智慧財產及商業法院得視事務之繁簡，就智慧財產法庭及商業法庭分設各庭，每庭各置庭長一人，法官若干人。

前項各庭庭數之設置，應陳報司法院核備。

庭長職掌如下：
一、本庭事務之監督。
二、執行處事務之監督。
三、本庭評議之主持。
四、本庭評議簿之保管。
五、本庭各項文稿之決行。
六、本庭法官工作之考核與獎懲之擬議。
七、配置本庭法官助理及其他職員工作之指揮及操行、學識、能力之監督、考核與獎懲之擬議。
八、年終會議決議及院長交辦事項之處理。
九、人民陳訴事件之調查及擬議。
十、法律問題之研究。
十一、抽籤或電腦分案事務之主持。
十二、有關業務改進建議事項。
十三、其他有關庭務之處理。

前項規定，於未設庭長之審判長準用之。

各庭庭長相互間行政事務之劃分與處理，由年終會議或院長徵詢有關庭長意見後決定之。並得以一人負責共同性之行政事務。

庭長因故不能執行職務時，行政事務之代理依第四條第一項代理次序定之。

智慧財產案件及商業事件，應依智慧財產及商業法院編號計數分案報結實施要點規定，分別分配智慧財產法庭、商業法庭各法官辦理。

法官配受之案件，因故不能辦理者，應經庭長報請院長核定後重行分案。其接辦之法官仍因故不能辦理者，亦同。

法官依前項規定將案件移出或移入者，應補分或減分相同數額之新收案件。

裁判之評議應將各法官意見及決議記錄於評議簿。

法官配受之案件，應依法製作裁判書，並依法律規定期限，將裁判書交付書記官公告主文。

智慧財產及商業法院院長得指定庭長、法官專責辦理下列事項，並酌予減分或停分案件：
一、檢查法院及所屬分院業務。
二、確定案件之審查事項。
三、人民陳訴事件之處理事項。
四、法令疑義之研擬事項。
五、規劃、推動司法業務革新事項。

法官每屆月終，應將本月份案件收結情形及遲延、視為不遲延案件未結原因列表分送庭長、院長核閱。