審核機關受理第十二條、第十八條、第二十四條、第二十七條、第二十八條及第三十條規定之申請，應依下列程序完成審查，且審查範圍不得及於申請項目或內容以外之事項，並將審查結果作成准駁決定：
一、形式審查：審核機關應於收到網路申請及書面資料後，就申請文件內容進行書面完整性審查，並自收件日起七日內完成審查及通知公私場所於七日內繳納審查費。
二、實質審查：審核機關應自公私場所完成繳費翌日起三十五日內完成實質審查、諮詢及通知審查結果。
前項審查於必要時，審核機關得延長實質審查期限十五日；受理第一類固定污染源設置、操作許可證之申請，其實質審查期間得延長三十日；受理符合第十四條或第十五條規定固定污染源之設置許可證申請，其實質審查期間得延長四十五日。
審核機關實質審查下列申請，應進行現場勘查：
一、許可證展延。
二、依第二十七條第一項第一款不需重新進行檢測或同條項第二款操作許可證異動。
三、依第二十八條第一項重新申請燃料使用許可證。
第一項申請屬設置或操作許可證者，審核機關應於公私場所完成繳費翌日起，將申請資料公開於中央主管機關指定之網站七日，於資訊公開結束翌日，開始實質審查。但因許可證異動重新申請或許可證展延者，不在此限。
審核機關受理固定污染源設置及操作許可證申請時，下列申請文件應經環境工程技師或其他相關專業技師簽證，且經簽證後得免再審查：
一、第十二條第一項之空氣污染防制計畫。
二、第十八條第一項第二款之空氣污染防制計畫差異說明書及同條項第三款試車計畫書。
三、第十八條第二項之空氣污染防制設施說明書及空氣污染排放檢測計畫。
四、第二十條第四項之修正試車計畫書。
前項經環境工程技師查核之簽證文件，核發機關免再審查之規定，有下列情形之一，審核機關仍應審查：
一、公私場所於許可證有效期間內，有違反本法第九十六條第一項所稱之情節重大。
二、依本法第九十七條第一項規定申請試車後復工（業）。
三、辦理簽證之環境工程技師或其他相關專業技師，五年內經主管機關或技師公會報請技師懲戒委員會處理。但經技師懲戒委員會確定毋須懲戒者，不在此限。
四、簽證後經懲戒廢止執業執照或廢止技師證書。
五、其他經審核機關認定有審查必要之情形。
審核機關得調閱依環境工程技師簽證規則規定彙訂而成之工作底稿影本。
審核機關依第三十一條第一項第二款通知公私場所審查結果，屬申請操作許可證或燃料使用許可證者，審核機關應併同通知辦理下列程序：
一、依第十八條第一項申請操作許可證者，應通知進行試車。
二、依第十八條第二項申請操作許可證者，應通知進行空氣污染物排放檢測。
三、依第二十七條第一項第一款申請操作許可證且須重新進行空氣污染物排放檢測者，應通知進行檢測。
審核機關應於公私場所依前項通知執行試車或空氣污染物排放檢測期間進行現場勘查。
審核機關應於收到公私場所提報空氣污染物排放檢測報告後十五日內完成審查，必要時得延長十日。
審核機關受理各項許可證申請文件，經審查符合第三十一條至第三十三條規定者，應於完成審查後十四日內完成證書製作並通知公私場所繳納證書費及領取許可證。
審核機關依前項規定通知公私場所領取操作許可證者，應令公私場所檢具目的事業主管機關核准設立、登記或營運之許可文件，始得核發。
審核機關受理各項許可證申請案件，經認定應補正資料者，其審查意見應一次性提出，除因公私場所補正文件而新增之審查意見外，後續通知限期補正時，不應有前次通知限期補正未列明之審查意見。
審核機關受理各項許可證申請、變更、異動或展延，經審查公私場所有下列情形之一者，應即通知公私場所限期補正：
一、形式審查之資料、文件有欠缺或不完整。
二、未繳納審查費。
三、設置許可證申請文件內容不合規定。
四、操作許可證申請文件內容、現場勘查結果或空氣污染排放檢測報告不合規定。
五、燃料使用許可證之申請文件內容不合規定。
六、許可證展延之申請文件內容不合規定。
審核機關受理設置及操作許可證之合併申請，應依第三十一條及第三十二條規定審查，經審查通過後，通知公私場所領取設置許可證，並於公私場所檢具目的事業主管機關核准設立、登記或營運之相關證明文件影本後，通知公私場所進行試車，再依第二十條、第三十三條及第三十四條規定審查及通知領取操作許可證。
審核機關受理第二十四條第二項申請，應依操作許可證之申請、審查及核發程序規定辦理，並將燃料使用許可證應記載事項合併於固定污染源操作許可證記載，其相同應記載事項得不重複核定。
審核機關受理公私場所依第二十九條規定申請補發、換發許可證或改變許可證應記載事項之基本資料者，應依公私場所申請事項及其檢具之證明文件核實記載，不得於許可證基本資料改變、補發或換發申請事項以外，任意變更其他應記載事項。
審核機關除發現核發之許可證有誤寫、誤算或其他類此未符合本法規定之顯然錯誤者，應即更正並限期公私場所換領證書外，不得依職權變更許可證應記載事項。
公私場所依第二十條規定進行試車或檢測時，審核機關核定操作許可證與空氣污染物排放有關之操作條件，應依下列原則辦理：
一、主要原（物）料及燃料使用量達申請之百分之八十以上者，應依申請內容作為操作許可證之核定內容。
二、主要原（物）料及燃料使用量無法達申請之百分之八十以上者，應以試車或檢測時之實際操作條件之一．二倍，作為操作許可證之核定內容。
審核機關應依下列規定確實審核，據以核定操作許可證內容，不得以任何形式之處分增加法規所未明定之義務：
一、非屬本法第二十條第二項所定排放標準之適用對象，逕予指定適用該排放標準。
二、非屬中央主管機關指定公告應設置自動監測設施之固定污染源，指定設置自動監測設施；亦不得將非經指定公告應連線者，指定其監測設施與直轄市、縣（巿）主管機關連線。
三、非屬主管機關指定公告應自行或委託檢驗測定機構實施定期檢驗測定之固定污染源，指定實施定期檢驗。
四、非屬中央主管機關所定燃料種類混燒比例及成分之標準，逕予指定公私場所適用之。
五、其他非經中央主管機關依法規明定之義務。
審核機關審查許可證展延，應依本法第三十條規定辦理，除符合本法第三十條第四項規定情形得據以變更外，不得變更第二十一條第一項第三款操作許可內容及第二十五條第一項第三款燃料使用許可內容。
前項變更，包含審核機關以任何形式之處分規範公私場所，增加或減少操作許可內容所記載主要原（物）料、燃料之種類、成分及用量、產品產量及其操作條件、操作期程、空氣污染防制設施之種類、處理容量、處理效率及操作條件、主要污染物之核定年許可排放量、監測、定期檢測及申報之頻率及項目；及增加或減少燃料使用許可內容所記載之主要原（物）料、燃料之種類、成分及用量、產品產量及其操作條件、操作期程、空氣污染防制設施之處理容量、處理條件及操作條件等許可內容。
審核機關受理下列申請時，應依原許可證期限核定：
一、依第二十七條申請操作許可證或第二十八條申請燃料使用許可證者。
二、依第二十九條申請操作許可證換發或補發者。
前項申請期間於原許可證期限屆滿前三至六個月內者，公私場所得併同提送許可證展延申請，審查與補正日數分別計算。
審核機關依第三十六條通知公私場所限期補正，屆期未補正或超過總補正日數者，應駁回其申請。屬第三十六條第三款至第六款規定文件，公私場所於期限內已補正而仍不合規定者，審核機關得再通知限期補正，總補正次數以三次為限，屆滿三次仍不合規定者，應駁回其申請。
審核機關依第三十六條規定命補正日數不算入許可證審查期間內，且其總補正日數規定如下：
一、符合第三十六條第一款或第二款情形之總補正日數不得超過十四日。
二、符合第三十六條第三款至第五款情形之總補正日數不得超過九十日。
三、符合第三十六條第六款情形之總補正日數不得超過三十日。
審核機關受理公私場所依第二十九條第一項許可證換發或補發之申請，其申請文件不合規定或內容有欠缺者，應駁回其申請。
審核機關審查，有下列情形之一者，應予以駁回：
一、公私場所申請設置許可證，其固定污染源設置於不得設置生產設施之處所或用地。
二、公私場所申請設置許可證，其固定污染源經目的事業主管機關認定有違法而不得設置。
三、公私場所申請許可證變更、異動或展延，其固定污染源設置許可證核定之任一空氣污染物年許可排放量未達本法第六條所定污染物排放量規模，於申請操作許可證之任一空氣污染物年排放量估算結果，大於本法第六條所定污染物排放量規模。
四、公私場所申請許可證變更、異動或展延，其固定污染源符合第二十七條第四項規定，取得操作許可證後申請之總異動排放量累計達第四條第一項第二款或第三款規定，未提出設置許可證之申請。
公私場所執行試車計畫或空氣污染物排放檢測計畫期間有下列情形之一者，審核機關應令公私場所改善、停止試車或檢測：
一、依試車計畫或空氣污染物排放檢測計畫內容進行試車或檢測而有違反本法規定。
二、未依試車計畫或空氣污染物排放檢測計畫內容進行試車或檢測。
有前項第一款情形，經公私場所改善完成者，得繼續試車。有前項第二款情形且違反本法規定者，直轄市、縣（巿）主管機關應按其違規情節，依本法相關規定處分；經令停止試車或檢測者，審核機關應駁回其操作許可證申請。
審核機關辦理公私場所二以上固定污染源合由同一排放管道排放空氣污染物，其任一固定污染源依本法第二十四條或第八十八條規定申請核發許可證時，經審核機關認定與申請者之空氣污染物排放有關之固定污染源，審核機關得要求其併同申請。
審核機關審查公私場所依第十八條規定提出之空氣污染物排放檢測計畫時，其檢測應以下列項目為限：
一、預估需核定之硫氧化物、氮氧化物、粒狀污染物及揮發性有機物。
二、主管機關依本法第二十條第二項訂定特定業別或設施空氣污染物排放標準規範之空氣污染物。
非屬前項規定之空氣污染物項目，審核機關得依中央主管機關認可之自廠係數、公告係數或替代計算方式推估確認應符合之排放標準。
第一項空氣污染物排放檢測計畫有下列情形之一者，經審核機關同意後，得免實施檢測：
一、固定污染源因故未能依本法第四十八條第四項設置檢查或鑑定設施，致不能實施採樣。
二、公私場所檢具使用原（物）料、燃料未含特定空氣污染物成分或足供證明無特定空氣污染物排放之證明文件。
審核機關核定許可證中有關固定污染源與防制設施之操作條件，應依其設計或實際操作情形，核定足供監控符合實際運作情形之操作條件、紀錄項目及頻率，並指定公私場所固定污染源設置足供查驗符合操作條件之監測儀表。
審核機關受理公私場所固定污染源許可證之申請，屬應實施環境影響評估者，其許可證內容，應納入經環境影響評估法審查通過之書件所載內容及審查結論。
前項納入許可證內容事項，不受第四十二條規定之限制。
公私場所固定污染源有下列情形之一者，審核機關得撤銷或廢止其許可證：
一、申請文件有虛偽不實。
二、新設公私場所已停止設置固定污染源設備，或經目的事業主管機關認定無繼續設廠（場）事實。
三、公私場所停工或停業一年以上。但有正當理由無法復工或復業，報經目的事業主管機關核准者，不在此限。
四、公私場所主要生產設施已搬遷，經目的事業主管機關認定無繼續生產、製造、加工之事實。
五、公私場所改變生產製程、燃料或空氣污染防制設施，致非屬公告應申請設置、變更及操作許可證之固定污染源或使用非屬指定公告燃料。
六、非屬公告應申請設置、變更及操作許可證之固定污染源或使用非屬指定公告燃料，已取得許可證。
七、公私場所歇業、繳銷工廠登記證或經目的事業主管機關公告註銷。
八、違反本辦法相關規定並具有本法第九十六條第一項第二款至第七款情形之一。