研究學院應設管理會，置委員九人至十五人，每屆任期不得逾四年；除院長及政府代表外，其餘由校長提名，經監督會同意後，由國立大學聘任之；其中一人為召集人，由院長以外之委員互推之。

管理會之委員，除研究學院院長為當然委員外，應包括政府代表、專任教職員代表、研究學院學生代表及產業代表，其中政府代表及產業代表人數應分別占委員總數三分之一。

前項政府代表由主管機關經審議會審議通過之人員聘兼或派兼之，並得依實際需要改派之。

管理會之委員不得由監督會委員及其配偶、三親等以內血親、姻親擔任；違反規定者，國立大學應立即予以解職。

管理會之任務如下：
一、研究學院院長之提名。
二、研究學院院長不適任之審議。
三、管理會之運作、績效考核及其他應遵行事項規定之訂定。
四、研究學院經營方針之訂定。
五、產學評議會（以下簡稱產學會）委員聘任之同意。
六、創新計畫變更之審議。
七、研究學院年度經營規劃及績效報告書之審議。
八、研究學院改善計畫之審議或提出。
九、研究學院續辦、停辦或不續辦計畫之審議。
十、研究學院每年研發成果收入一定比率提供國立大學用於改善師資、充實設備及其他校務發展之審議。
十一、研究學院採購作業規定之審議。
十二、研究學院有關學生事務規定之審議。
十三、研究學院人員聘任、薪資、兼職、借調、資格審查、解聘、停聘、不續聘相關人事制度規定之審議。
十四、研究學院風險管理制度實施規定之審議。
十五、研究學院預算編製、執行與決算編造及相關財務收支管理規定之審議。
十六、研究學院教學品質保證機制、評鑑及相關事項規定之審議。
十七、產學會之組成與其設置、成員資格、任期、運作方式及其他應遵行事項規定之審議。
十八、前十七款以外本條例規定應由管理會審議之事項。
十九、其他於不違反第二十條所定院長職權之範圍內，經管理會決議增列之職權。

前項第三款規定，應報監督會備查。

研究學院置院長一人，由管理會提名，經監督會同意後，由國立大學聘任之；其任期，至多與該屆管理會委員同。

院長依法令及研究學院規定綜理院務，執行管理會之決議，受監督會監督、考核，並於職務範圍內，對外代表研究學院。

院長應為專任或由國立大學、研究學院之編制內教師兼任，除在研究學院及本校授課外，不得擔任校外專職。

院長有不適任情形者，依下列規定辦理：
一、利用職務上機會之犯罪，經判刑確定者，其職務當然解任。
二、有不當或損及研究學院形象之行為，足認其不適任，或研究學院經營績效不佳，經管理會令其限期改善，屆期未改善，或改善無效果者，由管理會委員三分之二以上出席，出席委員過半數通過後，經監督會同意，由國立大學解除院長職務；管理會怠於處理時，應由監督會委員三分之二以上出席，出席委員過半數通過後，由國立大學解除院長職務。

第一項院長資格、產生方式、任期、續聘、解職要件及其他應遵行事項，由研究學院擬訂，並經管理會審議通過後，報監督會備查，不受大學法第十三條第二項及公務人員任用法第二十一條規定限制。

研究學院應設產學會，置相關人員七人至九人，其中一人為召集人，由院長擔任；其餘人員由院長提名，經管理會同意後，由研究學院聘任之。

產學會任務如下：
一、執行研究學院有關教師法、教育人員任用條例、大學法及其他相關法規所定之國立大學各級教師評審委員會之任務，包括教師之聘任、資格審查、停聘、解聘、不續聘、資遣及其他事項之審議。
二、研究學院教學、研究、人才培育、產學合作等有關事項之諮詢。

第一項產學會之組成與其設置、成員資格、任期、運作方式及其他應遵行事項，由研究學院訂定後，經管理會審議通過後，報監督會備查，不受大學法第二十條規定限制。

國立大學為協助研究學院辦理第五條事項，得將經管之國有財產變更管理機關為研究學院。

研究學院經停辦或不續辦時，經管之國有財產應變更管理機關為國立大學。

研究學院增設、調整研究所、學位學程、博士入學考試資格、學士逕修讀碩士學位、招生方式與名額、修業期限、修習學分數及國外學歷採認程序，不受大學法第十二條、第二十三條第二項、第三項、第二十四條、第二十六條及第二十八條規定限制。

研究學院之學位名稱、授予要件、學位證書之頒給與註記、碩士學位與博士學位考試委員會之設置、博士學位候選人之要件，不受學位授予法第三條第二項、第三項、第八條、第九條第一項、第二項、第十條及第十一條規定限制。

前二項排除適用大學法與學位授予法之作業規定、認定基準及其他相關事項，由研究學院擬訂，經管理會審議通過後，報監督會備查。

研究學院新設之碩士班或博士班，應分別以一班為原則，經主管機關依第十二條第一項規定核定續辦者，其碩士班及博士班學生人數得逐年增加。

研究學院辦理產學合作事項，依大學法及其相關法規規定應由國立大學辦理者，由研究學院辦理。

研究學院應將研發成果收入之百分之十以上，提供國立大學用於改善師資、充實設備及其他校務發展。但國立大學基於教學與研究之發展及為推動重大校務發展計畫，得與研究學院約定更高比率。

前項研發成果收入之比率及用途，由研究學院擬訂，經管理會審議通過後，報監督會備查。

研究學院非以政府補助、委託、出資或依法編列科學技術研究發展預算所執行產學合作事項，其獲得之研發成果及其收入，準用科學技術基本法第六條第一項至第三項規定。

研究學院所需之採購，除我國締結之條約或協定另有規定者外，不適用政府採購法之規定。

研究學院應就前項採購事項訂定採購作業規定，內容應包括採購作業程序、方式、利益迴避、監辦、爭議處理及相關事項，並應經管理會審議通過後，報監督會備查。

研究學院因執行第五條事項，得將經管之國有不動產及動產以出租、設定地上權或無償使用，提供合作企業開發、興建或營運，不受國有財產法第二十八條規定限制。

前項國有不動產、動產之提供使用，研究學院應敘明其範圍、方式、年限、用途及其他相關事項，經管理會審議通過後，報監督會及主管機關備查，並訂定書面契約。

前項國有不動產、動產之提供使用年限，應不超過主管機關核定之計畫年限。

研究學院與合作企業訂定之契約屆期，且不再續訂契約時，提供使用之國有不動產及動產應予收回；合作企業現存所有且堪用之合作營運資產，依原契約有償或無償移轉國有，管理機關為研究學院。

研究學院經停辦、不續辦時，提供使用之國有不動產、動產應予收回，與合作企業訂定之契約應予終止；合作企業現存所有且堪用之合作營運資產，依原契約有償或無償移轉國有，管理機關為國立大學。

研究學院編制內人員，除本條例另有規定外，其權利及義務依原適用之教育人員、公務人員相關法令辦理。

研究學院編制外人員，其遴聘資格、聘任與終止聘約程序、聘期、工作或授課時數、資格審查、差假、薪酬、考核、福利、退休、保險、其他權利及義務事項，由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查。

下列事項由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查：
一、編制內教師、專業技術人員與研究人員之本薪（俸）、年功薪（俸）及加給以外之給與事項。
二、編制內職員辦理研究學院業務有績效之工作酬勞。
三、國立大學主聘並與研究學院合聘教師、專業技術人員與研究人員之本薪（俸）、年功薪（俸）及加給以外之給與事項。
四、國立大學相關人員兼辦研究學院之人事、主計、總務等行政事務有績效之工作酬勞。

研究學院之所長、學位學程主任等學術主管及各級行政主管人員，其資格及產生方式由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查，不受大學法第十三條第二項、第四項、第十四條第二項及公務人員任用法第二十一條規定限制。

研究學院編制內教師之聘任制度，應就下列方式擇一辦理並納入創新計畫書中，經校務會議審議，報審議會通過後實施；其編制內教師由研究學院聘任之：
一、由產學會審議通過。
二、由產學會審議通過，並報校級教師評審委員會審議通過。

前項編制內教師之聘任方式、程序、初聘、續聘及長期聘任之年限，由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查，不受大學法第十八條、教育人員任用條例第二十六條第一項第三款、第三十七條第一項、教師法第十條第三項規定限制。

研究學院從事研究人員，因科學研究業務需技術作價投資或兼職者，依科學技術基本法第十七條第四項及第五項規定辦理。

研究學院人員辦理第五條事項，除前項因科學研究業務而需技術作價投資或兼職者外，其餘兼職範圍、職務及應遵行事項，由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查，不受教育人員任用條例第三十四條、公務員服務法第十三條第一項、第二項及第十四條規定限制。

研究學院辦理第五條事項所聘之具國際學術聲譽或具掌握達國際領先水準之核心技術，並有領導學術研究團隊經驗之編制內教授及副教授，其聘任年齡由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查，不受教育人員任用條例第三十三條不得任用為專任教育人員規定限制。但不得逾七十歲當學期。

研究學院編制內教師資格之審查，依教師法及其相關法規規定，應經教師評審委員會審議之程序，依下列規定辦理：
一、依第三十二條第一項第一款規定聘任者，由產學會審議通過。
二、依第三十二條第一項第二款規定聘任者，由產學會審議通過，並報校級教師評審委員會審議通過。

研究學院編制內教師資格之審查，依教師法規定應由國立大學報主管機關審查者，由研究學院報主管機關審查。

教師資格審查程序，由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查。

研究學院編制內教師得申請借調至營利事業、財團法人擔任與教學或研究專長領域相關之專職；其借調之處理，由研究學院擬訂相關人事制度規定，經管理會審議通過後，報監督會備查。

研究學院編制內教師停聘、解聘、不續聘及資遣，依教師法規定應經教師評審委員會審議之程序，依下列規定辦理：
一、依第三十二條第一項第一款規定聘任者，由產學會審議通過。
二、依第三十二條第一項第二款規定聘任者，由產學會審議通過並報校級教師評審委員會審議通過。

研究學院編制內教師停聘、解聘、不續聘及資遣，依教師法規定應由國立大學報主管機關核准者，由研究學院報主管機關核准。

研究學院編制內教師就研究學院有關其個人之措施，認為違法或不當，致損害其權益者，得依教師法第四十二條規定，向各級教師申訴評議委員會提起申訴、再申訴。

國立大學教師申訴評議委員會於審議前項案件時，委員組成無研究學院代表者，應增聘一人擔任委員，不受原有委員總額及任期之限制。

研究學院其他人員依教育法規得準用或比照教師法之申訴規定者，得準用前二項規定。

研究學院應建立風險管理制度，對人事、財務與經營實施自我監督及稽核評估；其實施規定，由研究學院擬訂，經管理會審議通過後，報監督會備查。

風險管理制度之設計，包括下列內容，並得視管理需要自行增列：
一、內部控制之建立。
二、控制環境及風險評估。
三、控制作業。
四、資訊與溝通。
五、監督作業。

研究學院會計事務之處理，依國立大學校院校務基金會計制度辦理。

研究學院之預算及決算，應經管理會審議通過後，報監督會備查，並由國立大學報請主管機關循預算及決算程序辦理。

研究學院之預算編製及執行、決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及其相關法令規定辦理。但研究學院資金來源為第七條第一項第二款所定之收入，不在此限。

研究學院應針對第七條第一項第二款收入擬訂相關財務收支管理規定，經管理會審議通過後，報監督會備查。

研究學院之財務監督及管理事項，依本條例有關規定辦理，不受國立大學校院校務基金設置條例第五條至第十一條規定限制。

研究學院應擬訂年度經營規劃報告書，其內容應包括績效目標、年度工作重點、財務規劃、風險評估、預期效益及其他重要事項，並應報管理會審議，經監督會通過後，送校務會議及主管機關備查。

研究學院應就年度經營規劃報告書之執行結果，作成績效報告書，其內容應包括績效目標達成情形、效益、財務變化情形、檢討與改進及其他重要事項，並應報管理會審議，經監督會通過後，送校務會議及主管機關備查。

研究學院應建立教學品質保證機制，其教學品質保證機制、評鑑及相關事項之規定，由研究學院擬訂，並經管理會審議通過後，報監督會備查。

主管機關依大學法第五條第二項規定辦理大學評鑑時，其範圍應包括研究學院。