申請經營通關網路者，須為依公司法組織之股份有限公司，且公司實收資本額達新臺幣五億元。
申請經營通關網路者，應檢具下列文件向財政部申請許可：
一、經營通關網路許可申請書：應載明公司名稱、公司統一編號、所在地、負責人姓名、地址、身分證統一編號及電話號碼。
二、公司章程影本。
三、事業計畫書。
四、專業技術人員及管理階層人員之聘任及學經歷證明書，其中至少須四人以上分別具有通關、運輸或國際貿易業務之專門知識與經驗。
五、其他經財政部規定應提出之文件。
前項第三款之事業計畫書，應載明下列事項：
一、經營業務種類及其業務簡介內容，含營業區域、使用者設備及使用者接入方式。
二、系統設備概況，含系統架構圖、機房設備接續圖、責任分界點及機房設備明細表。
三、符合第六條第一項第一款之通關自動化需求事項說明。
四、預定開始營業日。
五、申請經營業務所需資金來源及運用。
六、預定之收費基準。
七、申請經營業務未來三年營運量及收支預估。
八、與國內外網路連線者，應附雙方協議書影本，協議書內容應包括下列事項：
（一）雙方約定提供之業務種類。
（二）有效期間或終止條款。
（三）其他權利義務關係。
九、系統備援計畫。
財政部對於經營通關網路之申請，得設置審查委員會予以審查，合於下列各款規定且無妨礙海關或單一窗口系統方便性、經濟性、績效性之虞者，發給籌設同意書：
一、網路系統均能符合下列通關自動化需求事項：
（一）完整性需求：應能配合海關整體通關作業流程，提供系統整合性之連線服務；應能傳送與接收除海關委託特定經營通關網路業者外已公告之所有訊息；並應與其他通關網路業者網路互連，以相互支援達到全程服務之功能。
（二）效率性需求：為確保合理可接受之處理效率，電腦網路系統應能有效處理一年至少一千萬份以上報單及每日尖峰時刻每小時處理一萬五千個以上訊息。於正常情形下，連線用戶端與通關網路間資料收送，應於三分鐘內取得確認。
（三）可靠性需求：除應保證通關資料之正確外，為確保通訊網路及電腦系統具穩定作業環境，應有異地備援設備，並具有完善之回復及備援措施，遇重大災害時應於三小時內於異地提供服務。
（四）使用性需求：應能提供系統全年無休每日二十四小時不停機服務，遇有電腦系統故障，應於三十分鐘內排除。
（五）安全性需求：為確保通關資料之安全，資訊安全管理系統應符合申請時之國際標準或國家標準，並建置資通安全管理中心且通過國家資通安全防護管理中心資安事件資料交換連通測試驗證。
（六）存證功能需求：電腦系統應具有存證功能，並提供調閱之服務。
（七）服務品質需求：應具有提供全年每日二十四小時通關自動化連線之相關諮詢服務能力。
（八）連線作業規範配合性需求：電腦通訊網路系統之各種連線作業規範及規格，應能配合海關要求，並能與單一窗口連線。
（九）其他經財政部特別指定之需求。
二、財務能力應符合下列條件：
（一）前三年度財務報表之稅前淨利累計無虧損。
（二）前一年度財務報表之財務結構符合下列標準：
（三）前一年度財務報表之償債能力符合下列標準：
（四）前三年度財務報表之現金流量平均數符合下列標準：
三、技術能力、經營管理能力及設備水準，均能符合經營通關網路需要。
前項之審查，如發現有欠缺文件或其他應補正事項，得限期要求補正，逾期不補正者，退回其申請。
第一項網路互連之項目，由財政部定之。
前條籌設同意書有效期間為六個月，申請人如未能於有效期間內完成財政部之測試驗證，應於期滿前，以書面敘明理由向財政部申請展期六個月，未在期限內通過測試驗證者，註銷其籌設同意書。
前項展期之申請，以一次為限。
申請人於通關網路設備裝妥並自行測試後，應以書面申請財政部派員進行測試驗證；其測試驗證程序，由財政部另定之。
前項申請人自行測試項目、財政部派員測試驗證項目及測試驗證之合格標準，均依第六條第一項第一款規定辦理。經測試驗證合格者，由財政部發給通關網路經營許可執照。
通關網路經營許可執照有效期間自財政部核准時起五年。於期限屆滿前六個月，經營者應申請重新換發經營許可執照，始得繼續經營。
換發通關網路經營許可執照之申請程序準用第四條至第八條規定。
通關網路經營許可執照有效期間屆滿之換照審理結果，財政部應於原通關網路經營許可執照有效期間屆滿前，以書面通知經營通關網路業者；如經書面審查及通關網路設備測試驗證合格者，並同時換發通關網路經營許可執照。
前項申請換照之審理結果，財政部如未及於原通關網路經營許可執照有效期間屆滿前，通知經營通關網路業者，得核發臨時執照，斟酌情況給予三個月內之有效期間，並以一次為限。
通關網路經營許可執照登載之事項變更時，應先經財政部許可及換發執照。
依第五條申請經營通關網路或第九條申請重新換發經營許可執照者，應先繳納審查費、測試驗證費及證照費，費用標準如下：
一、審查費：每件新臺幣六萬元。
二、測試驗證費：每件新臺幣二萬七千元。
三、證照費：每件新臺幣二千元。
依第十條申請換發經營許可執照或因執照污損、滅失、遺失等原因申請補發者，應先繳納證照費每件新臺幣二千元。
申請案件未通過第六條所規定之審查者，其依第十條之一繳納之費用，除審查費無息退還二分之一外，其餘費用無息全額退還。
申請案件未通過第八條之測試驗證者，其依第十條之一繳納之費用，除證照費無息全額退還外，其餘費用不予退還。