違反第二十四條第二項前段或第二十七條第一項準用第二十四條第二項前段規定，棄置依第二十四條第一項公告或依第二十七條第一項準用第二十四條第一項公告之甲類物質於海洋，或違反第二十八條規定從事有害物質之海上焚化者，處三年以下有期徒刑，得併科新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰金。

犯前項之罪，因而致嚴重污染海洋者，處七年以下有期徒刑，得併科新臺幣三千萬元以上一億元以下罰金。

第一項之未遂犯罰之。

違反第十八條第一項規定，未經許可而排放廢（污）水於與海域相鄰接之區域者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣一億元以下罰金。

違反第二十條第一項規定，未經許可利用海洋設施從事探採油礦、輸送油、化學品或排放廢（污）水者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣三十萬元以上三千萬元以下罰金。

依本法規定有申請或申報義務，明知為不實之事項而申請、申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣三十萬元以上五百萬元以下罰金。

不遵行主管機關依第四十八條、第五十條或第五十五條規定所為之停工命令者，處二年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣五十萬元以上一千萬元以下罰金。

法人之負責人或監督策劃人員犯第四十條至第四十四條之罪者，加重其刑至二分之一。

法人之負責人、法人或自然人之代理人、受僱人或其他從業人員，因執行業務犯第四十條至第四十四條之罪者，除依各該條規定處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以各該條之罰金。

雇主不得因受僱人或利害關係人向主管機關或司法機關揭露違反本法之行為、擔任訴訟程序之證人或拒絕參與違反本法之行為，而予解僱、降調、減薪、損害其依法令、契約或習慣上所應享有之權益，或其他不利之措施。

雇主為前項不利措施者，無效。

受僱人或利害關係人因第一項規定之行為受有不利措施者，雇主對於該不利措施與第一項規定行為無關之事實，負舉證責任。

受僱人或利害關係人曾參與依本法應負刑事責任之行為，而向主管機關揭露或向司法機關自白或自首，因而查獲其他正犯或共犯者，減輕或免除其刑。

違反第十五條第一項規定，未經許可從事油輸送、海域工程、海洋棄置或其他可能造成海洋污染之行為者，處新臺幣三十萬元以上一億元以下罰鍰。

未依第十五條第四項規定協助處理緊急污染事件者，處新臺幣五十萬元以上五千萬元以下罰鍰。

違反第三十一條第二項或第三十二條規定者，依其船舶規模處下列額度之罰鍰，並得限期令其改善；屆期未改善者，得按次處罰；情節重大者，得令其停工：
一、總噸位四百以上之一般船舶及一百五十以上之油輪或化學品船：新臺幣一百萬元以上三千萬元以下。
二、未達前款規模之船舶：新臺幣三十萬元以上三百萬元以下。

違反第三十八條第三項規定，未於主管機關通知期限內補足擔保者，處新臺幣六十萬元以上三千萬元以下罰鍰，並得限期令其補足；屆期未補足者，得按次處罰。

有下列情形之一者，處新臺幣三十萬元以上三千萬元以下罰鍰，並得限期令其改善；屆期未改善者，得按次處罰；情節重大者，得令其停工：
一、未依第十九條第一項、第二十二條第一項、第二十六條第一項、第二十七條第一項準用第二十六條第一項或第三十三條第一項規定，採取防止、排除或減輕污染措施。
二、未依第十九條第二項、第二十二條第二項、第二十六條第二項、第二十七條第一項準用第二十六條第二項或第三十三條第二項規定之主管機關命令辦理。

有下列情形之一者，處新臺幣三十萬元以上三千萬元以下罰鍰：
一、違反第二十三條第一項或第二十七條第一項準用第二十三條第一項規定，未經許可棄置依第二十四條第一項公告之乙類或丙類物質於海洋。
二、違反依第二十三條第二項或第二十七條第一項準用第二十三條第二項所定辦法中有關海洋棄置作業程序或海洋棄置許可內容之規定。
三、違反第二十五條第一項或第二十七條第一項準用第二十五條第一項規定，於非指定區域實施海洋棄置。

違反第三十條第一項規定，將廢（污）水、油、廢棄物或其他污染物質排洩於海洋者，依其船舶規模處下列額度之罰鍰，並得限期令其改善；屆期未改善者，得按次處罰：
一、總噸位四百以上之一般船舶及一百五十以上之油輪或化學品船：新臺幣三十萬元以上三千萬元以下。
二、未達前款規模之船舶：新臺幣三萬元以上三百萬元以下。

違反依第八條第二項公告之污染管制措施或第二十一條第一項本文規定者，處新臺幣二十萬元以上二千萬元以下罰鍰，並得限期令其改善；屆期未改善者，得按次處罰。

有下列情形之一者，處新臺幣十萬元以上一千萬元以下罰鍰，並得限期令其清除污染；屆期未清除污染者，得按次處罰：
一、未依第十六條第一項前段規定清除污染。
二、違反第二十八條規定從事海上焚化。

有下列情形之一者，處新臺幣十萬元以上一千萬元以下罰鍰，並限期令其改善；屆期未改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工：
一、未依第十五條第一項規定許可之緊急應變計畫執行。
二、違反依第十六條第三項所定辦法中有關海洋污染清除、處理之方法或方式之規定。
三、違反第十八條第一項規定，未經許可而排放廢（污）水於與海域相鄰接之區域。
四、違反依第十八條第二項所定辦法中有關排放許可之內容變更、設施停用、排放紀錄製作或備查之規定。
五、未依第二十條第一項規定許可之海洋污染防治計畫執行。
六、違反依第二十一條第三項所定辦法中有關排放許可之內容變更或設施停用備查之規定。
七、違反依第二十七條第二項所定辦法中有關投設作業、設施檢查、管理或污染防治之規定。

違反第三十六條第二項規定，未依船舶總噸位投保責任保險或提供擔保，或停止、終止保險契約或提供擔保者，處新臺幣六十萬元以上三百萬元以下罰鍰。

未依第十九條第一項、第二十二條第一項、第二十六條第一項、第二十七條第一項準用第二十六條第一項或第三十三條第一項規定為通知者，處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰。

規避、妨礙或拒絕依第六條第一項、第二十五條第三項、第二十七條第一項準用第二十五條第三項或第二十九條規定所為之檢查、鑑定、命令、查核或查驗者，處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰，並得按次處罰及強制執行檢查、鑑定、查核或查驗。

違反第九條第一項後段限制海域使用之公告，或違反同條第二項規定，干擾、毀損監測站或設施者，處新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得限期令其改善；屆期未改善者，得按次處罰。

有下列情形之一者，處新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得限期令其改善；屆期未改善者，得按次處罰：
一、未依第二十條第二項前段規定監測或申報。
二、未依第二十條第二項後段、第二十一條第二項規定製作或申報。
三、未依第二十五條第三項前段或第二十七條第一項準用第二十五條第三項前段規定記錄或申報。

未依第十一條第二項所定辦法中有關繳納期限之規定繳納費用者，應依繳納期限當日郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息，一併繳納；逾期九十日仍未繳納者，處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰。

依本法處罰鍰者，其額度應依污染特性及違規情節裁處。

前項裁罰準則，由中央主管機關定之。

違反本法義務行為而有所得利益者，除應依本法規定裁處一定金額之罰鍰外，並得於所得利益之範圍內，予以追繳。

為他人利益而實施行為，致使他人違反本法義務應受處罰者，該行為人因其行為受有財產上利益而未受處罰時，得於其所受財產上利益價值範圍內，予以追繳。

行為人違反本法義務應受處罰，他人因該行為受有財產上利益而未受處罰時，得於其所受財產上利益價值範圍內，予以追繳。

前三項追繳，由為裁處之主管機關以行政處分為之；所稱利益得包括積極利益及應支出而未支出或減少支出之消極利益，其核算、推估及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

民眾得敘明事實或檢具證據資料，向主管機關檢舉違反本法之行為。

前項檢舉經查證屬實並處以罰鍰者，其罰鍰金額達一定數額時，得以實收罰鍰總金額收入之一定比例，提充獎金獎勵檢舉人。

主管機關對於檢舉人之身分資料應予保密。

前三項主管機關受理檢舉案件之管轄、處理期間、檢舉人獎勵額度、檢舉人身分保密及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。