國立大學申請設立研究學院者，經校務會議通過後，應檢具下列資料或證明文件報主管機關召開審議會審議：
一、符合第四條第四項公告之申請條件文件。
二、創新計畫書。
三、大學組織規程、研究學院組織規程及其員額編制表。
四、校務會議審議通過之會議紀錄。
五、其他主管機關規定文件。

前項第三款研究學院組織規程及員額編制表，應於研究學院設立後，報主管機關核定後實施。

前條第一項第二款創新計畫書，應載明研究學院對下列事項之規劃：
一、創新理念及計畫特色。
二、創新計畫期程、所在地。
三、合作企業每年提供研究學院之資金規劃與參與產學合作及人才培育機制。
四、院長之資格、產生方式、任期、續聘、解職要件等事項。
五、各級行政主管人員、所長與學位學程主任等學術主管之資格及產生方式。
六、人員聘任程序、聘期、兼職、借調、資格審查、年齡及編制外人員資格之相關人事制度。
七、與產業共同建立之院長、教師、專業技術人員、研究人員薪給以外之給與；職員及國立大學兼辦人員績效工作酬勞之彈性給與。
八、增設、調整研究所、學位學程、博士入學考試資格、學士逕修讀碩士學位、招生方式與名額、修業期限及修習學分數。
九、國外學歷採認程序、學位名稱、授予要件、學位證書之頒給與註記、碩士學位與博士學位考試委員會之設置、博士學位候選人之要件。
十、課程設計、教學與師資配置、產業培育人才之合作機制及共同指導模式。
十一、實施全外語教學之時程。
十二、境外生招生。
十三、教學品質保證機制。
十四、風險管理制度及採購作業。
十五、研發成果收入一定比率提供國立大學用於改善師資、充實設備與其他校務發展及預期效益。
十六、產學合作及人才培育之績效目標。
十七、投資項目、額度上限及其審議程序。
十八、預算編製與執行、決算編造及審計事項之相關財務收支管理。
十九、停辦或不續辦之後續處理機制、學生、教師及其他相關人員安置。
二十、國立大學經管國有財產變更管理機關、研究學院經管國有財產提供使用。

前項所列事項之範圍內，研究學院依本條例不適用有關法律及相關法規之規定者，應於創新計畫書中載明不適用之相關規定及其替代措施。

創新計畫期程為八年以上十二年以下；經主管機關依第十二條第一項規定核定續辦者，應考量辦理績效，每次延長期限為八年以上十二年以下。

主管機關應於受理申請案件後二個月內作成核定或駁回之決定，並以書面通知國立大學；必要時，得延長一次，並以一個月為限。

國立大學經主管機關通知補送申請文件者，前項審議期間自備齊文件之次日起算。

創新計畫經主管機關依第一項核定後，研究學院之相關規定應依計畫內容擬訂，並依本條例所定程序通過後，由國立大學報主管機關備查。

創新計畫結束前，研究學院應提出結果報告，並得同時提出續辦之申請，經管理會及監督會審議，送校務會議通過，於創新計畫結束六個月前，由國立大學報主管機關；其續辦之申請、審議及核定程序，準用第八條、第九條及前條規定。

前項結果報告，應包括創新計畫辦理績效、改進措施及其他應備事項。

創新計畫經主管機關依第十一條核定後，以不變更為原則；計畫內容如有變更之必要時，應經管理會及監督會審議通過後，由國立大學報主管機關召開審議會審議通過後核定。