秋刀魚漁船於國內或國外港口卸魚或港內轉載，以下列港口為限：
一、國外港口：大韓民國釜山港。
二、國內港口：高雄市前鎮漁港及小港臨海新村漁港。
申請於前鎮或小港臨海新村漁港卸魚或港內轉載，經主管機關許可者，許可期間內得於上述國內港口之一進行港口卸魚或港內轉載。
漁船赴大陸地區港口卸魚，以依臺灣地區漁船航行至大陸地區許可及管理辦法公告之港口為限。<br />
轉載秋刀魚漁船漁獲物之運搬船，應符合下列規定之一：
一、取得作業許可之我國籍運搬船。
二、列名在北太平洋漁業委員會（以下簡稱NPFC）漁船註冊名單，且安裝符合主管機關所定規格之船位回報器，並至少每小時自動回報一次船位至受託專業機構之非我國籍運搬船。
轉載秋刀魚漁船漁獲物之加工船及加工船附屬運搬船，應列名在NPFC漁船註冊名單。
自中華民國一百十二年九月一日起，轉載秋刀魚漁獲物之運搬船應搭載觀察員。
秋刀魚漁船及我國籍運搬船，不得與未列名在NPFC船舶註冊名單、塗改船名或統一編號之漁船，進行轉載、加油或補給。
轉載秋刀魚漁船漁獲物之非我國籍運搬船，有下列情形之一者，由主管機關提列為不合作運搬船名單：
一、違反船位回報管理規定。
二、違反轉載或卸魚規定。
轉載秋刀魚漁船漁獲物之加工船或加工船附屬運搬船，違反轉載或卸魚規定，由主管機關提列為不合作加工船或加工船附屬運搬船名單。
運搬船從事海上轉載，經營者應於海上轉載漁獲物五日前，擬具運搬計畫書，並檢具相關資料（附件四），向主管機關申請許可。申請日之末日為例假日時，應提前於例假日前一工作日提出。
非我國籍運搬船當年度首次與秋刀魚漁船從事港內轉載前，應檢具附件四之相關資料，向主管機關申請許可。
經主管機關許可之運搬計畫內秋刀魚漁船名單有增加時，經營者應於異動二個工作日前，向主管機關申請，經許可後，始得與異動之秋刀魚漁船從事轉載作業；未依期限申請者，不予許可。<br />
申請港內轉載或前條運搬計畫之運搬船有下列情形之一者，不予許可：
一、未符合第二十六條規定。
二、由主管機關提列為不合作運搬船名單後未滿三年。但因違反第三十五條規定，逾期報送轉載漁獲物確認書予主管機關或NPFC秘書處者，提列為不合作運搬船名單後未滿一年。
三、違反本條例所處罰鍰尚未繳納完畢。
秋刀魚漁船及運搬船從事漁獲物轉載前，應分別向主管機關申請許可。
秋刀魚漁船將漁獲物轉載予加工船或加工船附屬運搬船前，秋刀魚漁船及加工船應分別向主管機關申請許可。
經營者或船長為前二項之申請，應填具轉載漁獲申報表（附件五），最遲於預定轉載日前三日，向主管機關提出。申請日之末日為例假日時，應提前於例假日前一工作日提出。但漁船遇不可抗力因素無法依期限申請轉載者，應於轉載完成前提出。
經主管機關許可轉載之秋刀魚漁船、運搬船、加工船、加工船附屬運搬船，得於許可轉載時間起二十四小時內從事漁獲物轉載，且須於許可轉載地點方圓二十浬範圍內進行。
未能於前項所定期間或地點範圍進行轉載者，經營者或船長應於該預定轉載時間二十四小時前，填具轉載漁獲申報表（同附件五）向主管機關申請變更轉載時間、地點；未於時限內申請變更者，不予同意；申請變更事項除轉載時間、地點外，尚包含其他資訊者，應重新依第三項規定辦理。
經營者或船長依第三項或前項規定提出申請時，應同時或最遲於預定轉載時間二十四小時前將轉載漁獲物申報表（同附件五）報送NPFC秘書處。但漁船遇不可抗力因素無法依期限報送者，應於轉載完成前報送。
經許可之轉載行為如因故取消，秋刀魚漁船、運搬船、加工船之經營者或船長應於許可轉載期間屆滿後三日內向主管機關及NPFC秘書處通報。
漁船進行餌料、油料、物資補給或人員轉移等移轉行為，接受移轉行為之漁船經營者或船長應於預定移轉前二十四小時填具海上移轉預報表（附件五之一），並報送主管機關及NPFC秘書處。但漁船遇不可抗力因素無法依期限報送者，應於移轉完成前報送。
移轉行為應於預定移轉時間或其後二十四小時內進行，且須於海上移轉預報表所填地點方圓二十浬範圍內為之。
未能於前項所定期間或地點範圍進行移轉者，接受移轉行為之漁船經營者或船長應重新依第一項規定辦理。
移轉行為因故取消者，接受移轉行為之漁船經營者或船長應於預定移轉期間屆滿後三日內向主管機關及NPFC秘書處通報。
秋刀魚漁船、運搬船、加工船或加工船附屬運搬船當航次有下列情形之一者，主管機關不予許可海上轉載：
一、船位回報器故障未修復。
二、有具體事證足認其涉有本條例第十三條第一項第四款至第十四款或第十八款所定之重大違規行為之一。
三、申請轉載總量，超過電子漁獲回報之百分之十。
秋刀魚漁船或運搬船當航次有下列情形之一者，主管機關得不予許可海上轉載：
一、申請轉載之漁獲物作業期間疑似有未經核准進入他國管轄海域作業情形。
二、經主管機關或公正第三方派員查獲，或國際漁業組織派員登船檢查查報有下列缺失之一尚未改善：
（一）船上無有效漁業證照。
（二）船上無主管機關指定之漁撈日誌。
（三）漁船標識未符合第十條至第十二條規定。
秋刀魚漁船於港口完成卸魚後，漁獲物再交由運搬船載運出港者，視為轉載，應依第三十一條規定辦理。
依第三十一條規定取得轉載許可之秋刀魚漁船或運搬船，其船位回報器斷訊未修復前，不得進行轉載。
運搬船接受漁獲物轉載時，應區分各秋刀魚漁船之漁獲物，並備置漁獲計畫及詳實記載漁獲物存放位置之船艙圖，以備查驗。
秋刀魚漁船、運搬船、加工船之經營者或船長，應辦理下列事項：
一、漁獲物轉載完成後三個工作日內，分別填寫轉載漁獲物確認書（附件六），並報送主管機關及NPFC秘書處。
二、船上應備置當航次從事轉載之轉載漁獲物確認書，以備查驗。
秋刀魚漁船之漁獲物進入國內外港口卸魚，應由下列人員依期限填具卸魚預報表（附件七），向主管機關申請許可；申請日之末日為例假日時，應提前於例假日前一工作日提出：
一、秋刀魚漁船卸魚：經營者或船長，最遲於本船預定卸魚日前三日。
二、秋刀魚漁船卸魚後裝櫃交貨櫃船運送：秋刀魚漁船經營者或船長，最遲於本船預定卸魚日前三日。
三、運搬船卸魚：秋刀魚漁船經營者，最遲於運搬船預定卸魚日前三日。
四、運搬船卸魚後裝櫃交貨櫃船運送：秋刀魚漁船經營者，最遲於運搬船預定卸魚日前三日。
經主管機關許可卸魚之漁船，得於許可卸魚之日起算七日內，從事卸魚。但許可於第二十五條第二項之國內港口卸魚者，得於許可卸魚之日起算十一日內，進行港口卸魚。
未能於前項所定期間進行卸魚者，秋刀魚漁船之經營者或船長得於許可卸魚期間屆滿前申請變更卸魚日期，並經主管機關同意變更後始得為之；未於許可卸魚期間屆滿前申請變更者，不予同意。
秋刀魚漁船於國外港口卸下之漁獲物由貨櫃船運送至國內港口者，秋刀魚漁船經營者最遲應於貨櫃船到港前三日，通知主管機關貨櫃船到港時間及港口名稱。
漁船當年度作業結束後，始得依第一項規定申請自漁區航行至大陸地區港口卸魚，且不得自大陸地區裝載任何物品。<br />
秋刀魚漁船之漁獲物完成卸魚，應由下列人員依期限向主管機關提交卸魚聲明書；聲明書格式同附件七：
一、秋刀魚漁船卸魚：經營者或船長，最遲於完成卸魚十個工作日。
二、秋刀魚漁船卸魚後裝櫃交貨櫃船運送：秋刀魚漁船經營者，最遲於裝載漁獲物之貨櫃起岸並完成通關十個工作日。
三、運搬船卸魚：秋刀魚漁船經營者，最遲於運搬船完成卸魚十個工作日。
四、運搬船卸魚後裝櫃交貨櫃船運送：秋刀魚漁船經營者，最遲於裝載漁獲物之貨櫃起岸並完成通關十個工作日。
本辦法所稱完成卸魚，指於港口卸下之漁獲物完成過磅秤重。<br />
漁船經營者及船長應接受主管機關或公正第三方，派員於港口執行卸魚或轉載之漁獲查核。
經主管機關指定應接受查核之漁船經營者或船長，應配合辦理下列事項：
一、由主管機關派員查核者，應俟主管機關人員抵達後，始得開始卸魚或轉載。
二、由公正第三方派員查核者，應與公正第三方聯繫，並俟公正第三方人員抵達後，始得開始卸魚或轉載。
秋刀魚漁船於完成銷售或卸魚後，經營者應自完成銷售或卸魚六十日內，將銷售或庫存資料報送主管機關；銷售資料至少包括銷售對象、魚種及數量。
有下列情形之一者，應依本條例第三十六條規定處罰：
一、違反第三十一條第一項或第二項規定，未經許可從事轉載，或遇不可抗力時未於轉載完成前提出轉載申請。
二、違反第三十一條第四項規定，未於許可轉載期間或地點範圍轉載。但不包含第二項第三款及第四款情形。
三、違反第三十六條第一項規定，未經許可從事卸魚。
四、違反第三十六條第二項規定，未於許可卸魚期間內卸魚。但不包含第二項第十四款情形。
五、違反第三十八條第一項規定，規避、妨礙或拒絕漁獲查核，或未配合辦理同條第二項規定事項。
有下列情形之一者，應依本條例第四十一條規定處罰：
一、漁船違反第二十七條規定，與未列名在NPFC船舶註冊名單、塗改船名或統一編號之漁船，進行加油或補給。
二、我國籍運搬船違反第二十七條規定，與未列名在NPFC船舶註冊名單、塗改船名或統一編號之漁船，進行轉載、加油或補給。
三、屬經許可於前鎮或小港臨海新村漁港從事港內轉載之漁船或運搬船，違反第三十一條第四項規定，於許可轉載期間後，始從事港內轉載。
四、違反第三十一條第四項規定，於許可轉載時間後逾二十四小時至四十八小時內或許可轉載地點逾方圓二十浬至五十浬範圍內進行轉載。
五、違反第三十一條第六項，未於預定轉載時間二十四小時前，或遇不可抗力時未於轉載完成前，將轉載漁獲物申報表報送NPFC秘書處。
六、違反第三十一條第七項，轉載因故取消而未於許可轉載期間屆滿後三日內向主管機關或NPFC秘書處通報。
七、違反第三十一條之一第一項規定，未於規定期限內報送海上移轉預報表予主管機關、NPFC秘書處。但移轉我國籍漁船經營者境外僱用之非我國籍船員，已依期限報送海上移轉預報表予NPFC秘書處，且依境外僱用非我國籍船員許可及管理辦法第二十七條或第二十八條規定，向主管機關申請許可者，不在此限。
八、違反第三十一條之一第二項規定，未於預定移轉期間或地點範圍移轉。
九、違反第三十一條之一第四項，移轉行為因故取消，未於移轉期間屆滿後三日內向主管機關或NPFC秘書處通報。
十、違反第三十四條規定，於船位回報器斷訊未修復前進行轉載。
十一、違反第三十五條第一項規定，船上未備置漁獲計畫書、詳實記載漁獲物存放位置之船艙圖。
十二、違反第三十五條第二項第一款規定，未於規定期限內報送轉載漁獲物確認書予主管機關或NPFC秘書處。
十三、違反第三十五條第二項第二款規定，船上未備置當航次從事轉載之轉載漁獲物確認書。
十四、屬第三十六條第二項但書之漁船，許可卸魚期間後，於前鎮或小港臨海新村漁港卸魚。
十五、違反第三十七條規定，未於規定期限內提交卸魚聲明書。