保稅工廠應於海關接管或製造新產品之翌日起一個月內且產品未出口前，造具產品單位用料清表一式二份，列明產品之代號、名稱、規格、數量及所需各種原料之料號、名稱、規格或型號、應用數量（實用數量加損耗數量）或實用數量、單位等項，送監管海關備查，必要時海關得予以查核，並要求提出製造程序說明書及其他有利查核之文件。未送監管海關備查，而產品已先行出口者，不予除帳。但出口者如為樣品或特殊原因已於出口前檢附相關證件，向監管海關申請報備，得於出口之翌日起一個月內送監管海關備查，逾期不予除帳。
保稅工廠產品核銷保稅原料，按產品單位用料清表審定之應用數量或實用數量除帳，其以應用數量除帳者，生產過程中所產生之下腳、廢料不得另為報廢除帳。
海關應於收到第一項規定之產品單位用料清表備查後將其中一份發還保稅工廠作為核銷保稅原料之依據。
保稅工廠原送之產品單位用料清表如有變動，應於變動後另造新表，列明原向海關備查或核准文號送監管海關備查，其造送及審定期限比照第一項規定辦理。
保稅工廠所使用之原料，其價格、性質及功能相近而可相互替代流用者，應於產品單位用料清表列明，送監管海關備查。
前項原料如為經濟部國際貿易局專案核准輸入之大陸地區物品或經財政部公告應課徵平衡稅或反傾銷稅之物品，應編列不同料號，且不得替代流用。
產品單位用料清表之適用期限，自送監管海關備查或核准之翌日起三年，期限屆滿前應由保稅工廠重新造送監管海關備查。
第一項之產品單位用料清表及第四項之變更產品單位用料清表，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。但保稅工廠所使用之原料，經財政部公告應課徵平衡稅或反傾銷稅者，其產品單位用料清表之電子資料應傳輸關港貿單一窗口供海關審核。
保稅工廠應以廠為單位，分別設立原料帳冊、成品帳冊及自用機器、設備帳冊，詳細記錄進出數量、結存數量等動態資料。如海關認為必要者，並應設立半成品及在製品之動態紀錄，以供監管海關隨時查核。
前項之帳冊、保稅工廠廠外加工紀錄卡及出廠放行單，以電腦處理者，應將有關資料依第十八條規定之期限輸入建檔，以備海關隨時查核，並按月印製替代原料帳冊、成品帳冊及自用機器、設備帳冊、廠外加工紀錄卡及出廠放行單使用明細之表報，次月二十日前印妥備查。
前項之帳冊及使用明細之表報，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。
保稅工廠廠外加工紀錄卡及出廠放行單，以人工登帳方式處理者，使用前均應報請海關驗印。
保稅工廠進口或國內採購供加工外銷用之非保稅原料，如係可與其他保稅原料相互替代流用者，應一併登列於原料帳，納入管理範圍。
前條第六項之原料及其產製品，應分別設置獨立原料及成品帳冊，以備監管海關查核。
第六條第四項但書之各保稅工廠間，得經轄區監管海關核准實施提撥作業，並應以廠為單位，依提撥物品性質分別設立原料、半成品、成品提撥帳冊及提撥總帳，詳細記錄提撥物品之撥出、撥入及提撥結存數量，以備海關查核，年度結算時各保稅工廠應合併辦理結算。但依第十二條規定於原料、成品帳已增設提撥專屬欄位供登載者，得免設立原料、成品提撥帳冊。
前項提撥帳冊準用第二項及第三項規定。
保稅工廠之自用機器、設備，進口屆滿五年並逾行政院規定「固定資產耐用年數表」年限者，得由保稅工廠自行除帳，海關免列帳監管。
保稅工廠自用機器、設備，於進口後六個月內無外銷實績者，監管海關應查明實情並限期改善，無正當理由逾期未改善者，海關得通知保稅工廠補繳進口稅捐後除帳。
前二項貨物訂有輸入規定者，辦理除帳時應檢具主管機關同意文件。
本辦法規定之帳冊、表報，應依照海關統一製訂格式印製使用。但保稅工廠須自行設計格式或更改海關統一格式者，均應事先報請海關核可後，方准使用。
保稅工廠有關保稅之帳冊及編製之報表，應於年度盤點結案後保存五年；其有關之憑證，應保存三年。
前項有關之憑證，保稅工廠於盤存結案後，除報經監管海關核准，以微縮影片、磁帶、磁碟片或其他電子媒體等按序攝錄，並依規定年限保存者外，原始憑證不得銷毀。監管海關依法進行查案時，如需複印憑證及有關文件，保稅工廠應負責提供所需複印之憑證及有關文件。
海關因稽核或監管需要，除得查閱保稅工廠保稅帳冊、報表外，並得派員持憑公文查閱其他帳冊、報表及其他憑證，保稅工廠不得拒絕。
保稅工廠存儲之保稅物品，應依序存放於經海關核定之倉庫或場所，並編號置卡隨時記錄保稅物品存入、領出及結存數量，以備查核。但採用電腦控管並可在線上即時查核者，得免設卡。保稅物品倉庫由廠方負責看管，於停工時加鎖，其連續停工十日以上者，應向海關申報，海關得派員聯鎖。
保稅工廠自倉庫提取原料、半成品時，應填具「領料單」，依照規定程序辦理，並保留其憑證，以備查核。
前項提領之原料、半成品退回倉庫時，亦應填具「退料單」，依照規定程序辦理，重新入帳存入倉庫，並保留憑證，以備查核。
前兩項之「領料單」及「退料單」，如工廠原有其他表報足以替代或作業程序特殊者，得於申請海關核准後准予替代或免予填報。
保稅工廠產製之保稅成品，應按日填具「成品存倉單」，登帳存入成品倉庫；出倉時應填具「成品出倉單」，載明出倉原因後，出倉登帳。但工廠有其他表報足以代替者，得申報核定以其他表報代替之。
保稅工廠之保稅物品，除直接出口或售與保稅區者外，應依規定申請海關核准或向海關報備，始得出廠。
保稅工廠之物品出廠時，均應由保稅工廠依規定填具出廠放行單，由駐守警衛憑放行單放行。
前項出廠放行單應編列序號，按序使用，並保留其存根聯，以備查核。
保稅物品進出廠（倉），應於進出廠（倉）之翌日起二日內登列有關帳冊。但自國外進口保稅物品，應於海關驗放之翌日起一週內登帳。
保稅工廠因廠內倉庫不敷存儲，必須租用廠外倉庫時，應符合下列各款條件，並報請監管海關核准後，方可使用：
一、須為堅固之建築，且具有防盜、防火、防水、通風照明及其他確保存貨安全之設施。
二、取具主管機關核發之倉庫或廠房使用執照、建物所有權狀與土地所有權狀及其影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約及其影本各一份與建築物所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠外倉庫至少六個月，以供監管海關處理保稅物品。
加工外銷工廠核准登記為保稅工廠後，應於海關指定之接管日期由海關派員會同辦理盤存（簡稱接管盤存）。其盤存之原料、在製品、半成品及成品之進口稅捐，准憑保稅品盤存統計表（簡稱盤存統計表）辦理沖退稅。
已登記接管之保稅工廠每年應辦理保稅物品盤存一次（簡稱年度盤存）。年度盤存之盤存日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月，其有特殊情形，事先報經監管海關核准者，得酌予提前或延長。但海關認有必要時，得隨時予以盤存。
前二項盤存，事後發現錯誤或漏列等情事時，得由保稅工廠在該項保稅物品未動用前向監管海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存日之翌日起二週申請者，不予受理。
保稅工廠應於盤存日之翌日起二個月內，根據盤存清冊編製盤存統計表、存倉保稅原料及成品結算報告表、自用機器、設備結算報告表、保稅原料結算報告表及其在製品、半成品及成品盤存數折合原料分析清表、出口成品及內銷成品折合原料分析清表，送交監管海關備查，必要時予以查核。但如有特殊原因，經申請海關核准者，得延長一個月，並以一次為限。
前項送交監管海關備查之各類表報，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。但經委託之會計師審核簽章更正相關表報內容者，不適用之。
保稅工廠年度盤存清冊，海關於核定後，得應稅捐稽徵機關要求，分送各該稽徵機關參考。
保稅工廠年度盤存得依海關所定方式申請核准實施不停工盤存或假日盤存。
保稅工廠依前條規定辦理盤存之保稅物品，如實際盤存數量與當年度帳面結存數量不符時，按下列規定辦理：
一、實際盤存數量少於帳面結存數量，如未逾盤差容許率者，准免補繳稅捐；逾盤差容許率者應於接獲海關核發之補稅通知之翌日起十日內繕具報單補繳進口稅捐。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量，其數量大於盤差容許率者，應敘明理由報請監管海關查明原因，倘係產品單位用料量偏高者，應修訂產品單位用料清表，供次年度結算時使用。
同一種類或可相互替代流用之原料，如部分為保稅部分為非保稅，年度結算時應一併列入盤點，並按實際使用數量沖銷保稅及非保稅原料帳。未能查明其實際使用數量者，應優先沖銷保稅原料數量。非保稅原料發生盤差者，免予補稅。
保稅工廠盤差容許率，由海關分業分類公告並刊登行政院公報。
保稅工廠之保稅物品如有發生短少之情事，應於事實發生之翌日起十五日內，向海關申報並補稅。
保稅工廠應指定至少二名該廠具保稅業務人員資格正職人員辦理保稅業務，其任用資格除應具有國內外高中或高職以上學校畢業之學歷或經同等學力鑑定考試通過，並經監管海關或海關審查通過之民間機構舉辦保稅業務人員講習取得結業證書外，其中一名應為保稅業務主管級人員，並向海關報備。
保稅工廠受託辦理加工業務，應經監管海關核准及受海關監管。
保稅工廠辦理相關產品之檢驗、測試、修理、維護業務，或安裝該等業務所需之作業軟體，應經監管海關核准及受海關監管；另應設置辦理檢驗、測試、修理、維護貨物之存放專區，並獨立設置維修服務帳冊，報經監管海關核准及驗印。
前項產品為保稅工廠自國外進口者，應於進口放行之翌日起六個月內復運出口，其情形特殊者，得於期限屆滿前以書面敘明理由向監管海關申請延長，延長期間以六個月為限；未於期限屆滿前出口者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
第一項產品有使用保稅原料維修者，應於該貨物出口（廠）前，向監管海關申報維修貨物裝卸之保稅原料、零組件對照清表備查，逾期或未送備查者不予核實除帳，其拆卸之零組件，應登列專用帳冊控管，並準用第四十四條第一項及第二項規定辦理。
監管海關得派員前往保稅工廠稽核或辦理下列事項：
一、查核保稅工廠生產情形，原料、成品倉庫之存量，自用機器、設備管理情形，及保稅工廠之帳冊與表報。
二、稽核保稅工廠產品單位用料清表、非保稅產品使用原料項目清表及審核盤存各項報表。
三、會同保稅工廠盤查保稅物品。
四、監督銷毀保稅工廠之副產品及經專案核准銷毀之自用機器、設備、次品或呆料。
五、輔導新成立或經營管理欠佳，須加強監管之保稅工廠。
六、稽核其他有關監督保稅工廠之業務。
保稅工廠經廢止登記後，其保稅物品依下列規定辦理：
一、所有保稅物品，應由海關封存或與保稅工廠聯鎖於該工廠之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。
二、經廢止其登記之保稅工廠應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期，依照第二十條有關規定辦理盤存（簡稱結束盤存），如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依第二十一條第一項規定辦理。
三、經盤存之保稅物品，除依第四款規定辦理者外，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅捐（成品及半成品概按其所使用保稅原料之形態核課稅捐）。
四、在海關未發單徵稅前，如因生產或外銷之需要或售與科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠者，保稅工廠得提供相當稅款金額之擔保，報經監管海關核准後提領使用保稅物品。但應於核准之翌日起一年內檢附出口證明文件向監管海關辦理銷案，屆期未銷案者，由海關就擔保品抵繳應納稅捐。
未能依前項規定辦理結束盤存者，海關得逕依帳面結存數量課徵各項稅捐。
設立保稅工廠之公司經法院破產宣告且海關尚未廢止保稅工廠之登記前，保稅物品應依破產法及其相關規定辦理，如有提領使用保稅物品需要者，得提供相當稅款金額之擔保，報經監管海關核准後提領使用，並應於核准之翌日起一年內向監管海關辦理銷案，屆期未銷案者，由海關就擔保品抵繳應納稅捐。
海關對保稅工廠之管理得採分級制度。
保稅工廠生產非保稅產品，應經監管海關核准及受海關監管。
前項所稱非保稅產品，指保稅工廠使用自國外進口或自保稅區輸入，並已辦理報關完稅之原料，或向課稅區採購之原料所產製之產品。