試驗研究或管理措施者，主管機關得另核給獎勵配額。

大目鮪組漁船於東大目鮪漁區作業日數，每累計十五日，得核給大目鮪獎勵配額十二點五公噸，最多可核給五十公噸。但該船大目鮪配額與獎勵配額合計，不得超過四百公噸。

前二項獎勵配額，不得轉讓。

鮪延繩釣漁船於 WCPFC 公約海域作業，除季節捕鯊組漁船外，不得以鯊魚為主要漁獲物。

前項所稱以鯊魚為主要漁獲物，指漁船六個月內之鯊魚漁獲量，占該期間總漁獲量百分之五十以上。

鮪延繩釣漁船於 IATTC 公約海域作業，其單一航次平滑白眼鮫之漁獲量，不得超過總漁獲量之百分之二十。

前項漁船以深度小於一百公尺之淺層下鉤方式者，其單一航次所捕平滑白眼鮫體長在一百公分以下之尾數，不得超過平滑白眼鮫總尾數百分之二十。