審計官辦理下列事項：
一、關於審計稽察法規、方案、制度之規劃、擬訂與審議事項。
二、關於審計稽察程序、方法、技術及學術性文件之研究審議事項。
三、關於重要審計稽察案件之審議事項。
四、審計長、副審計長交辦事項。
第一廳掌理普通公務審計，設五科辦理下列事項：
一、關於所管機關及特別預算已核定之分配預算及各項支付法案之查核事項。
二、關於所管機關及特別預算會計報告、相關資訊檔案及經通知檢送原始憑證或有關資料之審核事項。
三、關於所管機關績效報告之考核事項。
四、關於所管機關財務收支之就地抽查事項。
五、關於所管機關財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案調查事項。
六、關於所管機關半年結算報告之查核事項。
七、關於總預算半年結算報告之查核及查核報告之編報事項。
八、關於所管機關決算及特別決算之審核及審定事項。
九、關於總決算及特別決算之審核及審核報告之編報事項。
十、關於所管機關普通公務會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十一、關於所管機關已屆保管年限之會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀或移交保管案件之核復事項。
十二、關於所管機關公款補（捐）助團體或私人之應行審計事項。
十三、關於所管機關投資民營事業之應行審計事項。
十四、關於立、監兩院諮詢案件之擬復事項。
十五、關於各機關函請解釋有關普通公務審計法令之擬復事項。
第二廳掌理國防經費審計，設五科辦理下列事項：
一、關於所管機關及特別預算已核定之分配預算及各項支付法案之查核事項。
二、關於所管機關及特別預算會計報告、相關資訊檔案及經通知檢送原始憑證或有關資料之審核事項。
三、關於所管機關績效報告之考核事項。
四、關於所管機關財務收支之就地抽查事項。
五、關於所管機關財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案調查事項。
六、關於所管機關半年結算報告之查核事項。
七、關於所管機關決算及特別決算之審核及審定事項。
八、關於總決算及特別決算之審核及審核報告之編報事項。
九、關於所管機關會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十、關於所管機關已屆保管年限之會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀或移交保管案件之核復事項。
十一、關於所管機關公款補（捐）助團體或私人之應行審計事項。
十二、關於所管機關投資民營事業之應行審計事項。
十三、關於立、監兩院諮詢案件之擬復事項。
十四、關於各機關函請解釋有關國防經費審計法令之擬復事項。
第三廳掌理特種公務審計，設五科辦理下列事項：
一、關於所管基金分期實施計畫及收支估計表、各徵收機關各項歲入已核定分配預算之查核事項。
二、關於所管中央公債與國庫券之發行、國內外債款之舉借，其條例契約之備查與還本、付息已核定分配預算，及國有財產經營、管理與異動計畫之查核事項。
三、關於所管基金、各徵收機關歲入類、公債、國有財產管理類等會計報告之審核事項。
四、關於所管基金、各徵收機關各項歲入、財政部國有財產署經管國有非公用財產、國有珍貴財產之就地抽查事項。
五、關於所管基金決算、稅課、財產、公債及其他收入之審定事項。
六、關於所管基金固定資產重估價有關紀錄之審核，及投資民營事業之應行審計事項。
七、關於國庫承借款或保證國外借款之查核，及國庫年度出納終結報告、債款目錄之審核編報事項。
八、關於公債、國庫券之發行、還本、付息、債票、息票處理之抽查事項。
九、關於本部及所屬有關單位移送公務用、公共用、事業用財產之查核結果及國有財產目錄之審核編報事項。
十、關於所管各項財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案調查事項。
十一、關於所管基金半年結算報告之查核事項。
十二、關於總預算附屬單位預算半年結算報告及綜計表（非營業部分）之查核及查核報告之編報事項。
十三、關於所管各項決算之審核及審定事項。
十四、關於總決算附屬單位決算及綜計表（非營業部分）之審核及審核報告之編報事項。
十五、關於所管各項會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十六、關於財政部國庫署所送國庫收支月報表之查核事項。
十七、關於所管已屆保管年限之特種公務會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀案件之核復事項。
十八、關於所管基金公款補（捐）助團體或私人之應行審計事項。
十九、關於立、監兩院諮詢案件之擬復事項。
二十、關於各機關函請解釋有關特種公務審計法令之擬復事項。
第四廳掌理公有營業及公有事業審計，設五科辦理下列事項：
一、關於所管營（事）業機關分期實施計畫、收支估計表及會計月報之審核事項。
二、關於所管營（事）業機關財務收支之就地抽查事項。
三、關於所管營（事）業機關半年結算報告之查核事項。
四、關於總預算附屬單位預算半年結算報告及綜計表（營業部分）之查核及查核報告之編報事項。
五、關於所管營（事）業機關決算之審核及審定事項。
六、關於總決算附屬單位決算及綜計表（營業部分）之審核及審核報告之編報事項。
七、關於所管營（事）業機關財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案調查事項。
八、關於所管營（事）業機關內部審核報告之考核事項。
九、關於所管營（事）業機關會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十、關於所管營（事）業機關固定資產重估價有關紀錄之審核事項。
十一、關於所管營（事）業機關投資民營事業之應行審計事項。
十二、關於所管營（事）業機關已屆保管年限之會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀案件之核復事項。
十三、關於所管營（事）業機關公款補（捐）助團體或私人之應行審計事項。
十四、關於承辦所管營（事）業機關對外財務報表之簽證事項。
十五、關於立、監兩院諮詢案件之擬復事項。
十六、關於各機關函請解釋有關公營事業審計法令之擬復事項。
第五廳掌理財物審計，設五科辦理下列事項：
一、關於監督各機關重要採購案件預算之執行事項。
二、關於各機關採購之規劃、設計、招標、履約、驗收及其他相關作業之稽察事項。
三、關於各機關現金、票據、證券及其他一切財物之管理運用之調查事項。
四、關於各機關現金、票據、證券、財物或其他資產之遺失、毀損、報廢或其他意外事故而致損失者之審核事項。
五、關於經管債券機關通知債券抽籤還本及銷毀案件之處理事項。
六、關於所管財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案之調查事項。
七、關於各機關會計制度及內部審核有關採購規章之會商事項。
八、關於其他依法律應行辦理之財物審計事項。
九、關於立、監兩院諮詢財物審計案件之擬復事項。
十、關於各機關函請解釋有關財物審計法令之擬復事項。
第六廳掌理數位及科技發展審計，設五科辦理下列事項：
一、關於中央政府數位建設與治理之審計事項。
二、關於政府資通安全及數位科技安全之審計事項。
三、關於數據分析技術應用之審計事項。
四、關於審計數位創新技術之應用事項。
五、關於數位服務與新興數位及科技發展之審計事項。
六、關於所管財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案之調查事項。
七、關於立、監兩院諮詢數位審計案件之擬復事項。
覆審室掌理覆核審計及承辦地方政府審計業務之督導，設三至五科辦理下列事項：
一、關於本部各廳、處所送各機關剔除、修正、減列、繳還、賠償、處分及其他有關財務責任聲復、逕行決定案件之覆核事項。
二、關於本部各廳、處所送各機關聲請覆議或再審查案件之覆核事項。
三、關於本部各廳、處所送重要審計案件之覆核事項。
四、關於本部各廳、處應行陳報監察院案件之覆核事項。
五、關於本部各地方審計處、室再審查案件聲請覆核之處理事項。
六、關於本部各地方審計處、室請示重要審計案件之處理事項。
七、關於本部各地方審計處、室依法層報監察院案件之處理事項。
八、關於立、監兩院諮詢案件之擬復事項。
九、關於本部各地方審計處、室年度施政計畫執行之督導事項。
十、關於本部各地方審計處、室綜合性審計事項及通案調查之規劃、設計及其執行之督導事項。
十一、關於地方政府審計業務聯繫會報之議事事項。
十二、關於地方政府審計業務資料之蒐集、研析事項。
十三、關於其他有關地方政府審計業務之督導事項。
資訊處掌理資訊系統發展、資訊設備維運及資安管理，設五科辦理下列事項：
一、關於審計機關資訊發展政策之訂定事項。
二、關於政府審計系統及行政管理系統之開發、取得及維運事項。
三、關於政府審計資料平臺之規劃、管理及建置事項。
四、關於數位審計雲之建置及維運事項。
五、關於本部電腦機房、伺服器主機與網路之規劃、建置及管理事項。
六、關於本部個人電腦及週邊設備之購置及管理事項。
七、關於審計機關視訊會議之建置及維運事項。
八、關於審計機關資通安全之規劃、執行及監督事項。
九、關於資訊科技創新應用之研發事項。
十、關於高階大數據分析技術之查核支援事項。
秘書室辦理下列事項：
一、關於覆核文稿事項。
二、關於重要文件之核閱提陳分配事項。
三、關於機要文件之收發、撰擬、翻譯、繕校事項。
四、關於審計會議、部務會報、業務擴大檢討會報事務之辦理及決議案之分行事項。
五、關於年度施政計畫與工作報告，政府審計年報及中華民國年鑑審計部分中、英文稿件之彙編事項。
六、關於監察院與本部業務聯繫會報之相關事項。
七、關於新聞剪報及本部對外新聞聯繫與發布事項。
八、關於本部文書處理內規之研擬事項。
九、關於本部文書稽催事項。
總務處設四科辦理下列事項：
一、關於本部文書收發、分配、繕校、印信典守及其他文書有關事項。
二、關於本部檔案之點收、立案、編目、保管、檢調、清理、安全維護，與本部史料之建立保管及其他檔案有關事項。
三、關於本部經費出納、薪俸發放及現金票據之保管轉發及其他出納有關事項。
四、關於本部物品購置、分配；駐警、工友管理；勞工保險；員工福利；公產、公物保管與本部辦公廳舍、車輛之管理、修繕；各種會場佈置及其他庶務有關事項。
各科得分股辦事。<br />
參事辦理下列事項：
一、關於審計法規之蒐集、分析、研究、整理及編纂事項。
二、關於審計法規疑義之解析研處事項。
三、關於審計業務之專案研究、諮詢及建議事項。
四、關於重要案件之研議及會核事項。
五、關於審計實錄彙編事項。
六、其他交辦事項。
會計室掌理本部歲計、會計事項。
統計室掌理本部統計事項。
人事室掌理本部人事事項。
政風室掌理本部政風事項。
審計業務研究委員會、關鍵審計議題發展委員會、審計人員訓練委員會及法規委員會之掌理事項，各依其組織規程之規定。