本院設書記廳，置書記官長一人，承院長之命，處理行政事務，並指揮監督書記廳一切事務。
書記官長之職責如下：
一、承院長之命處理本院行政事務。
二、院長交辦事項及機要文件之辦理。
三、所屬各科職員之指揮監督及工作調整之擬議。
四、本院重要會議之籌劃進行。
五、建議院長有關業務改進及注意事項。
六、本院重要行政文件之審核。
七、本院尋常行政文件之簽發。
八、書記廳重要文件之判行。
九、新聞之發布及其他公共關係之聯繫事項。
十、各科室就其主管事務爭議事項歸屬之指定。
書記廳設下列科，承長官之命，辦理各該科主管事務：
一、各庭各設書記科。
二、審查科。
三、文書科。
四、研究發展考核科。
五、總務科。
六、訴訟輔導科。
七、本院置法警長一人，法警若干人，必要時得置副法警長一人，法警之管理準用法警管理辦法之規定，其他作業要點及執行職務注意事項由本院另訂之。
各科置科長一人，書記官若干人，科長以一等書記官兼任之。
各科於業務需要，得分股辦事，股長由一等或二等書記官兼任之。書記廳置通譯、法警、執達員、錄事、庭務員若干人，辦理有關通譯、警衛、送達及值庭等事務。
書記科職掌如下：
一、訴訟卷證之點收整理及編訂事項。
二、訴訟事件之登記事項。
三、裁判參考資料之整理編目事項。
四、筆錄及期日通知之製作事項。
五、訴訟進行中文稿之撰擬事項。
六、裁判之編號事項。
七、訴訟卷證之保管事項。
八、裁判正本之製作、送達與主文之通知、公告事項。
九、已結卷宗之編訂、發還、歸檔事項。
十、裁判後文件之處理事項。
十一、其他依法令應由書記科辦理事務或長官交辦事項。
各庭書記科並應受各該庭長之指揮監督。
審查科之職掌如下：
一、文書科送交訴訟文卷之點收事項。
二、新案卷宗及卷證標目之編訂事項。
三、訴訟事件之總登記事項。
四、訴訟事件程序上初步審查事項。
五、訴訟事件分案前之文稿撰擬事項。
六、訴訟事件分案前卷證之保管事項。
七、訴訟事件之分配事項。
八、不經裁判而終結事件之處理。
九、其他事務或長官交辦事項。
訴訟事件程序初步審查應辦事項另訂之。
審查科就訴訟事件程序上應辦事項，並受辦理分案及審查之庭長指揮監督。
文書科之職掌如下：
一、印信之典守事項。
二、文件之收發、分配、譯電、繕印及校對事項。
三、行政文件之撰擬、呈轉及傳覽事項。
四、工作計畫及報告之彙編事項。
五、文件之編檔保存及圖書報刊徵集管理事項。
六、法令之編輯、分送、通告、分類登記及保管事項。
七、裁判資料之蒐集、分析、登記、製卡、保管、複製及送登公報事項。
八、裁判書及其他刊物之編輯校對事項。
九、大法庭裁定暨不同意見書、提案裁定、撤銷提案裁定及經由徵詢程序統一法律見解之裁判之彙輯事項。
十、會議及集會之紀錄事項。
十一、本院有關行政法令之研擬、保管、彙編事項。
十二、報刊、雜誌有關新聞之剪輯、保存事項。
十三、人民陳訴、申請、檢舉事件之文書處理事項。
十四、其他事務或長官交辦事項。
研究發展考核科之職掌如下：
一、研究發展工作之推行事項。
二、年度工作計畫之編擬事項。
三、文書稽催管制事項。
四、訴訟事件進行檢查事項。
五、列管事項之追蹤、管制、考核事項。
六、其他有關研究發展考核及長官交辦事項。
研究發展考核進行情形及結果，承辦人員應按月列表送請書記官長轉陳院長核閱，並依其職權作適當之處理。
總務科之職掌如下：
一、本院經費暨其他款項之出納及保管事項。
二、司法與其他收入及繳庫事項。
三、保管案內特別文件及重要物品事項。
四、本院財產物品之購置、保管、發給事項。
五、公有廳舍營建、修繕及分配使用事項。
六、出版及發行事項。
七、本院安全維護、消防及衛生事項。
八、同仁福利事項。
九、司機、技工、工友之訓練、管理、考核及獎懲等事項。
十、會議及集會場地之布置事項。
十一、公務車輛調派事項。
十二、其他關於庶務或長官交辦事項。
訴訟輔導科之職掌如下：
一、輔導訴訟當事人或關係人對於訴訟進行之手續。
二、洽領裁判書類正本及其他應送達或發還之文書。
三、答覆關於訴訟程序之詢問。
四、查詢裁判主文及有關訴訟事件進行情形。
五、洽辦法律扶助事項。
六、洽請閱覽卷宗。
七、其他有關便民服務或長官交辦事項。
科長之職責如下：
一、本科職員事務之分配。但別有院令者不在此限。
二、長官交辦事項之擬議。
三、主管事項之調查與執行。
四、本科文稿之審核。
五、主管重要文稿之撰擬。
六、本科職員之監督、考核與獎懲之擬議。
七、本科例行文件之簽發。
八、其他法定事項之處理。
前項規定於股長準用之。
書記官之職責如下：
一、辦理分配事務事項。
二、科長或股長指定各該科股職掌內之有關事項。
三、長官交辦事項。
四、其他有關事項。
書記官應服從其配屬庭長、法官之指揮命令執行職務，並應服從依行政法院組織法第十五條第二項規定，調至最高行政法院協助法官辦事之高等行政法院或高等法院以下各級法院及其分院法官、試署法官或候補法官，於職務權限內之指揮命令執行職務。但該辦事法官、試署法官或候補法官之指揮命令與受其協助之庭長、法官之指揮命令有牴觸者，應服從其配屬庭長、法官之指揮法令。
書記官長為討論書記廳行政事務，得召集所屬職員會議，由書記官長任主席，但不採表決制。
書記官長因事故不能執行職務時，應報請院長指定適當人員代理。
科長因事故不能執行職務時，由書記官長指定代理人。
其餘職員因事故不能執行職務時，依事務性質由科室主管指定代理人。
第二項代理期間逾三日者，應報經院長核定。