本辦法依軍事教育條例第二十一條之一第三項規定訂定之。
國防醫學院軍事教育基金（以下簡稱本基金）屬預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以國防部為主管機關，國防部軍醫局為管理機關，國防醫學院（以下簡稱學校）為執行機關。
學校不得申請籌設財團法人，並應將一切收支納入本基金。
學校應就本基金運用及執行訂定內部控制相關規章，建立及維持有效之內部控制制度，並由院長督促內部各單位執行。
本基金來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。但不包括第二款第四目之補助或收入。
二、自籌收入，其項目及範圍如下：
（一）學雜費收入：學校向學生收取與教學活動直接或間接相關費用之收入。
（二）推廣教育收入：學校依專科以上學校推廣教育實施辦法之規定辦理推廣教育及研習、訓練等班次所收取之收入。
（三）產學合作收入：學校依專科以上學校產學合作實施辦法辦理相關事項所獲得之收入。
（四）政府科研補助或委託辦理之收入：學校獲得政府依科學技術基本法等相關規定所為之補助或委託辦理之收入。
（五）場地設備管理收入：學校提供場所及設施等，所收取之收入。
（六）受贈收入：學校無償收受動產、不動產及其他一切有財產價值之權利或債務之減少。
（七）投資取得之收益：學校依第十五條第一項規定所投資取得之有關收益。
（八）其他收入：非屬前七目之自籌收入。
前項第二款第二目、第三目及第五目至第七目之自籌收入（以下合稱五項自籌收入），依軍事教育條例第二十一條之一第二款但書規定，不受預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定之限制。
本基金用途如下：
一、教學及研究支出。
二、人事費用支出。
三、學生獎助金支出。
四、推廣教育支出。
五、產學合作支出。
六、增置、擴充、改良資產支出。
七、其他與校務發展有關之支出。
學校應設本基金管理委員會（以下簡稱管理委員會），置委員九人至十五人，其中一人為召集人，由院長擔任，主管機關及管理機關各指派二人；其餘委員由院長遴選提經校務會議同意後聘任之，並應有學生代表至少一人。
前項委員任一性別比例，不得少於委員總人數三分之一。
第一項委員任期為二年，期滿得連任一次。但由機關指派者，應隨本職進退。
第一項委員中未兼行政職務之教師代表不得少於三分之一，必要時得聘請校外專業人士擔任。
管理委員會任務如下：
一、本基金年度概算擬編之審議。
二、本基金經費收支及運用之績效考核。
三、年度財務規劃及年度投資規劃之審議。
四、依第十九條所定五項自籌收入收支管理規定之審議。
五、其他關於本基金預決算、收支、保管及運用事項之審議。
管理委員會每學期至少召開一次會議，必要時得召開臨時會；開會時，得請相關單位人員列席。
管理委員會會議，應有全體委員二分之一以上出席，始得開會。
管理委員會所需工作人員，由學校現有人員派兼為原則，必要時，得進用專業人員若干人，並得視任務之需要，分組辦事。
五項自籌收入得支應下列事項：
一、學校人員人事費：
（一）編制內人員本薪（年功薪）與加給以外之給與。
（二）編制內行政人員辦理自籌收入業務有績效之工作酬勞。
（三）編制外人員之人事費。
二、講座經費。
三、教學及學術研究獎勵。
四、出國旅費。
五、公務車輛之增購、汰換、保養、維修及租賃。
六、新興工程。
七、其他與校務推動有關之費用。
前項第一款第一目所稱編制內人員，指教師、研究人員、專任教官及比照教師之專業技術人員。
第一項第一款第三目所稱編制外人員，指契約進用之各類人員，其權利、義務、待遇、福利及績效之工作酬勞，由學校定之，並經管理委員會審議通過後執行。
學校以五項自籌收入支應前條第一項第一款至第三款人事費，其合計總數應以最近年度決算五項自籌收入百分之五十為限；編制內行政人員辦理自籌收入業務有績效之工作酬勞，每月給與總額以不超過其專業加給或學術研究費百分之六十為限，並不限於現金支給。
前條第一項第一款至第三款人事費之支給額度、條件、方式及考核基準，由學校定之，並經管理委員會審議通過後執行。
學校以各項自籌收入規劃辦理第十條第一項第六款之新興工程，應就工程興建期間及營運後成本之可用資金變化情形進行預測，不得影響學校正常運作。
前項所稱可用資金，指現金加上短期可變現資產及扣除短期須償還負債之合計數。
學校辦理受贈收入業務，應開立受贈收據或證明，並完成下列程序：
一、受贈收入為現金者，應確實收受或存入帳戶。
二、受贈收入為現金以外之動產或不動產者，應確實點交或辦妥所有權移轉登記。
前項第二款受贈收入，應依財物登錄作業程序處理，並由學校管理及使用單位每年實施定期盤點及不定期抽查。
學校應至少每六個月將捐贈者名稱或姓名、內容物、時間及用途於學校網站公告。但捐贈者不願學校公布名稱或姓名者，得僅就其他部分公告之。
受贈收入有指定用途者，其用途應與學校校務有關。
學校辦理受贈收入業務，不得與捐贈者有不當利益之聯結；對熱心捐贈者，得自定獎勵規定。
各項自籌收入應由學校統籌運用。但涉及政府與民間補助或委託辦理之事項，應依其補助計畫或契約辦理。
學校辦理各項自籌收入業務，應合理控制成本，並得衡量使用學校資源情形，就所提列之行政管理費或計畫節餘款訂定一定分配比率，分配至負責辦理該項業務之行政或學術單位運用，並應經管理委員會審議通過後執行。
為確保本基金永續經營，並提升其對校務發展之效益，學校於提出年度投資規劃並經管理委員會審議通過後，得投資下列項目：
一、存放公民營金融機構。
二、購買公債、國庫券、金融債券或其他短期票券。
三、投資於與校務發展或研究相關之公司及企業，除以研究成果或技術作價無償取得股權者外，得以自籌收入作為投資資金來源。
四、其他具有收益性及安全性，並有助於增進效益之投資。
學雜費收入及其他自籌收入具有特定用途者，不得作為前項第三款投資資金來源。
第一項第二款投資項目購買之金融債券及其他短期票券，或其發行、承兌或保證金融機構，應經金融主管機關核准經營信用評等事業之機構評定為一定等級以上；所稱一定等級，由主管機關定之。
學校持有第一項第三款及第四款之公司或企業股權，不得超過該各別公司或企業股份或資本總額百分之五十。
本基金之資金，得與國軍生產及服務作業基金、國軍老舊眷村改建基金或國軍營舍及設施改建基金以計息方式互相融通。
本基金依前項規定提供融通之資金，以未指定用途之受贈收入及其他自籌收入為限。
學校為辦理第十五條第一項投資事宜，應組成投資管理小組，擬訂年度投資規劃與執行各項投資評量及決策，並定期將投資效益報告管理委員會。
前項投資管理小組應隨時注意投資效益，必要時，得修正投資規劃內容，並經管理委員會審議通過後執行。
第一項投資規劃及效益，應納入第三十二條第一項、第三十三條第一項所定財務規劃報告書及本基金績效報告書。
學校投資第十五條第一項第三款及第四款之項目，經費來源除留本性質之受贈收入外，其合計投資額度不得超過學校可用資金及長期投資合計數之百分之五十。
前項所稱留本性質之受贈收入，指學校與捐贈者間以契約或協議約定，學校將受贈收入透過投資方式產生收益，並僅以該收益支用於契約規範之用途，不動支原受贈收入款項。
學校應審酌本基金自籌能力及校務發展需求，建立有效之管控機制，並訂定五項自籌收入收支管理規定，提報管理委員會審議通過後，報管理機關備查。
前項收支管理規定，應至少包括收入來源、支給項目、本基金控管機制及發生缺失或異常之處理方式。
學校為強化內部控制及確保其內部控制制度持續有效運作，設經費稽核委員會，置委員三人至五人，由院長遴選具稽核工作經驗及相關專業背景人員，提經校務會議同意後聘任之；其中一人為召集人，由委員互選之。
委員任期為二年，期滿得連任一次。
學校得視需要聘僱校內、外具稽核工作經驗及相關專業背景之人員，擔任經費稽核委員會之工作人員。
管理委員會之委員、工作人員、學校總務、主計及行政主管相關人員，不得兼任經費稽核委員會之委員或工作人員。
經費稽核委員會之任務如下：
一、人事、財務、營運及關係人交易事項，涉及本基金交易循環之事後查核。
二、現金出納及呆帳處理之事後查核。
三、現金、銀行存款、證券、股票、債券與不動產、廠房及設備等之稽核及盤點。
四、本基金各項業務績效目標達成度之定期評估、稽催及彙整報告。
五、本基金運用效率與各項支出效益之查核及評估。
六、其他專案稽核事項。
前項第一款所定交易循環，包括收入循環、採購與支付循環、薪資循環、財產管理循環、投資循環、融資循環及研發循環等。
經費稽核委員會應每年至少召開二次會議。
經費稽核委員會應有全體委員二分之一以上出席，始得開會。
經費稽核委員會應擬訂年度稽核計畫，並作成年度稽核報告，經校務會議通過後，報管理機關備查。
前項年度稽核計畫，得納入風險評估結果、開源節流計畫執行情形及其他相關事項。
經費稽核委員會委員、工作人員得視任務需求，請校內相關單位提供必要之資料以供查閱。
學校應依下列期程辦理第二十二條第三項所定事項：
一、年度稽核計畫：前一年度終了前。
二、前一年度稽核報告：每年二月底前。
前項第二款年度稽核報告，應檢附工作底稿及相關資料，完整記錄稽核情形，並應包括下列事項：
一、稽核項目、稽核內容及說明。
二、稽核方式。
三、稽核發現及稽核結論。
四、改善措施或具體興革建議。
經費稽核委員會委員、工作人員執行任務，應獨立超然。
經費稽核委員會委員、工作人員執行任務時，除依行政程序法第三十二條及第三十三條規定外，對於以前曾服務之單位或執行之業務，於三年內進行稽核作業者，亦應自行迴避。
經費稽核委員會委員、工作人員執行任務，應本誠實信用原則，不得有下列情事：
一、明知本基金之執行有缺失或異常事項，故意隱匿或作不實、不當之揭露。
二、怠於行使職權，致稽核效能不彰。
三、其他違反法令之行為。
經費稽核委員會委員、工作人員違反前項規定者，院長應令其限期改善，必要時，得懲處、解聘或調整職務。
前條第一項第一款所稱缺失或異常事項，指下列情事：
一、本基金之執行不符合相關法令或學校規章。
二、本基金之執行未達績效目標。
三、本基金之相關作業程序未能發揮其內部控制制度之有效性。
四、年度決算實質短絀。
五、賸餘或可用資金有異常減少。
六、開源節流計畫之執行未具成效。
七、其他缺失或異常事項。
前項第四款所稱年度決算實質短絀，指學校年度收支餘絀排除國庫撥款購置資產所提列之折舊、折耗及攤銷費用後，仍為短絀之情形。
經費稽核委員會委員、工作人員發現本基金之執行有缺失或異常事項，應據實揭露及提供意見，作成年度稽核報告，並檢附工作底稿及相關資料。
經費稽核委員會委員、工作人員應定期追蹤前項缺失或異常事項至改善為止。
第一項年度稽核報告、工作底稿及相關資料，應於向校務會議報告後，至少保存五年。
受稽核單位未於期限內完成改善事項或未執行改善追蹤事項者，應列入下次稽核重點，違失人員並得由學校依相關獎懲規定辦理獎懲。
本基金及各項自籌收入之執行，應以有賸餘或維持收支平衡為原則；實際執行有短絀者，學校應擬訂開源節流計畫，經管理委員會審議通過後執行。
前項開源節流計畫，應包括提升學校各項自籌收入之具體措施與資本支出及人事費等各項支出之必要性檢討。
經費稽核委員會應將第一項開源節流計畫之執行情形，納入年度稽核計畫，定期追蹤其改善成效，並作成年度稽核報告。
管理機關應將院長上任後本基金執行情形、可用資金變化情形及開源節流計畫執行成效，納入其當年度考核評鑑，作為年度考評參考依據。
學校應以中長程發展計畫為基礎，擬訂年度財務規劃報告書，並應載明下列事項：
一、教育績效目標。
二、年度工作重點。
三、財務預測。
四、風險評估。
五、預期效益。
六、其他。
前項年度財務規劃報告書應提報管理委員會審議，經校務會議通過後，於前一年度十二月三十一日前報管理機關備查。
第一項第三款所稱財務預測，指學校預測未來三年資金來源、用途及可用資金變化情形。
學校應就年度財務規劃報告書之教育績效目標達成情形，作成本基金績效報告書，並載明下列事項：
一、績效目標達成情形（包括投資效益）。
二、財務變化情形。
三、檢討及改進。
四、其他事項。
本基金績效報告書應提報管理委員會審議，經校務會議通過後，於每年六月三十日前，將前一年度之本基金績效報告書報管理機關備查。
學校年度財務規劃報告書及本基金績效報告書，應於管理機關備查後一個月內公告，並登載於學校網頁建置之本基金公開專區。
本基金執行情形應公開透明，並依下列規定，公告於前條所定本基金公開專區：
一、前三季：每季終了後一個月內公開。
二、第四季：年度終了後三個月內公開。
前項應公開透明之資訊，包括截至當季為止之可用資金變化情形及支出用途。
管理機關為瞭解本基金執行之情形，得組成專案小組至學校訪視或委請會計師查核，並作成專案報告。
學校執行本基金有下列情形之一者，管理機關得令學校限期改善；屆期未改善者，得視其情節輕重，調降學校依第十一條第一項所定比率上限或限制不得支給：
一、年度決算實質短絀。
二、第十條第一項第一款至第三款人事費支出超過最近年度決算五項自籌收入百分之五十。
三、可用資金過低，致影響本基金健全。
四、依前條之專案報告，有涉及本基金執行之缺失或異常情形。
五、其他缺失或異常事項。
管理委員會及經費稽核委員會之運作、績效考核及其他相關事項之規定，由學校定之，經校務會議通過後，報管理機關備查。
學校附設醫院之基金收支、保管及運用不適用本辦法。
本辦法自發布日施行。