保稅工廠進口原料、自用機器、設備應繕具報單依照一般貨物進口規定辦理通關手續。海關於必要時，得派員在保稅工廠內辦理查驗。
前項自用機器、設備，進口前應檢附機器設備名稱、型號、規格、數量（單位）及其他相關文件（例如型錄、用途說明、生產機器配置平面圖、廠區安裝配置圖、生產保稅產品製造程序說明書等），經監管海關准予備查，始得適用相關免稅規定。
保稅工廠不得將非保稅原料及非自用機器、設備列為保稅物品報運進口。如有誤列，應於放行之翌日起三十日內繕具報單，向監管海關申請補繳進口稅捐。
保稅工廠進口原料、自用機器、設備因退貨、調換或其他原因復運出口者，應繕具報單依照一般復運出口貨物出口之規定辦理通關手續。
保稅工廠進口成品貨樣，需復運出口者，得依關稅法第五十二條規定辦理，並由保稅工廠具結保證於放行之翌日起六個月內復運出口，免提供相當稅款金額之擔保。不依規定期限復運出口者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
前項成品貨樣，保稅工廠應登列帳冊控管以供海關查核，且不得於復運出口前剪裂、破壞。
國內廠商售與保稅工廠之加工原料、自用機器、設備，如需辦理沖退稅捐者，其通關程序如下：
一、進廠時買賣雙方應聯名繕具報單，檢附發票、裝箱單等報經監管海關核准後放行進廠登帳。監管海關應於核准之翌日起二十日內核發視同出口報單副本，交國內廠商憑以辦理沖退稅。
二、前款之加工原料交易，得先憑交易憑證點收進廠登帳，於次月十五日前依前款規定按月彙報，並以該批貨物報單放行日期視同進出口日期。
未依前項規定辦理而進入保稅工廠之物品，概按非保稅物品處理。
第一項自用機器、設備準用第二十八條第二項規定。
前條第一項貨品發生退貨情事時，應於進廠之翌日起三個月內由買賣雙方聯名繕具退貨申請書，報經監管海關核准。原供應廠商已領有視同出口證明文件者，應予收回註銷或更正，並通知有關機關註銷或更正；其已辦理沖退稅捐者，應繳回已沖退稅捐，並通知所屬稅捐稽徵機關，始可辦理退貨。
進廠三個月後之退貨案件，其退貨手續按一般貨品進口通關程序辦理，並按該貨進廠形態課稅。
保稅工廠之保稅物品售與或輸往科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠，應於出廠時由雙方聯名繕具報單檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續；如為自用機器、設備者，應併於報單中敘明改變原用途之原因。
前項貨品發生退貨或運回時，應由雙方聯名繕具報單，檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前二項交易除自用機器、設備外，準用第三十一條第一項第二款規定。
保稅工廠之保稅物品進儲物流中心、保稅倉庫或進儲之物品發生退貨時，其通關手續依前條第一項及第二項規定辦理。
前項保稅物品進儲物流中心或屬自用之保稅倉庫，除退貨外，得向海關申請先憑發票、裝箱單及相關文件點驗出廠並登帳，於次月十五日前按月彙報。
保稅工廠出口保稅產品應繕具報單，並報明向監管海關備查之保稅產品單位用料清表文號及頁次或申請出口後再造送該清表之報備文號，出口地海關認有必要時，得要求保稅工廠提供已備查之用料清表影本或向監管海關申請報備文號，未經備查者，依照一般貨物出口之規定向出口地海關辦理通關手續。
前項保稅產品出口時，應將出廠放行單一聯隨運輸工具附送至出口地海關，如出口貨物係分裝多車運送，或分次多批運送者，其出廠放行單上應註記所有裝運之車號及每車件數，或各批次之件數，以備海關稽核。
保稅工廠出口貨物由出口地海關查驗，如因包裝特殊不宜在出口地查驗者，得申請監管海關派員在廠內查驗後押運、或監視加封運送至出口地辦理通關手續。但出口地海關認為必要時，仍得複驗。
保稅工廠出口之保稅產品因故退貨復運進口者，應繕具報單依照一般復運進口貨物進口之規定辦理通關手續，並於進廠後存入成品倉庫並入帳。
保稅工廠之保稅產品或保稅原料售與稅捐記帳之外銷加工廠再加工外銷者，其通關程序如下：
一、由買賣雙方聯名繕具報單，檢附發票、裝箱單等有關文件，依第四十條第三項規定，向監管海關申報辦理稅捐記帳及放行手續，始准出廠。保稅工廠得於提供擔保後，先行出廠，在次月十五日前檢附有關證明文件，辦理按月彙報手續。
二、依前款規定放行之貨物，得分批出廠，但應於簽放之翌日起一個月內出貨完畢。
前項外銷加工廠之稅捐記帳應依照外銷品沖退原料稅辦法有關規定辦理，並以經辦海關簽放報單日期為視同出口及進口日期。
前條保稅產品售與外銷加工廠後發生退貨時，應依下列規定辦理：
一、由買賣雙方聯名繕具退貨申請書及報單，於報單上註明「XXX 報單退貨」字樣，並檢附裝箱單及原報單影本，於視同出口及進口放行之翌日起一年內向監管海關申請核辦，經核准後退貨進廠登帳，原出售工廠已領有視同出口證明者，監管海關應同時通知有關稅捐稽徵機關。
二、監管海關辦畢前款手續後，應發給退稅用報單副本與原購買廠商，憑以辦理沖退稅。
保稅工廠之保稅產品由其他廠商或貿易商報運出口者，應依第三十四條之規定辦理，並於出口報單上載明「本批貨物由xxx保稅工廠供應，除該保稅工廠得申請除帳外，出口廠商不得申請退稅」字樣，於出口後交由保稅工廠除帳。
保稅工廠內銷之保稅產品，應由保稅工廠或由買賣雙方聯名繕具報單，報經監管海關依出廠時之形態補徵進口稅捐後，始准放行出廠。
前項內銷之保稅產品，除該產品係屬使用供裝配用已逾百分之五十以上之單一半成品所製成者，應依完稅價格按有關稅率核計關稅外，得由廠商向監管海關申請依下列方式之一課徵關稅：
一、內銷保稅產品應依完稅價格減去百分之三十後，就其餘額按有關稅率核計關稅。
二、內銷保稅產品有使用非保稅原料經海關查明屬實者，依完稅價格先扣除該項非保稅原料部分之價值後，就其餘額按有關稅率核計關稅。
保稅工廠內銷之保稅產品，如經再加工外銷，得依外銷品沖退原料稅辦法等有關規定辦理退稅。但屬於取消退稅之貨品項目，仍不得退稅。
保稅工廠進口原料，經監管海關核准改為內銷者，準用第一項及第三項之規定辦理。
（刪除）
第四十條內銷補稅案件，得由保稅工廠或買賣雙方聯名向監管海關申請按月彙報，並依下列規定辦理：
一、由保稅工廠提供相當金額之擔保，其金額由海關視實際需要調整之。
二、保稅工廠應設置按月彙報內銷登記簿，於貨品出廠前，按出廠批數、逐批登記內銷日期、貨名、規格、數量及預估稅額後，於擔保額度內准予先行提貨出廠。
三、次月十五日前，將上月內銷貨品，彙總繕具報單，依第四十條第二項規定辦理補稅。
未除帳之保稅工廠自用機器、設備，售與課稅區廠商，應繕具報單，依實際交易價格繳納關稅。
保稅工廠之保稅產品售與或贈與國內外廠商或到廠參觀之客戶，其價值未逾免簽證限額者，依下列規定辦理：
一、售與或贈與國內廠商者，依第四十條規定辦理。
二、寄送國外廠商者，依第三十五條規定辦理。
三、交與到廠參觀之國外客戶，或由廠方人員或受其委託之快遞專差隨身攜帶出口者，應填具「攜帶保稅工廠產品出口（或復運進口）申請書」，交國外客戶、廠方人員或快遞專差具領出廠，並於出廠之翌日起十日內，憑出口地海關出口證明銷案；保稅工廠事先透過電子傳輸方式申請隨身攜帶保稅工廠產品出口，且經出口地海關進行到貨註記之案件，由監管地海關查明後自行銷案。隨身攜帶出口之保稅產品攜帶復進口時，應持憑原「攜帶保稅工廠產品出口（或復運進口）申請書」，向進口地海關報驗進口，並於放行之翌日起一週內進廠存倉及入帳。
保稅工廠之國外客戶、廠方人員或受其委託之快遞專差攜帶保稅原料出口或復進口時，其價值未逾免簽證限額者，準用前項第三款規定辦理。
政府機關派員出國或接待來訪外賓向保稅工廠購買保稅產品贈送友邦人士者，得憑中央各院所屬一級單位證明及收據提領出廠銷案。
保稅工廠應設置未逾免簽證限額保稅產品出廠登記簿，並報請監管海關驗印，逐筆登記保稅產品出廠之日期、名稱、規格、數量及繳稅金額，以備查核。
第一項第三款或第二項、第三項保稅產品未依規定銷案，且未運回廠內者，應於銷案期限屆滿之翌日起十日內繕具報單，並準用第四十條第二項規定辦理補稅。