應施檢疫物之輸入、過境或轉口，應於輸出入動物檢疫機關公告之港、站為之。
前項應施檢疫物及第三十三條第五項所定物品之檢疫，由輸出入動物檢疫機關或其委託之機關（構）或團體辦理，並應在輸出入動物檢疫機關指定之港、站、動物隔離場所或其他指定場所、區域行之。
輸出檢疫物需於輸出前進行產地檢疫者，動物防疫機關、輸出檢疫物之所有人或管理人應配合輸出入動物檢疫機關辦理；其檢疫程序、輸出登記及廢止、衛生管理、抽樣檢驗、疫情通報、查核、健康證明之核發與廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。
輸入應施檢疫物於輸入後有必要進行追蹤檢疫者，由輸出入動物檢疫機關通知動物防疫機關辦理；其查核、飼養管理、通知、疫情通報、追蹤檢疫期間及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。
輸出入動物檢疫機關對檢疫物執行檢疫時，有部分檢疫物經檢疫不合格者，應評定為整批不合格。但輸出入動物檢疫機關評估該批檢疫物彼此間無傳播動物傳染病及交叉污染之虞者，得個別認定其檢疫結果。
檢疫之結果，由輸出入動物檢疫機關通知輸入人、輸出人或其代理人。
檢疫不合格者，不得申請複檢。
中央主管機關為維護動物及人體健康之需要，應公告外國動物傳染病之疫情狀態，並就應施檢疫物採取下列檢疫措施：
一、禁止輸入、過境或轉口。
二、指定應施檢疫物輸入前，輸入人或其代理人應申請核發輸入檢疫同意文件，並於輸入時執行檢疫。
三、依檢疫條件繳驗動物檢疫證明書或其他文件，並執行檢疫。
四、隔離檢疫。
中央主管機關尚未訂定檢疫條件之應施檢疫物，其輸入人應於輸入前，向中央主管機關申請發給個案檢疫條件，並依個案檢疫條件向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。
第一項禁止輸入、過境或轉口、輸入檢疫同意文件之申請、檢疫條件、繳驗動物檢疫證明書或其他文件、隔離檢疫、前項之申請程序及其他應遵行事項之準則，由中央主管機關定之。
中央主管機關得因應國際間緊急疫情，指定公告應施檢疫物之檢疫疾病及檢疫措施。
物品未經中央主管機關依第五條第二項公告為應施檢疫物，而輸出入動物檢疫機關認為有傳播動物傳染病之虞者，得逕予強制執行檢疫，發現有傳播動物傳染病之虞時，得禁止該物品輸入、過境、轉口或為其他必要之處置。
應施檢疫物之輸入人或其代理人，應於應施檢疫物到達依第三十二條第一項規定公告之港、站時，向輸出入動物檢疫機關申請檢疫，並依前條第三項所定準則繳驗輸出國檢疫機關發給之動物檢疫證明書或其他文件。但動物檢疫證明書經我國與輸出國雙方議定者，得以電子方式為之。
旅客或服務於車、船或航空器之人員攜帶應施檢疫物者，應於入境時依前項規定申請檢疫。
應施檢疫物不得以郵遞寄送輸入；其以郵遞寄送輸入者，應予退運、沒入或銷燬。收件人接獲郵遞寄送輸入之應施檢疫物時，應即送交輸出入動物檢疫機關銷燬。
應施檢疫物在未完成檢疫前，應維持原狀；未經輸出入動物檢疫機關核准，不得擅自破壞包裝、移動或為其他可能傳播動物傳染病之行為。
輸出入動物應受隔離檢疫者，動物之輸出入人或其代理人應於輸出入前，先向輸出入動物檢疫機關請准排妥動物隔離場所或其他指定場所後，始得輸出入。
應受隔離檢疫動物之輸入人或其代理人，應依動物檢疫人員指示，於指定期間內將動物送至動物隔離場所或其他指定場所隔離檢疫。
動物隔離期間，非動物檢疫人員未經輸出入動物檢疫機關許可，不得擅自出入動物隔離場所或其他指定場所。在隔離期間，該動物、相關檢疫物及藥品，非經動物檢疫人員檢查許可，不得移出或移入。
動物隔離期間，經診斷為罹患或疑患動物傳染病者，輸出入動物檢疫人員得依實際情況採取必要之處置。有立即處理之必要者，得逕行處理，並發給輸出入人或其代理人處置證明書。
輸入應施檢疫物有下列情形之一者，輸出入動物檢疫機關得按其情節，為必要之處置：
一、未依第三十三條第三項準則規定繳驗動物檢疫證明書或其他文件。
二、前款動物檢疫證明書或其他文件記載事項與第三十三條第三項準則規定不符。
三、其他不符合第三十三條第三項準則規定之情形。
前項必要之處置如下：
一、依國際動物檢疫規範，採取安全性檢疫措施。
二、延長動物隔離期間、施行診斷試驗、補行預防注射或治療措施。
三、通知輸入人或其代理人限期補正必要之文件；無法補正者，得將應施檢疫物予以退運或撲殺銷燬。
四、將應施檢疫物逕予退運或撲殺銷燬。
應施檢疫物過境或轉口前，應由所有人或其代理人，或管理人先向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。
應施檢疫物非以輸入為目的而進儲自由貿易港區者，其申請檢疫之程序或應檢附之文件，得予簡化；其辦法，由中央主管機關會商自由貿易港區主管機關定之。
應施檢疫物輸入或過境、轉口卸貨前，動物檢疫人員於必要時，得在車、船或航空器內先行檢疫。動物檢疫人員執行檢疫時，發現檢疫物罹患、疑患或可能感染動物傳染病，或有傳播動物傳染病之虞時，得對該檢疫物及車、船或航空器採取必要之處置。車長、船長、機長、管理人或其職務代理人不得規避、妨礙或拒絕。
動物在運輸途中罹患或疑患動物傳染病死亡者，該運輸車、船或航空器進入港、站時，其車長、船長、機長、管理人或其職務代理人於起卸貨物前，應先向動物檢疫人員報告，並依其指示執行必要之處置。
航海中依第二十五條規定處理者，應詳記航海日誌，以備入港時接受動物檢疫人員之查詢。
輸入人或其代理人未依第三十四條第一項規定申請檢疫者，除依第四十三條第十一款規定處罰外，輸出入動物檢疫機關應令其採取必要之處置。
輸出檢疫物有下列情形之一者，應由輸出人或其代理人申請檢疫，經輸出入動物檢疫機關檢疫合格並核發輸出動物檢疫證明書後，始得輸出：
一、第五條第二項公告註明應於輸出前，向輸出入動物檢疫機關申請輸出檢疫之應施檢疫物。
二、前款以外之物品，經輸入國主管機關要求檢附我國之動物檢疫證明書。
無前項各款所定情形而申請輸出檢疫者，輸出入動物檢疫機關不予受理。
第一項證明書經我國與輸入國雙方議定者，得以電子方式為之。
（刪除）
第十二條、第十四條、第十五條、第十八條至第二十一條、第二十六條與第二十七條所定事項及第十二條之二第一項第一款所定採樣事項發生於檢疫中者，由輸出入動物檢疫機關辦理。
來自國外之車、船或航空器所載廚餘，不得離開該車、船或航空器；離開者，應以輸出入動物檢疫機關核准之方式運送及銷燬。
第三十三條第五項、第三十四條之一第四項、第三十四條之二第二項、第三十五條第一項、第二項及第四項所定必要之處置之費用，由輸入人、所有人、管理人或其代理人負擔。
網際網路內容涉及境外應施檢疫物之販賣至國內、輸入或其他檢疫相關事項，經輸出入動物檢疫機關公告者，其廣告刊登者、平臺提供者、應用服務提供者或電信事業，應依輸出入動物檢疫機關之公告，採取下列措施：
一、加註有關宣導防疫或檢疫之必要警語。
二、保存刊登者、販賣者或訂購者個人資料，或定期提供予輸出入動物檢疫機關。
三、限制接取、瀏覽或移除相關網頁內容。
輸出入、過境、轉口之應施檢疫物，其申請檢疫、動物檢疫證明書之核發、密閉式貨櫃運送、旅客或服務於車、船、航空器人員攜帶及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。