本辦法依私立學校法（以下簡稱本法）第五十九條規定訂定之。
本辦法所稱私立高級中等以上學校（以下簡稱學校），指教育部（以下簡稱本部）主管之私立高級中等學校、專科學校、技術學院、科技大學及一般大學校院。
學校於境外設立之分校、分部，不適用本辦法之規定。
學校經核准立案招生者，得申請補助；學校符合下列規定者，得申請獎勵：
一、經核准立案，且招生達二年以上。
二、學校招生、學籍、課程、人事、會計、財務及行政電腦化等校務運作正常，並建立內部控制制度。
三、學校財團法人組織及董事會運作正常。
四、專科以上學校最近一學年度新生註冊率，應達到本部公告之比率；高級中等學校最近二學年度新生註冊率，應達到本部公告之比率。
學校申請獎勵、補助，應檢具計畫書及相關文件、資料，向本部提出。
前項計畫書，應包括學校使用獎勵、補助經費之計畫；其計畫內容應符合第十一條規定。
本部為審查前條申請，得就學校之現有規模、評鑑成績、辦學特色、行政運作、配合本部重要政策推動績效、整體資源投入或助學措施之審查事項，訂定獎勵、補助經費審查及核配基準。
前項審查及核配基準，應包括審查事項評估指標項目占獎勵、補助經費之比率與計算方式，及依第八條規定核減獎勵、補助經費之計算方式，並由本部公告之。
學校、分校、分部符合下列規定者，得增加其獎勵經費：
一、設立地點位於教學資源不足之地區。
二、設立之類科、系、所具稀少性及國家發展所需，且公立學校未能充分設立。
三、透過本部介聘機制聘任因學校法人停辦所設學校之合格教師。
四、最近一學年度日間學制新生註冊率，應達到本部公告之比率，且曾申請調減下一學年度日間學制招生名額。
五、專科以上學校之生師比值及專任助理教授以上師資結構，符合專科以上學校總量發展規模與資源條件標準規定，且兼任教師鐘點費支給基準不低於公立專科以上學校基準；高級中等學校兼任教師及代課教師鐘點費支給基準不低於公立高級中等學校基準。
依本法第八條規定設立之宗教研修學院，其依本辦法規定申請獎勵、補助者，採定額方式辦理，不適用第四條規定；其金額，由本部定之。
本部依第四條規定核定學校獎勵、補助經費，應以該校前一學年度總收入之一定比率為限；其一定比率，由本部公告之。
學校因違反法令規定曾經本部處分者，得按其情節輕重，減少其部分或全部之獎勵、補助經費。
本部為辦理獎勵、補助經費之審查及核配，應遴聘（派）學者、專家及機關代表組成審查小組。
學校依第三條規定申請獎勵、補助，經審查小組審查後，由本部核定之。
第三條所需獎勵、補助經費，由本部按年訂定運用計畫，編列預算。
前項經費之編列，應分為獎勵及補助二種經費；其分配比率，由本部定之。
學校使用獎勵、補助經費，應符合下列規定：
一、成立或指定專責單位，負責規劃學校獎勵、補助經費之使用及相關事宜。
二、獎勵、補助經費以充實、改善教學軟硬體及師資結構為優先。
三、獎勵、補助經費應符合本部所定資本門與經常門支用比率及流用方式，並訂定相關經費支用規定及程序，據實核支，且採專款專用及專帳管理。
四、使用獎勵、補助經費辦理採購時，應依政府採購法及校內相關採購規定程序辦理。
五、獎勵、補助經費之支用，應符合本部所指定之用途；其所增置之財產，應列入校內財產清冊，並辦理登錄。
六、獎勵、補助經費配合政府會計年度執行，當年度所購置資本門之設備，學校應善盡保管之責，不得處置或變賣。
七、經本部核定停辦計畫之學校，得使用獎勵、補助經費優先支應停辦所需費用。
八、獎勵、補助經費應於當年度全數執行完竣；未執行完竣者，應敘明原因報本部核准後，始得展延；其未申請或申請未經核准者，應繳回未執行完竣之經費。
九、獎勵、補助經費支用情形、執行成效及採購案件等資料，應予公開。
十、學校經會計師查核簽證之決算及年度財務報表，應依教育經費編列與管理法相關規定公告之。
十一、獎勵、補助經費執行相關資料應確實，不得有虛偽不實情事。
為瞭解學校之獎勵、補助經費執行，本部得辦理書面審查或赴學校訪視經費執行情形；其書面審查或訪視工作，得委託經核准立案之學術機構、團體辦理。受委託之學術機構、團體，應具備專業客觀能力。
本部或本部委託之學術機構、團體，辦理專科學校、技術學院、科技大學及一般大學校院之書面審查或訪視，依下列規定為之：
一、組成書面審查或訪視小組，統籌整體書面審查或訪視事宜。
二、辦理訪視者，應訂定訪視實施計畫，並於訪視前通知學校；計畫內容包括訪視項目、程序及其他相關事項。
三、辦理書面審查或訪視說明會。
四、書面審查或訪視結束後，應彙整意見報告，由本部公告。
五、書面審查或訪視小組委員應迴避事項，依行政程序法規定辦理。
六、書面審查或訪視小組委員及參與人員對於因書面審查或訪視工作而獲取之各項資訊，應負保密義務，非經本部同意，不得公開。
本部或本部委託之學術機構、團體，辦理高級中等學校之訪視，得準用前項規定。
學校申請獎勵、補助資料，有虛偽不實者，撤銷其部分或全部之獎勵、補助。
學校違反相關法令規定，經提審查小組討論後，依本法第五十五條所定程序，停止部分或全部之獎勵、補助；其已領取者，並得依本法第六十條規定，命其繳回部分或全部之獎勵、補助經費。
第三條第一項第四款申請獎勵規定，於高級中等學校、專科學校、技術學院及科技大學，自中華民國一百零六年一月一日起適用之。
本辦法自發布日施行。