學校法人及學校應實施內部稽核，協助董事會、校長檢核本制度之有效程度，衡量學校法人及學校營運之效果及效率，適時提供改進建議，確保本制度得以持續並有效實施。

學校法人及學校應分別訂定內部稽核實施辦法，並至少包括下列項目：
一、內部稽核之實施目的。
二、內部稽核之定位、組成、職權及責任。
三、釐定稽核項目、時間、程序及執行方式。

學校法人應置專職或兼職稽核人員，或指派學校稽核人員兼任，辦理學校法人稽核業務。

學校年度總收入在新臺幣二十億元以上，或學生人數在二萬人以上者，應依學校規模、校務情況及管理需要，配置隸屬於校長之專任稽核人員一人至數人，執行內部稽核業務；必要時，得設專責稽核單位，並置稽核主管一人。

學校年度總收入未達新臺幣二十億元且學生人數未達二萬人者，得準用前項規定，或置隸屬於校長之兼任稽核人員，執行內部稽核業務；高級中等以下學校得委任非辦理學校法人或學校該年度財務簽證之會計師，執行內部稽核業務。

學校法人及學校之稽核人員或委任之會計師，應依規定分別對學校法人、學校內部控制進行稽核，以衡量其對現行人事、財務與營運所定政策、作業程序之有效性及遵循程度，並不得牴觸會計職掌；其職權如下：
一、人事、財務、營運等活動之事後查核。
二、現金出納處理之事後查核。
三、學校現金、銀行存款及有價證券之盤點。
四、財務上增進效率與減少不經濟支出之查核及建議。
五、專案稽核事項。

學校法人及學校稽核人員或委任之會計師，應依風險評估結果，分別擬訂稽核計畫。學校法人稽核計畫應經董事會議通過，學校稽核計畫應經校長核定；修正時，亦同。

稽核人員或委任之會計師，應依前項所定稽核計畫，據以稽核內部控制有效執行情形。

學校法人及學校稽核人員或委任之會計師於稽核時所發現之本制度缺失、異常事項及其他缺失事項，應於年度稽核報告中據實揭露，檢附工作底稿及相關資料，作成稽核報告並定期追蹤。

前項所定其他缺失事項，包括如下：
一、政府機關檢查所發現之缺失。
二、會計師於財務查核簽證或專案查核所發現之缺失。
三、其他缺失。

第一項之稽核報告、追蹤報告、工作底稿及相關資料，應至少保存五年。

學校法人稽核人員或委任之會計師應定期將學校法人稽核報告及追蹤報告送董事會，並將副本陳送監察人查閱。但發現重大違規情事，或學校法人或學校有受重大損害之虞時，應立即作成稽核報告，提報董事會，並將副本陳送監察人查閱。

學校稽核人員或委任之會計師應定期將學校稽核報告及追蹤報告送校長核閱，並將副本陳送監察人查閱。但如發現重大違規情事，對學校法人或學校有受重大損害之虞時，應立即作成稽核報告陳送校長核閱，校長接獲報告後，應立即評估改善並送董事會，且將副本陳送監察人查閱。

監察人接獲學校法人或學校稽核報告，對學校法人或學校重大違規情事，或對學校法人或學校有受重大損害之虞時，應於接獲報告後十日內，函報學校法人及學校主管機關。

學校法人及學校之稽核人員或委任會計師執行稽核業務時，得請學校法人及學校相關業務承辦單位或人員，提供相關帳冊、憑證、文件及其他稽核所需之資料。