本辦法依產業創新條例第九條第二項規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：
一、學術機構：指公私立大學。
二、研究機構：指具有農業科技研究發展及產業化推動能力之財團法人、行政法人或政府研究機關（構）。
三、科技專案計畫（以下簡稱科技專案）：指學術或研究機構以產業創新、研究發展、政策需求導向所進行，屬農業部（以下簡稱本部）主管業務之農業科技專案整合性計畫。
本部得補助學術機構及研究機構執行科技專案，以促進農業創新、改善農業環境及提升農業競爭力。
科技專案依其特性分為下列二類：
一、研究開發類：指以科學方法或技術規劃開發農業產業發展所需之產品、技術、勞務、服務流程或創作之研究發展活動。
二、環境建構類：指符合下列項目之一者：
（一）硬體環境：建置或維持檢測與認驗證設施、實驗室或試量產工場（廠）。
（二）軟體環境：蒐集、研析、評估及推廣產業創新研究發展之相關科技、經濟、法律、市場資訊。
（三）其他與建構產業創新及研究發展環境相關之事項。
本部為規劃未來年度科技專案產業創新及研究發展方向，得邀集產業界、政府機關（構）、學術機構及研究機構之專家召開諮詢會議。
本部得就申請科技專案補助案之受理或審查事項，委任所屬機關（構）或委託其他法人或團體辦理之。
本部得就本辦法所定科技專案之查訪、查核、撥付、追回補助款或其他事項，委由機關（構）、法人或團體辦理之。
申請科技專案補助者，應具備下列資格條件：
一、申請日前三年內曾通過本部辦理之研發成果管理制度評鑑或追蹤考評，或經濟部研究機構之機構管理制度暨智慧財產管理制度評鑑。
二、具有固定之研究場所與執行計畫之基本人力及設備。
申請科技專案補助者，應檢附計畫書及聲明書，依本部所定相關作業流程、表件格式、經費編列基準及其他相關規範，向本部提出。
前項計畫書應明列下列項目：
一、分年研究內容及需求經費。
二、明確之關鍵績效指標。
三、計畫目標及達成產業推動方式，落實相關研發成果運用時程與經濟及社會量化效益。
第一項申請科技專案補助案之計畫執行期間不得逾三年；另本部為促進科技專案對產業創新之效益，得訂定績效指標規範及相關考評程序。
環境建構類之科技專案有建置或維持運作研究設施或設備之必要者，申請科技專案補助者並應提出營運計畫書。
前條第一項之聲明書應明列下列事項：
一、申請日前五年未曾有執行政府科技計畫之重大違約紀錄。
二、未有因執行政府科技計畫受停權處分而其期間尚未屆滿情事。
三、就本補助案件，未依其他法令享有租稅優惠、獎勵或補助。
四、申請日前三年無欠繳應納稅捐情事。
五、申請日前三年未有嚴重違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律或身心障礙者權益保障法之相關規定，且情節重大之情事。
申請科技專案補助者拒絕為前項之聲明，本部不受理其申請；其聲明不實經發現者，本部應駁回其申請或撤銷補助、解除契約，並追回已撥付之補助款。
申請科技專案補助者，得結合其他學術機構、研究機構或企業參與科技專案，以跨領域或跨機關（構）之整合方式申請及執行，提案申請科技專案補助者執行之經費應超過科技專案總經費百分之六十。
申請科技專案補助案所附文件或內容有欠缺，無法補正，或經本部通知限期補正，屆期未補正或補正不完全，本部得不予受理。
申請科技專案補助案之審查，自申請文件齊備之日起至審查完竣之日止，不得逾四個月；必要時，得延長一個月，延長以一次為限。
申請科技專案補助案，經本部審查通過者，執行科技專案之學術機構或研究機構（以下簡稱執行單位），應每年撰擬年度計畫說明書送本部審查，審查通過後，除本部所屬試驗研究機構外，由本部與執行單位簽訂契約，明定雙方之權利及義務。
前項年度計畫說明書經本部審查應予補正者，經通知執行單位限期補正，屆期未補正或補正不完全者，廢止補助。
執行單位應於年度計畫說明書經審查通過之書面通知所定期限內，與本部簽訂契約。屆期未簽約者，廢止補助。
前項期限屆滿前，申請科技專案補助者得申請本部同意展延一次，且展延期間不得超過一個月。
第一項契約，應約定下列事項：。
一、計畫內容及執行期間。
二、各期工作進度、補助款之撥付條件與比率、經費之收支處理及查核。
三、契約之終止、解除事由及違約處理。
四、其他重要權利、義務事項。
第一項契約所生之爭議，依民事訴訟法相關規定辦理。
執行單位於執行科技專案期間，每年應依本部農業科技計畫研提及管考作業相關規定，提交各項報告。
本部辦理期中、期末或年度執行成果之審查，得以書面、會議或實地查核之方式進行。必要時，本部得派員進行實地查訪、績效考評或查核帳目，執行單位不得規避、妨礙或拒絕，並應配合提供所需之相關文件、資料。
執行科技專案期間未達六個月者，免辦理期中審查。
本部得依第二項審查結論，調整工作項目或經費、終止或解除契約。
執行單位應依審查通過之科技專案內容執行，如需變更內容者，應向本部申請並註明理由及變更項目，經本部同意後，始得為之。
執行單位經費收支應設專戶儲存並單獨設帳管理，並應依契約書約定分期編製經費支用報表送本部審核。
執行單位應以實際發生數額檢據核銷；結餘經費除另有規定者外，應繳回本部。
本部所屬試驗研究機構之經費收支、核銷及繳回，依本部相關規定辦理。
執行單位執行科技專案所產生之研發成果收入及其他衍生性收入，應依本部經費處理相關規定辦理。
依第十三條第二項規定辦理之審查，應作成下列全部或部分之結論：
一、准予結案。
二、限期改善。
三、減價結案。
四、廢止補助及終止契約，並追回已撥付未達成部分之補助款。
五、廢止補助及解除契約，並追回已撥付之補助款。
作成前項第二款或第三款結論時，本部得依契約約定核減執行單位管理費或核減次年度之科技專案經費。
執行單位應於科技專案結束後五年內，追蹤科技專案落實產業運用之成效。
本部得依執行單位前項追蹤成效，作為未來審查申請科技專案補助案之准駁或核減該科技專案主持人以後年度申請經費之參考。
申請科技專案補助者為本部所屬試驗研究機構者，不適用第七條第一款及第九條規定。
執行單位為本部所屬試驗研究機構者，應依本部經費處理與農業科技計畫之相關規定，不適用第十二條第三項至第六項、第十五條第一項及第二項規定。
本辦法自發布日施行。