申請清除許可證者，應向所在地之核發機關申請。
申請同意設置文件或處理許可證者，應向處理場（廠）所在地之核發機關申請。
核發機關應於受理前條申請後，於六十日內審查完畢，作成准駁之決定；必要時，得再延長審查期限，以六十日為限。但應扣除審查要求申請者補正資料之期間。
申請者應補正資料，未於核發機關要求期限內補正，或雖於期限內補正，但補正不完全，經再次限期補正，仍補正不完全，或無法補正者，核發機關得駁回其申請。
核發機關為處分或其他行政行為，應斟酌全部陳述與調查事實及證據之結果，依論理及經驗法則判斷事實之真偽，並將其決定及理由告知當事人。
清除機構分級及專業技術人員設置規定如下：
一、甲級：從事一般廢棄物、一般事業廢棄物及有害事業廢棄物清除業務；應置專任乙級以上清除技術員二人，其中甲級清除技術員至少一人。
二、乙級：從事一般廢棄物及一般事業廢棄物清除業務；應置專任乙級以上清除技術員一人。每月許可量達五千公噸以上者，應置專任乙級以上清除技術員二人。
三、丙級：從事每月總計九百公噸以下一般廢棄物及一般事業廢棄物清除業務；應置專任丙級以上清除技術員一人。
處理機構分級及專業技術人員設置規定如下：
一、甲級：從事一般廢棄物、一般事業廢棄物及有害事業廢棄物處理業務；應置專任乙級以上處理技術員二人，其中甲級處理技術員至少一人。
二、乙級：從事一般廢棄物及一般事業廢棄物處理業務；應置專任乙級以上處理技術員一人。每月許可量達五千公噸以上者，應置專任乙級以上處理技術員二人。
第一項應置之清除技術員得以同級處理技術員代之。
同一地址設有清除機構及處理機構且其負責人相同者，所設置之處理技術員得同時辦理清除業務。
第一項及第二項應置之專業技術人員，應專任並常駐於設施機構，不得兼任環保法規以外其他法規所定專責（任）人員；甲級廢棄物處理機構應設置之專業技術人員除擔任設施機構之負責人或主管外，亦不得從事其他與污染防制（治）無關之工作。<br />
清除、處理機構設置專業技術人員時，應檢具專業技術人員合格證書及設置申請書，向直轄市、縣（市）主管機關申請核定；其申請除經直轄市、縣（市）主管機關同意，得以書面方式申請者外，應採網路傳輸方式辦理。
申請核發清除許可證者，應檢具下列文件：
一、申請表。
二、政府機關核准登記證明文件。
三、負責人身分證明文件。
四、清除或處理技術員合格證書、勞工保險被保險人投保資料表（明細）、任職證明文件及同意查詢勞保資料同意書。
五、廢棄物清除設備清冊及工具購置證明文件（採船舶或航空器者免）。
六、貯存場及轉運站之土地所有權狀、地籍資料、土地清冊及設置計畫書；非自有土地者，並應附土地所有人或管理機關使用同意書（未設貯存場或轉運站者免）。
七、清除車輛出車、貯存及轉運作業說明。
八、自律切結聲明（如附件一）。
九、公司設立登記實收資本額新臺幣五百萬元以上之證明文件。但申請第六條第一項第三款丙級清除許可證者免附。
十、其他經核發機關指定者。
申請處理機構同意設置文件應檢具下列文件：
一、申請表。
二、政府機關核准登記證明文件。
三、負責人身分證明文件。
四、廢棄物處理場（廠）之土地所有權狀、地籍資料及土地清冊；非自有土地者，並應附土地所有人或管理機關使用同意書。
五、工程計畫說明書。
六、污染防治計畫書。
七、廢棄物處理流程（含所產生污染物處理與排放）、設備及操作說明。
八、車輛進出口廢棄物磅秤設備（含地磅、電子式磅秤、吊磅或其他磅秤）設置規劃（含時間、重量、車號、駕駛員逐車紀錄及保存方式，並確保事後修改必留下修改紀錄之作業方式）。無法於廠區內設置磅秤設備者，得以鄰近同一關係企業之磅秤設備取代或由第三公證過磅單位進行過磅。
九、閉路電視錄影系統（以下簡稱錄影系統）配置計畫，不同管制類別錄影系統設置要求如附件二。
十、經環境影響評估審查通過之申請案，應列出定稿本中與廢棄物處理及相關污染防治之內容、審查結論。
十一、自律切結聲明（如附件一）。
十二、其他經核發機關指定者。
取得核發機關之處理機構同意設置文件，於設置完成，或符合第三條第三項但書規定者，應於申請處理許可證前，提報試運轉計畫，送核發機關核准後，依核准計畫內容進行測試。
前項試運轉計畫應包括下列內容：
一、試運轉方法、程序、步驟。
二、試運轉之廢棄物種類、來源、數量及清運計畫。
三、質量平衡計算方式。
四、採樣、監測及其品質管理計畫。
五、緊急應變措施。
六、自律切結聲明（如附件一）。
前項核准之試運轉期限不得超過一百日。試運轉測試者無法於核准期限內依試運轉計畫完成試運轉，得於核准試運轉期限屆滿前向核發機關申請展延，展延申請次數以二次為限，且含原核准試運轉期限之試運轉總日數不得超過一百九十日。但經核發機關核准者，不在此限。
試運轉測試者於試運轉期限屆滿十五日前申請展延，因核發機關審查致試運轉期限屆滿前無法作成展延之准駁，得於試運轉期限屆滿後至試運轉展延作成准駁期間內，依試運轉計畫內容繼續試運轉；未於試運轉期限屆滿十五日前申請展延者，核發機關於試運轉期限屆滿未作成展延之准駁，應停止試運轉。
試運轉測試者未依核發機關核准試運轉計畫內容進行測試者，核發機關應令其停止試運轉，並通知限期改善。改善次數以一次為限，屆期未提改善計畫或未完成改善者，核發機關應廢止已核准試運轉計畫之處分。
申請核發處理許可證者應檢具下列文件：
一、申請表。
二、政府機關核准登記證明文件。
三、負責人身分證明文件。
四、處理技術員合格證書、勞工保險被保險人投保資料表（明細）、任職證明文件及同意查詢勞保資料同意書。
五、同意設置文件。如依第三條第三項但書規定申請者，應檢附下列文件：
（一）廢棄物處理場（廠）之土地所有權狀、地籍資料及土地清冊；非自有土地者，並應附土地所有人或管理機關使用同意書。
（二）污染防治計畫書。
（三）廢棄物處理流程（含所產生污染物處理與排放）、設備及操作說明。
（四）廢棄物磅秤設備設置規劃。無法於廠區內設置磅秤設備者，得以鄰近同一關係企業之磅秤設備取代或由第三公證過磅單位進行過磅。
（五）錄影系統配置計畫。
六、建廠期間環境管理及定期監測報告。但第三條第三項但書規定之既有工廠或廢棄物處理設施、或屬於移動式廢棄物處理設施者，免附建廠期間定期監測報告。
七、含廢棄物種類來源、操作、紀錄與統計及質量平衡之試運轉報告。試運轉處理有害事業廢棄物者，並應檢附處理後衍生廢棄物之檢測相關紀錄。
八、收受廢棄物之允收標準。
九、含檢測項目、方法、頻率、數量之收受廢棄物及產出資源化產品品管規劃。
十、含各清除車輛營運進出、貯存區與處理設施進料、出料、操作、控制、監控之運作管理紀錄規劃。
十一、執行機關、處理機構或經政府機關核准處理廢棄物場（廠）同意處理其所產生廢棄物之證明文件。
十二、有關建築執照或使用執照。
十三、無法執行處理業務時，對其尚未處理完成之廢棄物處置計畫。
十四、自律切結聲明（如附件一）。
十五、以最終處置方式處理事業廢棄物者，應檢附封場復育計畫。
十六、其他經核發機關指定者。
申請案經依規定通過環境影響評估審查，核發機關得僅就其申請同意設置文件或許可證中，未經環境影響評估審查部分進行審查，並應將環境影響評估中廢棄物處理及相關污染防治審查結論併入許可條件。
清除許可證應記載事項如附件三。
處理許可證應記載事項如附件四。
同意設置文件之同意或許可證之許可期限不得超過五年。首次核發處理許可證之許可期限不得超過三年。
許可期限屆滿後仍繼續從事業務者，應於屆滿前六個月至八個月內申請展延；每次展延之許可期限依前項之規定辦理。但同意設置文件之展延以一次為限。
核發機關應於受理前項申請後六十日內作成准駁決定；情形特殊者，其審查期間之延長以六十日為限。但應扣除經審查要求申請者補正資料之期間。申請文件不符規定或補正資料未能於核發機關要求之期限內補正，或雖於期限內補正，但補正不完全，經再次限期補正，仍補正不完全，或無法補正者，核發機關應於許可期限屆滿前駁回其申請。
於許可期限屆滿前六個月至八個月內申請展延者，核發機關應於許可期限屆滿日前作成准駁之決定。核發機關於其許可期限屆滿日尚未作成准駁之決定時，申請展延者於其許可期限屆滿後，至核發機關作成展延准駁決定之期間內，得依原許可證內容辦理。
於許可期限屆滿前，已逾許可期限屆滿前六個月至八個月內申請展延者，核發機關於其許可期限屆滿日尚未作成准駁之決定時，應於許可期限屆滿日起停止收受及處理已進廠之廢棄物。
未於許可期限屆滿前申請展延者，於許可期限屆滿日起，其許可證失其效力，如需繼續從事業務者，應重新申請許可。
中華民國一百零一年十二月七日前經核發機關核發之同意設置文件，應於本辦法一百十年九月十三日修正施行日起一年內取得處理許可證，逾期未取得者，該同意設置文件失其效力。
申請處理機構同意設置文件之展延，應檢具下列文件：
一、申請表。
二、政府機關核准登記證明文件。
三、負責人身分證明文件。
四、原核發同意設置文件。
五、展延原因說明。
六、自律切結聲明（如附件一）。
七、其他經核發機關指定者。
申請清除、處理許可證期限之展延，應檢具下列文件：
一、申請表。
二、政府機關核准登記證明文件。
三、負責人身分證明文件。
四、原核發許可證。
五、清除或處理技術員合格證書、勞工保險被保險人投保資料表（明細）、任職證明文件及同意查詢勞保資料同意書。
六、原清除或處理許可文件許可事項。
七、許可期間內營運概況及違法事實改善情形。
八、最近一次固定污染源檢測或水污染防治措施功能測試，其測定結果及相關品管紀錄與運作管理紀錄。未具固定污染源或水污染防治措施者，以申請展延前六個月內，單位時間進料量能達處理設備處理能力百分之八十之品管紀錄與運作管理紀錄。但申請清除許可證展延者及採掩埋法處理者免附。
九、執行機關、處理機構或經政府機關核准處理廢棄物場（廠）同意處理其所產生廢棄物之證明文件（申請清除許可證者免）。
十、有害事業廢棄物處理後衍生廢棄物之每六個月檢測相關紀錄。但清除機構及未處理有害事業廢棄物者免附。
十一、依商業團體法或工業團體法規定應加入同業公會者，其會員證明文件。
十二、自律切結聲明（如附件一）。
十三、其他經核發機關指定者。
同意設置文件或許可文件之變更，應依下列規定辦理：
一、同意設置文件及許可證記載事項中，機構名稱、地址、負責人姓名、住址及身分證明文件字號變更時，應於變更後三十日內，填具變更申請表，連同有關證明文件，辦理變更。
二、更新處理設備或增加必要之輔助機具，且未涉及原許可之製程、種類、數量及主要機具者，應報核發機關備查。核發機關於必要時得要求先行試運轉後再予以備查。
三、其他審查通過之同意設置文件及許可文件內容之變更，應於變更前依原核准內容辦理，並檢具變更申請表及其變更事項向核發機關提出申請。核發機關得就變更部分審查及核准。
因辦理前項之變更，致核發機關變更時，應向原核發機關申請，由原核發機關轉請變更後之核發機關依規定程序辦理。
同意設置文件及或許可文件變更時，其期限應以原核准之期限為限。
清除、處理機構變更級別，應重新提出申請。
清除、處理許可及同意設置文件之申請、變更及展延，應採網路傳輸方式辦理。但經核發機關同意者，得以書面方式為之。