第一組分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於年度施政計劃及報告之彙編事項。
（二）關於標準檢測方法之審議、公告事項。
（三）關於環境檢驗出版品之出版與管理事項。
（四）關於圖書及技術資料之蒐集管理事項。
（五）關於不屬本組其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於檢測數據品質保證制度建立之推動事項。
（二）關於檢測數據品質保證規劃書訂定，增修訂及彙編事項。
（三）關於品質保證作業之技術及行政支援事項。
（四）關於品質保證查核作業事項。
（五）關於品質保證年報編纂事項。
（六）關於協助本署推動全國環保有關單位品質保證制度之技術及行政支援事項。
（七）關於環境檢驗盲樣及標準品之管理及保存事項。
三、第三科：
（一）關於省（市）、縣（市）環境檢驗品質保證、品質管制、業務執行之督導及協調事項。
（二）關於環境檢驗合約實驗室設置之推動及輔導事項。
（三）關於環境檢驗測定機構之許可管理與輔導事項。
（四）關於公民營機構自行檢驗測定能力之認定管理與輔導事項。
（五）關於環境檢驗室評鑑制度之建立與執行事項。
四、第四科：
（一）關於本所業務資訊化之策劃、執行與系統維護事項。
（二）關於環境檢驗資料庫之建立事項。
（三）關於檢驗樣品之收發與管理事項。
（四）關於本所化學藥品之使用管理事項。
第二組分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於環境空氣品質、噪音、振動及非屬原子能游離輻射污染之輻射污染、固定污染源空氣污染物、移動污染源空氣污染物及噪音等檢測方法之研訂、修正及解釋事項。
（二）關於不屬本組其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於環境及污染源樣品代表性研究事項。
（二）關於環境及污染源採樣技術建立事項。
（三）關於環境及污染源採樣計畫之規劃事項。
（四）關於環境空氣品質及固定污染源空氣污染物採樣計畫之執行事項。
三、第三科：
（一）關於環境空氣品質檢測之執行事項。
（二）關於固定污染源空氣污染物檢測之執行事項。
（三）關於環境空氣品質、固定污染源空氣污染物檢測品質保證、品質管制之執行事項。
四、第四科：
（一）關於移動污染源空氣污染物、噪音及環境噪音、振動、非屬原子能游離輻射之輻射污染檢測之執行事項。
（二）關於移動污染源空氣污染物、噪音及環境噪音、振動、非屬原子能游離輻射之輻射污染檢測之品質保證、品質管制之執行事項。
（三）關於車輛排放空氣污染物及噪音檢測機構之許可管理與輔導事項。
第三組分設三科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中各類污染物檢測方法之研訂、修正及解釋事項。
（二）關於不屬本組其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中有機物檢測之執行事項。
（二）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中有機物檢測品質保證、品質管制之執行事項。
三、第三科：
（一）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中無機污染物檢測之執行事項。
（二）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中無機污染物檢測品質保證、品質管制之執行事項。
第四組分設三科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於毒性化學物質、飲用水水質處理藥劑及環境衛生用藥檢測方法之研訂、修正及解釋事項。
（二）關於一般及事業廢棄物檢測方法之研訂、修正及解釋事項。
（三）關於土壤污染物質檢測方法之研訂、修正及解釋事項。
（四）關於不屬本組其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於毒性化學物質、飲用水水質處理藥劑有機性檢驗之執行事項。
（二）關於一般及事業廢棄物有機性檢驗之執行事項。
（三）關於土壤污染物質有機性檢驗之執行事項。
（四）關於環境衛生用藥有機性檢驗之執行事項。
（五）關於毒性化學物質、飲用水水質處理藥劑、一般及事業廢棄物、土壤污染物質及環境衛生用藥有機性檢驗品質保證，品質管制之執行事項。
三、第三科：
（一）關於毒性化學物質、飲用水水質處理藥劑物性及無機性檢驗之執行事項。
（二）關於一般及事業廢棄物物性及無機性檢驗之執行事項。
（三）關於土壤污染物質無機性檢驗之執行事項。
（四）關於環境衛生用藥無機性檢驗之執行事項。
（五）關於毒性化學物質、飲用水水質處理藥劑、一般及事業廢棄物、土壤污染物質及環境衛生用藥無機性檢驗品質保證、品質管制事項之執行。
第五組分設三科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於指標生物及微生物等之檢驗標準方法之研訂、修正及解釋事項。
（二）關於微生物製劑、環境衛生用藥之藥效測試等之檢驗標準方法研訂、修正及解釋事項。
（三）關於生物毒性測試標準方法之研訂、修正及解釋事項。
（四）關於環境樣品及毒性物質之生物毒性及致癌性測試之執行事項。
（五）關於生物濃縮累積毒素檢驗之執行事項。
（六）關於生物毒性、致癌性測試及累積毒素檢驗品質保證、品質管制之執行事項。
二、第二科：
（一）關於生物指標系統之建立、應用及推廣檢驗事項。
（二）關於使用生物指標偵測環境品質之執行事項。
（三）關於檢驗室安全衛生及環保制度之建立事項。
（四）關於本所安全衛生及環保之執行與查核事項。
三、第三科：
（一）關於微生物之執行事項。
（二）關於環境衛生用微生物製劑生物檢驗之執行事項。
（三）關於環境樣品微生物檢驗及微生物製劑生物檢驗品質保證、品質管制之執行事項。
（四）關於不屬本組其他各科之事項。
秘書室掌理事項如左：
一、關於環境檢驗之綜合企劃、研究發展、人員訓練、國際合作、科技交流、督導、考核、宣導之執行事項。
二、關於公文收發、繕校事項。
三、關於印信典守事項。
四、關於檔案管理事項。
五、關於經費出納及有價證券契約之保管事項。
六、關於辦理營繕工程及財務之採購、供應管理事項。
七、關於司機、技工、工友之管理事項。
八、關於車輛調配使用及管理事項。
九、關於辦公廳舍保養及環境整潔之執行事項。
十、關於員工待遇表冊之編造與發放事項。
十一、關於會議場所之佈置及管理事項。
十二、關於規費之收繳事項。
十三、關於公有財產品之驗收登記及管理事項。
十四、關於公共關係協調聯絡事項。
十五、關於其他不屬本所各組、室事項。
人事室掌理事項如左：
一、關於組織編制之擬辦事項。
二、關於人事規章之研擬修正及解釋事項。
三、關於權責劃分及分層負責之研擬事項。
四、關於職員任免、遷調、銓審動態之擬辦事項。
五、關於職員待遇、福利、退休、資遣、撫卹及公、眷保之擬辦事項。
六、關於職員考績、獎懲、差假及勤惰之擬辦事項。
七、關於職員訓練、進修、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
八、關於職員人事資料登記。
九、關於出國案件之擬辦事項。
十、其他有關人事管理事項。
政風室掌理事項如左：
一、關於政風法令之擬訂事項。
二、關於政風法令之宣導事項。
三、關於員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
四、關於政風興革建議事項。
五、關於政風考核獎懲建議事項。
六、關於公務機密維護及設施安全維護事項。
七、其他有關政風事項。