局長綜理局務，副局長二人襄理局務，其業務之分工，由局長定之。
本局置主任秘書一人，其掌理事項如下：
一、綜核本局文稿及核判一般行政案件。
二、關於職責上應隨時提請局長、副局長注意之事項。
三、其他上級交辦事項。
專利一組置組長、副組長各一人，分四科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：專利代理人登記及管理、專利權登記、專利權當然消滅、專利證書、積體電路電路布局登記證書核發、專利案閱卷處理、專利年費處理、行政爭訟之處理及其他有關事項。
二、第二科：專利案件程序審查、行政爭訟之處理及其他有關事項。
三、第三科：新式樣專利申請案之審查、行政爭訟之處理及其他有關事項。
四、第四科：新型專利申請案之形式審查、發明申請案之早期公開前審查、專利國際分類、檢索之規劃、行政爭訟之處理及其他有關事項。
前項規定，溯自中華民國九十五年一月一日生效。
專利二組置組長、副組長各一人，分六科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：半導體類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
二、第二科：資訊通訊類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
三、第三科：機械、土木、醫學工程類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
四、第四科：光電、產業機械類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
五、第五科：醫藥、農藥、飲食品、嗜好品、微生物、生物技術類發明專利案及醫藥品、農藥品或其製造方法延長專利權期間申請案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
六、第六科：無機化學、有機化學與高分子化學類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
前項規定，溯自中華民國九十五年四月一日生效。
專利三組置組長、副組長各一人，分五科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：新式樣、物理、日用品類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
二、第二科：電子、電機及資訊類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，積體電路電路布局登記案件之處理，積體電路電路布局權之提請鑑定、調解及特許實施，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
三、第三科：機械、土木、醫學工程與產業機械類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
四、第四科：醫藥、農藥、飲食品、嗜好品、微生物、生物技術及有機化學類專利案之再審查、異議、舉發，醫藥品、農藥品或其製造方法發明延長專利權期間之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
五、第五科：液晶、無機化學與高分子化學類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
前項規定，溯自中華民國九十五年一月一日生效。
商標權組置組長、副組長各一人，分六科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：商標移轉、變更、授權、設定質權、禁止處分之登記，商品減縮案、註冊分割案之審查，商標註冊證之核發，預算之編列等一般行政業務，商標諮詢、查詢、影印閱卷等為民服務工作及其他有關商標業務之管理事項。
二、第二科：化學、油漆、顏料、工業用油脂、藥品、食品、飲料、酒、煙草等類商品之商標、團體商標及一案多類申請註冊案與延展註冊申請案之審查、行政爭訟之處理及其他有關事項。
三、第三科：清潔劑、化粧品、普通金屬、金屬建材、醫療器材、地毯、樂器、家具、皮革、傘杖、紡織、服飾等類商品之商標、團體商標及一案多類申請註冊案與延展註冊申請案之審查、行政爭訟之處理及其他有關事項。
四、第四科：文具商品、農工機械、用具、電腦、通訊、光學器具、冷凍、空調、照明設備等電器、運輸工具、火器、爆裂物、鐘錶、家庭及廚房用具等類商品之商標、團體商標及一案多類申請註冊案與延展註冊申請案之審查、行政爭訟之處理及其他有關事項。
五、第五科：廣告、企業管理、金融、營建、通訊、運輸、教育、娛樂、法律、餐飲、醫療服務等類商標、團體標章、證明標章、團體商標及一案多類申請註冊案與延展註冊申請案之審查、行政爭訟之處理及其他有關事項。
六、第六科：商標法規、制度之研擬，司法機關囑託鑑定事項，商標、團體標章、證明標章之異議案、評定案、廢止案等之審查、行政爭訟之處理及其他有關事項。
著作權組置組長、副組長各一人，分三科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：著作權仲介團體之設立許可、輔導及監督著作合理使用範圍協議之詢問，音樂著作強制授權之許可及撤銷，製版權登記，本科職掌業務法令之解釋，製版權登記辦法、製版權讓與登記、信託登記辦法、著作權仲介團體條例、音樂著作強制授權申請許可及使用報酬辦法法規之制（修）訂，本科職掌業務之著作權審議暨調解案件之提請審議、調解及諮詢，著作權（製版權）登記（註冊）案件之行政爭訟處理、資料查閱及其他有關事項。
二、第二科：著作權年度施政計畫擬訂、概算編列等綜合企劃，著作權教育及推廣之規劃與執行，著作權審議及調解委員會行政事項及其他行政庶務事項。
三、第三科：著作權法規、制度之研擬、修正及執行，國際著作權法制之研究，視聽著作及鐳射唱片出口核驗著作權文件，不屬於第一科職掌法令之解釋，本科職掌業務之著作權審議暨調解案件之提請審議、調解及諮詢事項。
資料服務組置組長、副組長各一人，分三科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：智慧財產權相關組織之資料交流、聯繫與合作，智慧財產權圖書與資料蒐集、採購與管理，本局與圖書資訊館際協會之合作相關事項，我國專利英文資料庫之建置及其他有關事項。
二、第二科：智慧財產權資料之研究、業務統計及分析事項，智慧財產權相關資料及公報之編譯、出版、發行及其他有關事項。
三、第三科：智慧財產權相關資料之管理運用及自動化之應用，智慧財產權媒體應用，各服務處業務之協調、聯繫、督導及管理，專利商品化活動相關事項，智慧財產權資料之整理、公共閱覽、資料服務及推廣事項。
前項規定，溯自中華民國九十五年四月一日生效。
國際事務及綜合企劃組置組長、副組長各一人，分四科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：智慧財產權政策之研擬及推動，本局施政方針與施政計畫之研擬及考核，為民服務工作計畫之研擬及考核，本組綜合業務之處理。
二、第二科：智慧財產權保護之教育訓練、宣導活動及民意調查、智慧財產權保護相關團體之輔導、聯繫及獎勵。
三、第三科：智慧財產權國際雙邊或多邊合作相關計畫之策劃、協調及推動，國際雙邊或多邊智慧財產權諮商，與大陸地區智慧財產權協商事項之協助規劃、協調及推動。
四、第四科：協助取締智慧財產權侵權事項，仿冒資料之蒐集、管理、通報與統計及其他有關事項。
秘書室置室主任一人，分五科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：國會聯絡、公共關係及新聞聯繫與發布及其他有關事項。
二、第二科：公文之收發、分辦、繕校、稽催及印信之典守及其他有關事項。
三、第三科：出納管理、財產管理、物品採購、辦公處所及宿舍維修、工友管理、環境整理維護、車輛之調度維護、會議場所之服務管理及其他有關事項。
四、第四科：檔案管理及其他有關事項。
五、第五科：本局機要公文之處理、保管及局長、副局長、主任秘書之秘書管理及其他有關事項。
法務室置室主任一人，其掌理事項如下：
一、關於本局主管法規之研究、蒐集、審議及除商標法與著作權法以外法規之研擬事項。
二、關於本局主管法規之編纂及解釋事項。
三、關於業務行政涉及法規事務之協助及會辦事項。
四、國家賠償案件之處理。
五、其他有關法制事項。
資訊室置室主任一人，分二科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：資訊系統之研究、協調、規劃、推動、維護、分析、設計、測試建置、教育訓練，系統文件製作、資訊系統績效調整及管理，中文環境、字型、字碼之規劃管理及其他與資訊管理有關事項。
二、第二科：電腦系統主機、週邊、網路等設備之規劃、建置、租購、運轉操作、維護及安全管理，電腦機房設施之管理及維護，電腦系統、資料之備存與回復及其他有關事項。
人事室置主任一人，分二科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：人事業務研究發展之策劃、組織編制、員額、辦事細則、權責劃分、分層負責、職員任免、遷調、職務歸系、任用計畫、考試分發、實習、試用、銓審、動態、俸級重行審定、兼職、約聘僱人員遴用及管理、本室工作計畫、工作報告、預算編列、本室綜合業務、人事資料之登記、移轉、管理及各類證明書、職員錄之擬辦及其他有關事項。
二、第二科：考績、獎懲、申訴、復審、退休（資遣）、撫卹、退休人員照顧、出國計畫、局內職員之訓練進修、待遇、福利、保險、康樂活動、各項慶典事項、差勤管理及其他有關事項。
會計室置會計主任一人，分二科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：歲出、歲入傳票及付款憑單之開製，各項會計報告、半年結算、決算等之編報，會計簿籍之處理及原始憑證之整理、保管與送審，暫收（付）款、保管款之清理，銀行及支付處收支對帳會核，各項收入之審核，經費流用與保留之申請，庫存現金、有價證券、財物抽查與帳目核對事項，本室綜合業務事項。
二、第二科：年度歲入、歲出預（概）算之籌編及分配預算之編製，預算之執行、控制，原始憑證之審核，採購案件之審核、監辦，預備金之動支，財務上增進效能及減少不經濟支出之建議事項，公務統計事項，會計人事之辦理。
政風室置主任一人，其掌理事項如下：
一、關於政風法令之擬訂事項。
二、關於政風法令之宣導事項。
三、關於員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
四、關於政風興革建議事項。
五、關於政風考核獎懲建議事項。
六、關於公務機密維護事項。
七、關於首長安全維護事項。
八、關於危害或破壞本局事件之預防及協助處理陳情請願事項。
九、關於本局公職人員財產申報之相關事項。
十、其他有關政風事項。