本辦法依廢棄物清理法第二十八條第三項規定訂定之。
本辦法專用名詞定義如下：
一、教育機構：指各級主管教育行政機關所屬或所轄公、私立學校與其附屬機構、學術研究機構、社會教育機構，及其他經教育部（以下簡稱本部）認定從事教學、研究之機構。
二、教育機構事業廢棄物：指由教育機構之實驗室所產生之廢棄物。但不包括學校附屬醫療機構產生之事業廢棄物。
三、共同清除機構：指由教育機構共同設立，非以營利為目的之教育機構事業廢棄物清除機構。
四、共同處理機構：指由教育機構共同設立，非以營利為目的之教育機構事業廢棄物處理機構。
前項第三款、第四款規定之共同清除、共同處理機構，以清除、處理其所由設立之教育機構事業廢棄物為範圍。但法規另有規定者，不在此限。
共同清除、共同處理機構應置下列人員：
一、共同清除機構：甲級廢棄物清除技術員一人，專任。
二、共同處理機構：乙級以上廢棄物處理技術員二人，專任，其中甲級廢棄物處理技術員至少一人。
共同清除、共同處理機構所置之甲級廢棄物清除技術員、甲級廢棄物處理技術員應負責共同清除、共同處理機構正常營運及廢棄物清除、處理技術之管理，並應審查本部或環保署指定申報之相關文件，並簽署之。
共同清除機構籌備單位向本部申請設立許可證時，應檢具下列相關文件：
一、申請表。
二、會員名冊（含各會員名稱）及共同關係等相關資料。
三、教育機構廢棄物清除設施及工具配置說明書。
四、清除設施用地之相關證明文件。（如土地使用分區、土地所有權狀、使用同意書等）
五、營運管理計畫說明書。
六、教育機構廢棄物處理及最終處置方式。
七、財務計畫書。
八、其他經本部指定或相關法令規定之文件。
共同處理機構籌備單位向本部申請設立許可證時，應檢具下列相關文件：
一、申請表。
二、會員名冊（含各會員名稱）及共同關係等相關資料。
三、教育機構廢棄物處理設施規格功能、處理能力說明書。
四、處理設施用地之相關證明文件。（如土地使用分區、土地所有權狀、使用同意書等）
五、工程計畫說明書。（含進度表、設置規模等）
六、污染防治計畫書。
七、營運管理計畫說明書。（含教育機構廢棄物種類、來源等）
八、教育機構廢棄物最終處置方式。
九、財務計劃書。
十、其他經本部指定或相關法令規定之文件。
共同清除機構設立完成後，向本部申請共同清除營運許可證時，應檢具下列相關文件：
一、申請表。
二、組織章程。
三、共同清除機構設立許可證。
四、清除技術員資格之證明文件。
五、教育機構廢棄物清除設施及工具清冊（含清運工具車籍資料）。
六、營運管理計畫書。
七、教育機構廢棄物處理及最終處置去處證明文件。
八、其他經本部指定或相關法令規定之文件。
共同處理機構設立完成後，向本部申請共同處理操作許可證時，應檢具下列相關文件：
一、申請表。
二、組織章程。
三、共同處理機構設立許可證。
四、處理技術員資格之證明文件。
五、教育機構廢棄物處理設施完工驗收證明文件。
六、試運轉功能檢驗報告。
七、污染防治監測計畫書。
八、營運管理計畫書。
九、教育機構廢棄物最終處置去處證明文件。
十、其他經本部指定或相關法令規定之文件。
本部核發前四條規定之許可證，其審查期限自受理申請日起算六十日，情形特殊者，其審查期限得延長一次。
本部於核發共同清除、共同處理機構許可證時，應副知環保署。
共同清除營運許可證及共同處理操作許可證應登載事項如下：
一、核准字號及日期。
二、機構名稱及地址。
三、負責人姓名、住址及國民身分證統一編號。
四、場（廠）地點。
五、清除、處理教育機構廢棄物之種類及代碼、數量、處理方法、中間處理或最終處置地點等相關事項。
六、有效期限。
七、會員名冊（含各會員名稱）。
八、其他經本部指定或相關法令規定之登載事項。
共同處理機構應於取得設立許可證之次日起三個月內開工，並於完工驗收後之次日起三個月內，申請核發共同處理操作許可證。
共同處理機構有特殊原因經本部核准者，不受前項期限之限制。
共同清除、共同處理機構，應經本部核發共同清除、共同處理設立許可證後，始得設立。
共同清除、共同處理機構，應經本部核發共同清除營運許可證、共同處理操作許可證後，始得營運。
共同清除營運許可證及共同處理操作許可證之有效期限為五年，有效期限屆滿前三至五個月得請展延，每次展延不得逾五年，逾期應重行申請許可。
共同清除、共同處理機構向本部申請展延時，應檢具下列文件：
一、共同清除營運許可證
（一）申請表。
（二）原核發許可證。
（三）清除技術員資格之證明文件。
（四）教育機構廢棄物處理及最終處置去處證明文件。
（五）教育機構廢棄物清除設施及工具清冊。（含清運工具車籍資料）
（六）其他經本部指定或相關法令規定之文件。
二、共同處理操作許可證
（一）申請表。
（二）原核發許可證。
（三）處理技術員資格之證明文件。
（四）場（廠）運轉採樣及監測報告。
（五）教育機構廢棄物最終處置去處證明文件。
（六）其他經本部指定或相關法令規定之文件。
共同清除、共同處理機構經營教育機構廢棄物清除、處理業務，除依廢棄物清理法及相關規定外，並應依審查通過之申請文件內容辦理，不得為未經許可或核備之事項。
本部受理申請共同清除、共同處理機構之審查作業要點，由本部另定之。
共同清除、共同處理機構應將每日清除、處理情形逐項作成操作、營運紀錄，並隨清除、處理設施存放，以供查核。
共同清除、共同處理機構應於每年一月、四月、七月、十月十五日前，以書面向本部申報前一季之操作、營運紀錄，其申報事項及紀錄保存格式，準用公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法之規定。
共同清除、共同處理機構完工開始營運當季之實際營運月數不足三個月時，其操作、營運紀錄，以實際營運月數申報之。
本部得派員進行前項資料之查核，共同清除、共同處理機構應配合辦理。
共同清除、共同處理機構許可事項之變更，應依下列規定辦理：
一、許可證登載事項中，機構名稱、地址、負責人姓名、住址、國民身分證統一編號及會員名冊變更時，應於變更後三十日內，檢附有關證明文件，向本部申請辦理變更。
二、共同清除、共同處理機構聘僱之清除技術員、處理技術員未能從事業務或離職時，該機構應於該員離職前另聘符合資格規定者接任，上述人員之離職及另聘，該機構應於十五日內報請本部備查。
三、除前二款規定外，其他經審查通過之申請文件內容及許可證登載事項變更時，應於變更前檢附有關證明文件，向本部申請辦理變更；本部得視其變更內容，必要時予以重新審查；經審查核准後始得變更。
本部應於受理前項申請後六十日內完成審查，情形特殊者，其審查期限得延長一次。
共同清除、共同處理機構有下列情形之一，經本部通知限期完成改善，屆期未改善或未完成者，廢止其許可：
一、未依第十一條規定辦理者。
二、有第十七條之情事，未依規定辦理變更者。
三、喪失經營業務能力或連續十二個月內無經營廢棄物共同清除、共同處理業務之業績者。
四、從事未經許可之業務事項，或將共同清除、共同處理業務轉包營運者。
五、聘僱之清除技術員、處理技術員非在該機構全職專任其職務者。
六、營運及操作紀錄之申報、保存未依第十六條之規定辦理或內容與事實不符者。
七、違反其他法令規定，屬情節重大者。
共同清除、共同處理機構終止營運者，應於一個月內向本部申報並繳回許可證。
共同清除、共同處理機構暫停營運超過三個月以上者，至遲應於屆滿三個月後十五日內向本部報備，並繳回許可證；如於許可證繳回後一年內欲復業者，應向本部申請發還之，始得繼續營運。
未依前二項規定報備或繳回者，本部得逕予廢止其許可。
共同清除、共同處理機構終止營運、經本部廢止許可後，其未完成之清除、處理業務，應依下列規定辦理：
一、於限期內委託合法之清除、處理機構代為清理，並將執行完成之報告書送本部備查。
二、逾期不為清除處理時，依廢棄物清理法第三十四條之相關規定辦理。
清除技術員、處理技術員有下列情形之一者，由本部函請環保署依廢棄物清理法及其相關法規辦理：
一、所受僱之共同清除、共同處理機構違法或不當營運，係因清除技術員、處理技術員之行為致污染環境或危害人體健康，情節重大者。
二、清除技術員、處理技術員使共同清除、共同處理機構借用其名義登記為專業管理人員者。
三、同一時間受聘僱於不同機構擔任專業管理人員者。
四、其他違反本辦法規定，經本部認定情節重大者。
本部得委託特定機關（構）辦理審查、訓練、輔導、評鑑及表揚績優共同清除、共同處理機構及工作人員等事項。
本辦法所規定之申請書、許可證、計畫書等文件格式，由本部定之。
本辦法自發布日施行。