為協助重建犯罪被害人及其家屬生活，主管機關應成立保護機構。
保護機構為財團法人，受主管機關之指揮監督；登記前應經主管機關許可；其組織及監督辦法，由主管機關定之。
前項主管機關監督保護機構之範圍，應包括下列事項：
一、設立許可事項。
二、組織管理、運作及設施狀況。
三、年度工作計畫及重大措施。
四、財產孳息保管運用情形。
五、經費預決算及財務狀況。
六、保護服務業務狀況及品質。
七、犯罪被害人權益保障相關事項。
八、其他依法令應受監督之事項。
保護機構經費之來源如下：
一、主管機關編列預算。
二、緩刑處分金。
三、緩起訴處分金。
四、認罪協商金。
五、團體或個人之捐贈。
六、其他收入。
保護機構會址設於主管機關所在地。但經主管機關核准者，不在此限。
保護機構得按地方檢察署轄區設立分會。
保護機構應訂立捐助及組織章程。
前項章程，應記載事項如下：
一、目的及名稱。
二、保護機構及分會之會址。
三、捐助財產之種類、總額及保管運用方法。
四、業務項目。
五、董事、監察人之名額、資格、產生方式、任期及選（解）任事項。
六、董事會之組織、職權及決議方法。
七、訂定捐助章程之年、月、日。
八、其他依本法所定之重要事項。
保護機構應設董事會，置董事十五人，由主管機關就下列人員遴聘之：
一、主管機關代表二人、衛生福利主管機關、警政主管機關及勞動主管機關代表各一人，隨職位進退。
二、全國性律師公會推舉長期參與犯罪被害人權益保障工作，或長期參與公益、弱勢議題之律師一人。
三、全國性諮商心理師、臨床心理師公會推舉長期參與犯罪被害人權益保障工作，或長期參與公益、弱勢議題之心理師各一人。
四、全國性社會工作師公會推舉長期參與犯罪被害人權益保障工作，或長期參與公益、弱勢議題之社會工作師一人。
五、對犯罪被害人權益保障有研究之學者、專家一人。
六、社會公正或熱心公益人士二人。
七、犯罪被害人權益保障與保護服務有關之團體或機構代表一人。
八、犯罪被害人或其家屬代表二人。
董事會應於每屆董事任期屆滿前一個月，依前項第二款至第八款規定加倍推舉次屆董事人選，併同依前項第一款產生之董事人選，送請主管機關遴聘。
第一項之董事，任一性別不得少於三分之一。
董事會開會時，應通知主管機關、保護機構及分會人員代表列席。
董事會職權如下：
一、執行長、副執行長及其他重要職務之聘任及解任。
二、章程變更之擬議。
三、工作計畫之審核及推動。
四、經費之籌措、管理及運用。
五、年度預算及決算之審定。
六、財產之管理及運用。
七、內部組織之訂定及管理。
八、保護機構之解散或合併。
九、重要規章之訂定。
十、其他重大事項之決定。
保護機構置董事長一人，對外代表保護機構。
董事長由全體董事互選，並由保護機構報請主管機關核定後聘任之；任期與董事同。
董事會得設常務董事會，置常務董事三人至五人，除董事長為當然常務董事外，餘由董事互選之。
董事長請假、因故或依法不能行使職權，應由董事長指定常務董事一人代理之；董事長未指定或無法指定代理人者，由董事互推一人代理之。
保護機構置監察人三人，由主管機關就下列人員遴聘之：
一、主管機關代表一人。
二、全國性律師公會推舉律師一人。
三、全國性會計師公會推舉會計師一人。
保護機構應置常務監察人一人，由全體監察人互選，並由主管機關核定後聘任之；任期與監察人同。
監察人職權如下：
一、監督業務之執行及財務狀況。
二、稽核財務帳冊、文件及財產資料。
三、監督依相關法令規定及捐助章程執行事務。
第一項之監察人，任一性別不得少於三分之一。
常務監察人應列席董事會。
保護機構之董事及監察人均為無給職，任期三年，期滿得連任。
前項連任之董事及監察人人數不得逾改聘總人數三分之二。但因業務需要或特殊情事，經主管機關核准者，不在此限。
董事係由公務人員兼任，應隨本職異動者，不計入連任董事人數。
董事或監察人於任期屆滿前，因辭職、死亡或因故無法執行職務被解任者，由保護機構報請主管機關依本法規定另聘之，並至原任期屆滿為止。
董事長或常務監察人有前項情形，主管機關得命保護機構限期改選之。未改選前，由董事或監察人互推一人代理之。
有下列情形之一者，不得充任保護機構之董事或監察人：
一、受有期徒刑以上刑之宣告。
二、執行董事或監察人職務有違反法令或捐助章程之行為，致損害公益或財團法人利益。
三、遴聘之董事、監察人執行職務未遵照主管機關之政策，致違反遴聘或指派之目的。
四、受破產宣告或依消費者債務清理條例經法院裁定開始清算程序，尚未復權。
五、受監護或輔助宣告，尚未撤銷。
董事或監察人有前項第一款至第三款情形之一，由主管機關解除其職務，並通知法院為登記；有第四款或第五款情形，當然解任，並由主管機關通知法院為登記。
保護機構置執行長一人，專任；副執行長一人至三人，至少一人為專任，應具有法律、心理、社會工作、犯罪防治、機構管理等相關專門學識，由保護機構聘任。
執行長及副執行長任期三年，期滿得續聘。執行長受董事會指揮監督，綜理會務；副執行長襄助執行長處理會務。
執行長及副執行長由董事長提請董事會通過後，報請主管機關核定。
執行長及副執行長有辭職或不適任之情形者，應予解任，其解任程序與聘任程序同。
董事、監察人、執行長及分會主任委員執行職務時，有利益衝突者，應自行迴避。
董事、監察人、執行長及分會主任委員不得假借職務上之權力、機會或方法，圖其本人或關係人之利益。
董事、監察人之配偶及其三親等以內血親、姻親，不得擔任保護機構及其分會之總務、會計及人事職務。
董事長或分會之主任委員，不得進用其配偶及三親等以內血親、姻親，擔任保護機構及其分會之職務。
保護機構及分會依業務需要，得設各種專門委員會，提供諮詢意見或協助規劃、執行犯罪被害人權益保障業務。
前項專門委員會，由保護機構及分會依業務性質及諮詢議題，邀請具相關專門學識、實務工作經驗者參與之。
分會應設常設委員會，置委員九人至十五人，無給職，由保護機構就具有下列各款資格之一者遴聘之：
一、第七十九條第一項第二款至第八款之人員。
二、分會所在地之直轄市、縣（市）政府之社政、警政、衛政或勞政機關或單位之人員各一人，隨職位進退。
前項委員其中一人為主任委員，對外代表分會，綜理分會業務，並應由具備法律、心理、社會工作、犯罪防治、機構管理等相關專門學識或富有犯罪被害人保護工作服務經驗且聲譽卓著之人士擔任，任期三年，期滿得續聘，連任以一次為限。
委員會就分會執行犯罪被害人保護服務策略、方案、計畫等提供專業諮詢意見，並協助運用、協調有關機關、團體資源等事項。
主任委員之聘任、辭職或不適任之解任，應由保護機構為之，並報請主管機關備查。
委員會之任一性別委員，不得少於三分之一。
分會置主任一人，專任，應具有法律、心理、社會工作、犯罪防治、機構管理等相關專門學識，承分會主任委員之命處理會務。
主任之聘任、解任，由執行長或分會主任委員報請保護機構為之。
保護機構及分會置工作人員若干人，其應具本法所定業務範圍之專業背景。但為處理行政事務所聘用者，不在此限。
前項工作人員之進用、解聘、服務、待遇、撫卹、福利及考績等人事事項，由保護機構擬訂，經報請主管機關核定後實施。
保護機構訂定前項專任人員之待遇支給基準時，應審酌設置性質、規模、人員專業性、責任輕重、民間薪資水準及專業人才市場供需等因素。
保護機構之會計年度採曆年制。
保護機構應按月或按期將保護業務成果及會計報告報請主管機關備查。
保護機構應於每年七月三十一日前，訂定次年度之工作計畫，編列預算，提經董事會通過後，報請主管機關備查；並於年度結束後，編製上年度工作成果併同監察人查核後之收支決算及財產清冊，於四月十五日前報請主管機關備查。
前項應送主管機關之工作計畫、經費預算、工作報告及財務報表之格式、項目、編製方式、應記載事項及其他應遵行事項，應依主管機關訂定之辦法為之。
主管機關應要求保護機構每年三月前提出年度績效目標，並於次年五月三十一日前辦理該年度績效評估作業。
前項績效目標應於年度工作計畫中敘明，報請主管機關備查，其績效評估結果並得作為人事調整及補（捐）助之參考。
下列資訊，保護機構應主動公開：
一、前條經主管機關備查之資料，於備查後一個月內公開之。
二、前一年度之接受補助、捐贈名單清冊。但補助、捐贈者或事先以書面表示反對者，得不公開之。
三、其他為利公眾監督之必要，經主管機關指定應限期公開之資訊。
保護機構資訊之主動公開，除法律另有規定或主管機關另有指定公開方式外，應選擇下列方式之一為之：
一、刊載於新聞紙或其他出版品。
二、利用電信網路傳送或其他方式供公眾線上查詢。
三、提供公開閱覽、抄錄、影印、錄音、錄影、攝影、重製或複製。
為鼓勵民間參與犯罪被害人權益保障工作或捐贈財物予保護機構，保護機構應擬定辦法獎勵之。
前項獎勵之方式、資格、對象及其他相關事項之辦法，由保護機構擬訂，報請主管機關核定。
犯罪被害人或家屬對分會提供之服務認為有違反法令或不當者，得向分會提出申訴。
前項申訴得以言詞、書面或電子郵件，陳明下列事項：
一、申訴人姓名、住居所、電話。
二、有法定代理人或申訴代理人者，其姓名、住居所、電話。
三、申訴之對象、事實、理由及證據。
四、申訴之年、月、日。
分會處理申訴事件，應於受理申訴日起三十日內作成決定，並以書面通知申訴人及保護機構，必要時得延長之，延長期間以三十日為限。
分會認為申訴事件之重要內容不明確或有疑義者，得通知申訴人補陳之。
申訴事件有下列情形之一者，得不予處理：
一、申訴人不具名或未指明申訴事由。
二、申訴人不配合調查或不提供相關佐證資料。
三、同一申訴事由，經分會予以適當處理並已明確回覆。但申訴人提出新事實或新證據足證有重行調查之必要，不在此限。
四、同一申訴事件經撤回或申訴事實發生已逾二年。
五、關於犯罪被害補償金之決定或覆議決定。
六、申訴事由屬其他機關（構）或團體之權責。
申訴人不服申訴決定者，得於收受通知後三十日內，向保護機構提出再申訴。
對於再申訴之決定，不得聲明不服。
前條第二項至第五項規定，於再申訴準用之。
前二條申訴與再申訴之調查程序、應迴避之事由、決定及其他相關事項，由保護機構擬訂，報請主管機關核定。
董事、監察人不依本法行使職權或履行義務，情節重大致影響會務運作者，主管機關得視其違反情節之輕重，為糾正或解任之必要處分。
主管機關為監督保護機構之業務正常運作，得命保護機構就其業務、會計及財產相關事項提出報告，並得派員檢查其業務。
主管機關為前項監督時，得命保護機構提出證明文件、簿冊及相關資料。