本準則依水污染防治法（以下簡稱本法）第十條第三項規定訂定之。

本準則所稱水體，指海洋以外之地面水體。

海洋水質監測站設置及監測，依海洋污染防治法及其相關規定辦理。

地下水體水質監測站設置及監測，依土壤及地下水污染整治法及其相關規定辦理。

各級主管機關應依監測目的需求，考量下列位置設置監測站：
一、背景水質代表性地點。
二、水體分類河段之水質代表性地點。
三、水庫水質代表性地點。
四、重要水利用點。
五、重要污染源流入點。
六、河川、排水路出海口。
七、其他依水質管理需求指定之地點。

前項監測站設置得依採樣安全性及可行性，作適度調整。

第一項第六款得設於最接近出海口之橋樑或人工設施上。

各級主管機關定期監測水體水質監測站之檢測項目與採樣頻率如下：
一、河川：氫離子濃度指數（pH）、導電度、溶氧量、生化需氧量、懸浮固體、氨氮，每月監測一次；重金屬每季監測一次。
二、水庫、湖潭：葉綠素 a、透明度及總磷，每季監測一次。
三、河川、排水路出海口：河川、排水路出海口距離二公里內有養殖區者，於該出海口污染濃度較高之季節時段，調查水質重金屬項目，未符合地面水體分類及水質標準附表二保護人體健康相關環境基準（以下簡稱環境基準）者，每季監測重金屬一次。
四、主要飲用水取水口：於污染濃度較高之季節，調查重金屬水質項目，未符合環境基準者，每季監測重金屬一次。

依其他法令規定設置水體管理機關（構），且依其用水目的或管理需求執行水質監測者，各級主管機關得不重複設置監測站。

各級主管機關得依各水體水質管理需求或使用目的，委託水體管理或取用機關（構）辦理水質監測。

各級主管機關應公告水質監測資料於該機關網頁。

各級主管機關依第四條辦理之定期水體水質監測結果，應記明監測採樣位置地理座標，並依規定格式傳送至中央主管機關資料整合平台，開放各界應用。

各級主管機關應定期監測地面水體水質，其污染物濃度未符合環境基準者，應於檢驗結果公告後七日內通知各目的事業主管機關，依本法第十條第五項規定辦理。

各級主管機關得視預算經費、水體水質或水質管理需求，增減監測站位置、監測項目及頻率。

各級主管機關應至少每三年依歷年水質監測結果及水污染整治需要，考量水域環境地理特性、水體水質特性及現況，就水質監測採樣之地點、項目及頻率予以檢討；必要時，得調整之。

本準則自發布日施行。