會計憑證包括原始憑證及記帳憑證。財團法人應根據原始憑證，編製記帳憑證，根據記帳憑證，登入會計帳簿。但整理結算及結算後轉入帳目等事項，得不檢附原始憑證。

原始憑證因事實上限制無法取得，或因意外事故毀損、缺少或滅失者，除依法令規定程序辦理外，應根據事實及金額作成憑證，由財團法人負責人或其指定人員簽名或蓋章，憑以記帳。

無法取得原始憑證之會計事項，財團法人負責人得令經辦及主管該事項之人員，分別或共同證明。

原始憑證除外來憑證外，內部及對外憑證格式應依法令、習慣或業務需要自行設計。

外來憑證及對外憑證應記載下列事項，由開具人簽名或蓋章：
一、憑證名稱。
二、日期。
三、交易雙方名稱及地址或統一編號。
四、交易內容及金額。

內部憑證由財團法人根據事實及金額自行製存。

記帳憑證之內容應包括財團法人名稱、傳票名稱、日期、傳票號碼、會計科目、事由、金額及檢附原始憑證之張數，並經相關人員簽名或蓋章。

原始憑證應附於記帳憑證之後作為附件。但為證明權責存在、應永久保存或另行裝訂較便之原始憑證，得另行彙訂保管，並按性質或保管期限分類編號，互註日期、編號、保管人、保管處所及編製目錄備查。

記帳憑證應按日或按月彙訂成冊，加製封面，封面上應記明冊號、起迄日期、記帳憑證張數，由代表財團法人之負責人授權經理人、主辦或經辦會計人員簽名或蓋章，妥善保管，並製目錄備查。