智慧財產及商業法院組織法第三條第二款本文、第四款所定刑事案件，由地方法院管轄。
營業秘密刑事案件之第一審管轄，依下列各款規定定之，不適用前項規定：
一、犯營業秘密法第十三條之一、第十三條之二、第十三條之三第三項及第十三條之四之罪之案件，應由第一審智慧財產法庭管轄。
二、犯國家安全法第八條第一項至第三項之罪之案件，應由第二審智慧財產法庭管轄。
與前項第一款之案件有裁判上一罪或刑事訴訟法第七條第一款所定相牽連關係之第一審管轄權屬於地方法院之其他刑事案件，經檢察官起訴或合併起訴者，應由第一審智慧財產法庭管轄。
第二項第一款之案件，其偵查中強制處分之聲請，應向犯罪地或被告之住所、居所或所在地之地方法院為之。
卷宗及證物之內容涉及營業秘密者，法院得依當事人或利害關係人之聲請不公開審判。
卷宗及證物之內容涉及營業秘密者，法院得依當事人、利害關係人之聲請或依職權限制卷宗及證物之檢閱、抄錄、攝影或其他方式之重製。
法院辦理前二項不公開審判及卷宗、證物之檢閱、抄錄、攝影或其他方式之重製範圍及方法等事項，由司法院會同行政院定之。
營業秘密刑事案件及其附帶民事訴訟，其卷宗及證物之內容涉及當事人或利害關係人之營業秘密，而為犯罪事實或損害賠償事實之證明或釋明方法者，除有特別情形外，當事人或利害關係人於第一次審判期日前，得聲請法院定其去識別化之代稱或代號。
前項聲請，應以書狀明確記載下列事項：
一、應去識別化之營業秘密。
二、代稱或代號之用語。
三、第一款之營業秘密於訴訟程序開示，有妨害當事人或利害關係人基於該營業秘密之事業活動之虞。
法院為第一項裁定前，應予訴訟關係人陳述意見之機會。
法院對於第一項之聲請，認為不合法律上之程式或法律上不應准許或無理由者，應以裁定駁回之。但其不合法律上之程式可以補正者，應定期間先命補正。
法院認為第一項之聲請有理由者，除有特別情形外，應於第一次審判期日前裁定准許之。
前二項裁定，不得抗告。
不服第一審智慧財產法庭關於第五十四條第二項第一款案件依簡易程序所為裁判，提起上訴或抗告者，應向智慧財產法庭合議庭為之。
前項情形，準用刑事訴訟法第四百五十五條之一第二項、第三項及第四編規定。
不服地方法院關於第五十四條第一項案件或第一審智慧財產法庭受理之案件，依通常、簡式審判或協商程序所為第一審裁判，提起上訴或抗告者，應向第二審智慧財產法庭為之；不服地方法院關於第五十四條第一項及第二項第一款案件於偵查中所為強制處分裁定，提起抗告者，亦同。
與第五十四條第一項案件有刑事訴訟法第七條第一款所定相牽連關係之其他刑事案件，經地方法院合併裁判，並合併上訴或抗告者，適用前項規定。但其他刑事案件係較重之罪，且案情確係繁雜者，第二審智慧財產法庭得裁定合併移送該管高等法院審判。
前項但書之裁定，得為抗告。
前條第二項但書之情形，受移送之法院認管轄權有爭議者，除當事人已依前條第三項規定提起抗告，經最高法院認為無理由者外，應以裁定停止訴訟程序，並向最高法院請求指定管轄法院。
前項情形，最高法院認受移送法院有管轄權，應以裁定駁回之；認受移送法院無管轄權，應以裁定指定該案件之管轄法院。
前項情形，受指定之法院，應受指定裁定之羈束。
受移送法院或受指定之法院所為本案裁判之上訴，最高法院不得以無管轄權為由撤銷之。
前條第一項停止訴訟程序之裁定，受移送法院得依聲請或依職權撤銷之。
受移送法院為前項裁定後，應速通知最高法院。
受移送法院所為第一項裁定確定時，視為撤回其指定之請求。
移送訴訟前或第五十九條第二項之裁定前，如有急迫情形，事實審法院應依聲請或依職權為必要之處分。
移送訴訟之裁定確定時，視為該訴訟自始即繫屬於受移送之法院。
前項情形，法院書記官應速將裁定正本附入卷宗，送交受移送之法院。
不服第二審智慧財產法庭所為裁判，提起上訴或抗告者，除別有規定外，應依刑事訴訟法規定，向最高法院為之。
前項情形，最高法院應適用第三審程序，並設立專庭或專股辦理。
審理第五十四條第一項及第二項案件之附帶民事訴訟，其刑事訴訟經依刑事訴訟法第一百六十一條第二項裁定駁回起訴者，應以裁定駁回原告之訴，並準用刑事訴訟法第五百零三條第一項至第三項規定。
審理第五十四條第一項及第二項案件之附帶民事訴訟，除最高法院依刑事訴訟法第五百零八條至第五百十一條規定裁判者外，應自為裁判，不適用刑事訴訟法第五百零四條第一項、第五百十一條第一項本文規定。但依刑事訴訟法第四百八十九條第二項規定諭知管轄錯誤及移送者，不在此限。
事實審法院違反第一項、前項本文、刑事訴訟法第五百零二條第一項、第五百零三條第一項本文、第四項規定，將附帶民事訴訟裁定移送法院之民事庭者，應於裁定送達後十日內依職權撤銷之，逾期未撤銷者，除別有規定外，視為撤銷該移送裁定。
前項依職權或視為撤銷裁定，應通知受移送法院之民事庭。
第三項情形，於受移送法院之民事庭已為終結者，不適用前二項規定。
第三項移送之裁定經依職權撤銷者，不得聲明不服。
不服地方法院關於第五十四條第一項案件或第一審智慧財產法庭受理之案件，依通常、簡式審判或協商程序之附帶民事訴訟所為裁判，提起上訴或抗告者，應向第二審智慧財產法庭為之。
不服第一審智慧財產法庭關於第五十四條第二項第一款案件依簡易程序之附帶民事訴訟所為裁判，提起上訴或抗告者，應向該智慧財產法庭之合議庭為之。
不服第二審智慧財產法庭受理之案件，依通常、簡式審判或協商程序之附帶民事訴訟所為裁判，提起上訴或抗告者，應依刑事訴訟法規定，向最高法院為之。
第四十八條第二項規定，於前項情形準用之。
第五十四條第一項及第二項案件之附帶民事訴訟應與刑事訴訟同時裁判。但有必要時，得於刑事訴訟裁判後六十日內裁判之。
對於簡易程序之附帶民事訴訟第二審裁判上訴或抗告於第三審法院者，準用民事訴訟法第四百三十六條之二至第四百三十六條之五規定。
第二十九條第一項、第三十六條至第四十條、第四十一條第一項及第五十三條規定，於審理第五十四條第一項及第二項案件或其附帶民事訴訟時，準用之。
第四十九條規定，於審理違反商標法案件而提起之附帶民事訴訟時，準用之。
第五十四條第一項及第二項案件，準用刑事訴訟法關於被害人訴訟參與之規定。