自由港區事業自國外運入自由港區內供營運之貨物，免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。

自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。

依前二項規定免徵稅捐者，無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。

申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間適用前二項規定。

自由港區事業運往國外或保稅區之貨物，課稅區或保稅區運入自由港區之貨物，依貿易法規定，免收推廣貿易服務費。

自由港區事業之貨物輸往課稅區時，應依進口貨物或相關規定，課徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。但在自由港區經加工、製造、重整、簡單加工、檢驗、測試者，按運出港區時形態之價格，扣除自由港區內附加價值後核估關稅完稅價格。

自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。

自由港區事業自課稅區運入供營運之貨物及自用機器、設備，視同出口，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。

自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自運入之次日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。

前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，應仍按原減徵、免徵或退稅稅額補徵。

申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間自課稅區運入自用機器、設備適用第一項及前項規定。

自由港區事業免稅之貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區，經向海關申請核准者，得免提供稅款擔保。但應自核准後六個月內復運回自由港區，並辦理結案手續；屆期未運回自由港區者，應向海關申報補繳稅費。

前項輸往課稅區之貨物，因特殊情形經申請海關核准者，得不運回自由港區逕行出口，並辦理結案手續。

第一項如須延長復運回自由港區之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延；其展延，以六個月為限。

自由港區事業免稅之貨物輸往課稅區展覽者，準用前三項規定辦理。

自由港區內之免稅貨物，依前條規定運往課稅區委託加工者，以管制貨品以外之貨品為限。

前項受託課稅區廠商加工所添加之進口原料，除下列情形之一者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅：
一、屬財政部公告取消退稅之項目。
二、原料可退關稅占成品出口離岸價格在財政部核定之比率或金額以下。

課稅區營業人接受自由港區事業或國外事業、機關、團體、組織委託，就自由港區事業輸入之貨物、機器及設備提供修理、測試、檢驗、委託加工之勞務後，該貨物、機器及設備全數運回自由港區內者，該項勞務收入之營業稅稅率為零。

自由港區事業之貨物輸往保稅區，應依保稅貨物之相關規定，免徵相關稅費。

下列貨物或勞務之營業稅稅率為零：
一、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業供營運之貨物及自用機器、設備。
二、保稅區營業人銷售與外銷廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
三、課稅區營業人銷售與保稅區廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
四、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業與營運相關之勞務。

自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。

營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託自由港區事業在自由港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，經自由港區管理機關審查核准者，其銷售貨物之所得，免徵營利事業所得稅。

在中華民國境內無固定營業場所之外國、大陸地區、香港或澳門營利事業銷售經認可之國際金屬期貨交易所認證且經主管機關核定之商品或同一稅則號別之商品，如該商品儲存於自由港區事業經自由港區管理機關核准之自由港區內之處所，其售與境內、外客戶之所得免徵所得稅；其銷售該商品之所得，無須申請免徵營利事業所得稅，並免依所得稅法規定辦理申報。

第一項準備或輔助性質之活動、採購、輸入、儲存或運送之範圍及營利事業核准免徵期限、前項適用範圍與要件、認可機關及核定機關、前二項申請程序、核准、廢止及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。

第一項及第二項免徵營利事業所得稅實施期限至中華民國一百三十一年十二月三十一日止。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第一項至第三項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已依修正前第一項規定核准之案件，其核准免徵期限最長至一百十年十二月三十一日止。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已申請尚未核准之案件，屬一百零七年度及以前年度之所得者，適用修正前第一項規定；屬一百零八年度以後之所得者，適用修正後第一項規定。

自由港區事業運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者，應於事前向海關或相關機關申報補繳關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。

自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。

申請經營自由港區事業取得籌設許可者，經自由港區管理機關廢止或撤銷其籌設許可時，其於籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。但自廢止或撤銷其籌設許可之翌日起算六個月內，將國外運入之自用機器、設備原貨復運出口者，不在此限。

前項自用機器、設備於辦理相關稅費補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管。

銀行得依國際金融業務條例之規定，由其總行申請目的事業主管機關之特許，在自由港區內，設立會計獨立之國際金融業務分行，經營國際金融業務。

金融機構得依銀行法、證券交易法第四十四條、管理外匯條例及中央銀行法之規定，向目的事業主管機關申請，於自由港區內設立分支機構，並經中央銀行核准指定辦理外匯業務。

國際金融業務分行得辦理自由港區事業之外幣信用狀、通知、押匯、進出口託收、外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。