有下列情形之一者，處新臺幣三百萬元以上一千五百萬元以下罰鍰，並得令其停止現場作業、運轉或限載運轉：
一、違反第六條第一項、第二項規定裝填核子燃料或運轉。
二、違反第十一條第一項規定，僱用未領有合格執照人員操作或無執照而擅自操作核子反應器。
三、違反第十四條第一項規定而有危害公眾健康與安全或環境生態之虞，且情節重大、未於期限內改善或採行必要措施者。

不遵行主管機關前項命令者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣三百萬元以下罰金。

違反第五條第一項規定擅自建廠者，處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰，並勒令停工、補辦手續；必要時，得限期令其拆除設施。

依前項規定勒令停工後，擅自復工，或屆期未拆除設施者，處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰，並強制其拆除設施。

依前項規定強制拆除後，擅自復工經制止不從者，處三年以下有期徒刑或拘役，得併科新臺幣三百萬元以下罰金。

法人之負責人、法人或自然人之代理人、受僱人或其他從業人員，因執行業務犯第二十九條第二項或前條第三項之罪者，除處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以各該條之罰金。

違反第二十一條第一項規定，未依主管機關規定之期限完成除役者，處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰，並得按年處罰。

未依第二十三條第二項或第三項規定期限提出除役計畫者，處新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰，並限期令其提出計畫；屆期未提出者，按次連續處罰。

有下列情形之一者，處新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰，並限期令其改善；屆期未改善者，按次連續處罰：
一、違反第四條第二項、第十二條第一項或第二項、第十五條第一項、第十六條第一項、第十七條、第十九條、第二十五條第一項或第二十八條規定。
二、違反主管機關依第八條或第十五條第二項規定所定之辦法。

有下列情形之一者，處新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰鍰，並限期令其改善；屆期未改善者，得令其停止現場作業、運轉之全部或一部或廢止其執照：
一、違反主管機關依第七條規定所定核子反應器設施安全設計準則之規定。
二、未依第九條規定作整體安全評估，並報主管機關審核。
三、違反第十三條第一項規定。
四、違反第二十五條第二項規定。

規避、妨礙或拒絕主管機關依第十四條第一項規定實施之檢查或要求檢送資料者，處新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得按次連續處罰及強制檢查。

違反主管機關依第七條規定所定核子反應器設施品質保證準則之規定者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得令其停止現場作業、運轉、限載運轉或廢止其執照。但情節輕微者，應先限期令其改善。

有下列情形之一者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並限期令其改善；屆期未改善者，按次連續處罰：
一、違反第十條規定，未依主管機關之規定提出報告、紀錄或記載不實。
二、違反第十八條規定，未依主管機關規定期限申請變更登記。

依本法所處之罰鍰，經主管機關限期繳納，屆期未繳納者，依法移送強制執行。

經依本法規定廢止執照者，自廢止之日起，一年內不得申請同類執照。