各機關實施內部審核，應由會計人員執行之。但涉及非會計專業規定、實質或技術性事項，應由業務主辦單位負責辦理。

內部審核分下列二種：
一、事前審核：謂事項入帳前之審核，著重收支之控制。
二、事後複核：謂事項入帳後之審核，著重憑證、帳表之複核與工作績效之查核。

內部審核之範圍如左：
一、財務審核：謂計畫、預算之執行與控制之審核。
二、財物審核：謂現金及其他財物之處理程序之審核。
三、工作審核：謂計算工作負荷或工作成果每單位所費成本之審核。

內部審核之實施，兼採書面審核與實地抽查方式，並應規定分層負責，劃分辦理之範圍。

會計人員為行使內部審核職權，向各單位查閱簿籍、憑證暨其他文件，或檢查現金、財物時，各該負責人不得隱匿或拒絕。遇有疑問，並應為詳細之答復。

會計人員行使前項職權，遇必要時，得報經該機關長官之核准，封鎖各項有關簿籍、憑證或其他文件，並得提取其一部或全部。

各機關主辦會計人員，對於不合法之會計程序或會計文書，應使之更正；不更正者，應拒絕之，並報告該機關主管長官。

前項不合法之行為，由於該機關主管長官之命令者，應以書面聲明異議；如不接受時，應報告該機關之主管上級機關長官與其主辦會計人員或主計機關。

不為前二項之異議及報告時，關於不合法行為之責任，主辦會計人員應連帶負之。

中華民國九十五年十二月三十一日以前各機關支用之國務機要計畫費用、特別費，其報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員之財務責任均視為解除，不追究其行政及民事責任；如涉刑事責任者，不罰。

各機關會計人員對於財物之訂購或款項之預付，經查核與預算所定用途及計畫進度相合者，應為預算之保留。關係經費負擔或收入一切契約，及大宗動產、不動產之買賣契約，非經會計人員事前審核簽名或蓋章，不生效力。

會計憑證關係現金、票據、證券之出納者，非經主辦會計人員或其授權人之簽名或蓋章，不得為出納之執行。

對外之收款收據，非經主辦會計人員或其授權人之簽名或蓋章者，不生效力。但有特殊情形者，得報經該管主計機關核准，另定處理辦法。

各機關會計人員審核原始憑證，發現有左列情形之一者，應拒絕簽署：
一、未註明用途或案據者。
二、依照法律或習慣應有之主要書據缺少或形式不具備者。
三、應經招標、比價或議價程序始得舉辦之事項，而未經執行內部審核人員簽名或蓋章者。
四、應經機關長官或事項之主管或主辦人員之簽名或蓋章，而未經其簽名或蓋章者。
五、應經經手人、品質驗收人、數量驗收人及保管人簽名或蓋章而未經其簽名或蓋章者；或應附送品質或數量驗收之證明文件而未附送者。
六、關係財物增減、保管、移轉之事項時，應經主辦經理事務人員簽名或蓋章，而未經其簽名或蓋章者。
七、書據之數字或文字有塗改痕跡，而塗改處未經負責人員簽名或蓋章證明者。
八、書據上表示金額或數量之文字、號碼不符者。
九、第三款及第五款所舉辦之事項，其金額已達稽察限額之案件，未經依照法定稽察程序辦理者。
十、其他與法令不符者。

前項第四款規定之人員，得由各機關依其業務規模，按金額訂定分層負責辦法辦理之。

會計人員執行內部審核事項，應依照有關法令辦理；非因違法失職或重大過失，不負損害賠償責任。