本辦法依產業創新條例第十條第二項規定訂定之。
本辦法所稱研究發展，指公司或有限合夥事業以科學方法或技術手段自行從事產品、技術、勞務、服務流程或創作之創新活動。
公司或有限合夥事業適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。
依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司或有限合夥事業，應符合下列資格條件：
一、依公司法設立之公司或依有限合夥法組織登記之有限合夥事業。
二、最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。
第二條所定研究發展，限於公司或有限合夥事業研究發展單位所從事之下列活動態樣：
一、為開發或設計新產品、新服務或新創作之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。
二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。
前項所定活動態樣，不含為改進現有產品或服務之生產程序、服務流程或系統及現有原料、材料或零組件所從事之研究發展活動。
本辦法所稱研究發展之支出，指公司或有限合夥事業研究發展單位從事前三條研究發展活動所支出之下列費用：
一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。
二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。
三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。
五、專門從事研究發展工作全職人員參與研究發展專業知識之教育訓練費用。
前項第三款之專用技術及第四款事項，應由中央目的事業主管機關專案認定。
第一項所稱公司或有限合夥事業研究發展單位，指專責從事研究發展活動之單位。
公司或有限合夥事業未設置研究發展單位，但配置於非屬研究發展單位之全職研究發展人員確係專門從事研究發展活動，且投入研究發展活動之各項支出可與非研究發展活動明確區分者，應就第一項支出，檢附下列文件，依第十五條第一項規定由公司或有限合夥事業所在地之稅捐稽徵機關核實認定其研究發展支出及核定其投資抵減稅額：
一、第一項第一款人員工作內容、工作時間紀錄及足資證明為符合專門從事研究發展工作全職人員之文件。
二、第一項第二款至第四款購置目的、內容及足資證明專為研究發展用途之文件。
下列費用或支出，不得認列為研究發展支出：
一、研究發展單位之行政管理支出。
二、例行性之資料蒐集相關支出。
三、例行性檢驗之支出。
四、例行性開發市場業務之支出。
五、為確定顧客之接受度，從事試製所須耗用原料、材料之支出。
六、市場研究、市場測試、消費性測試、廣告費用或品牌研究支出。
七、專門從事研究發展工作全職人員之差旅費、保險費及膳雜費。但屬第八條之一第二項之教育訓練活動費用者，不在此限。
八、因銷售行為所支出之認證測試費用。
公司或有限合夥事業從事研究發展活動，除依第八條第一項第二款委外研究發展及第三項共同研究發展約定由國外公司、大專校院或研究機構執行部分者外，以在臺灣地區從事者始得認列研究發展支出。
公司或有限合夥事業從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但個別研究發展計畫部分有委外必要者，其下列委外研究發展費用，不在此限：
一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
三、委託經經濟部產業發展署認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。
前項第三款經經濟部產業發展署認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。
公司或有限合夥事業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出，如符合本辦法之規定，並檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定者，准予核實認列其研究發展支出：
一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。
二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。
三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。
四、與國外公司、大專校院或研究機構共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。
第一項第一款及第三項所稱國內研究機構，包括政府之研究機關（構）、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。
第五條第一項第五款所稱教育訓練，應為執行研究發展計畫所需，包括自行辦理、委託辦理或與其他公司、有限合夥事業或相關團體聯合辦理，且指派所屬全職研發人員參與訓練，以提升研發人員執行該計畫相關之研發技術或專業能力。
前項教育訓練活動費用之範圍如下：
一、師資之鐘點費及旅費。
二、受訓員工之旅費及繳交訓練單位之費用。
三、教材費、保險費、訓練期間伙食費及場地費。
第一項規定之教育訓練屬委託辦理部分，該受託辦理訓練活動之公司或有限合夥事業不得以所代辦之教育訓練費用，適用本辦法之投資抵減；屬與其他公司、有限合夥事業或相關團體聯合辦理部分，其屬該其他公司、有限合夥事業或相關團體應分攤之聯合辦理費用，不得適用本辦法之投資抵減。
公司或有限合夥事業就第五條第一項第三款專用技術、第四款及第八條第一項第二款、第三項規定之支出，於辦理費用發生當年度、首次攤折或分攤支出之年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關提出專案認定申請，經核准者，於費用發生年度、首次攤折或分攤支出之年度起適用。
逾期未提出申請且屬第五條第一項第三款專用技術及第八條第三項規定之支出者，得於費用之攤折或分攤年限內依前項規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。
中央目的事業主管機關應將前二項專案認定之結果副知公司或有限合夥事業所在地稅捐稽徵機關。
公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，申請適用投資抵減，應符合下列規定之一：
一、公司或有限合夥事業所研究發展之產品、技術或創作應專供公司或有限合夥事業自行使用。
二、公司或有限合夥事業研究發展之產品、技術或創作供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。但公司或有限合夥事業負責研究發展、收受訂單及銷售，其研究發展之產品、技術或創作提供其負責代工或生產之國內外或大陸地區關係企業製造或使用，未收取合理之權利金或其他合理之報酬，如能提示足資證明已將合理利潤留於該公司或有限合夥事業之移轉訂價文件，且經稅捐稽徵機關查明屬實者，不在此限。
公司或有限合夥事業同一課稅年度所從事研究發展之支出，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司或有限合夥事業當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限：
一、按支出金額百分之十五，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
二、按支出金額百分之十，自當年度起三年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
前項抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。
前條所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指抵減稅捐稽徵機關核定之當年度營利事業課稅所得額按所得稅法規定稅率計算之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定之上一年度未分配盈餘按所得稅法規定稅率計算之應加徵稅額。
公司或有限合夥事業適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款及研究發展單位產生之收入在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。
公司或有限合夥事業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請就其資格條件及當年度研究發展活動是否符合第二條至第四條規定提供審查意見：
一、公司或有限合夥事業之組織系統圖及研究人員名冊。
二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。
三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。
四、研究計畫、紀錄或報告。
五、教育訓練項目明細表、參訓人員名冊及執行情形之相關文件。
六、其他有關證明文件。
中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將前項審查意見函送公司或有限合夥事業所在地稅捐稽徵機關供辦理核定投資抵減稅額。但不符第三條規定者，僅函送資格條件審查意見。中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知公司或有限合夥事業所在地稅捐稽徵機關。
公司或有限合夥事業當年度之研究發展支出，依第九條規定提出專案認定申請者，應與第一項之申請提供審查意見併案提出，中央目的事業主管機關應依前項規定期限審查。
中央目的事業主管機關對公有營業機關依第一項規定申請提供審查意見及第九條規定申請專案認定者，其審查期限應依審計法及相關法令規定辦理，不適用前二項規定。
公司或有限合夥事業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附前條第一項規定之文件，送請公司或有限合夥事業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
公司或有限合夥事業依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
依本辦法申請專供研究發展用之專利權、專用技術、著作權、專業性或特殊性之資料庫、軟體程式及系統，於購置之次日起三年內，轉借、出租、轉售、退貨或變更原使用目的者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自當年度營利事業所得稅結算申報期限屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。但因公司進行合併、分割或依企業併購法第二十七條或第二十八條規定收購，而移轉予合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司、收購公司，且繼續從事符合本辦法規定之研究發展活動者，不在此限。
依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之公司或有限合夥事業，其當年度申報之研究發展支出，經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，依所得稅法有關逃漏稅處罰及稅捐稽徵法有關停止其享受獎勵待遇之規定處理。
已依其他法規享有租稅優惠者，不得就同一事項重覆享有本辦法所定之獎勵。
本辦法自中華民國一百零六年十一月二十四日施行至一百十八年十二月三十一日止。但一百零九年十一月二日修正發布之條文，自一百零九年度施行。
本辦法中華民國一百十二年十一月十六日修正發布條文，自發布日施行至一百十八年十二月三十一日止。