本辦法依廢棄物清理法（以下簡稱本法）第三十九條第二項規定訂定之。
本辦法所稱事業，指本法第二條第五項以教育部（以下簡稱本部）為目的事業主管機關之學校或機關團體之實驗室及其他經中央主管機關指定之事業。
本辦法所稱再利用，指事業將其事業廢棄物自行或送往再利用機構做為原料、材料、燃料、工程填料、土地改良、新生地、填土（地）或經本部認定之用途行為。
前項所稱再利用機構，指收受事業廢棄物從事再利用行為，且經政府機關登記有案之農工商廠（場）。
非屬本法第三十一條第一項經中央主管機關指定公告一定規模之事業，得自行於事業內再利用。屬公告一定規模之事業，於其事業廢棄物清理計畫書經主管機關核准後，始得於事業內自行再利用。
事業廢棄物經本部公告再利用者，事業及再利用機構得逕依公告之管理方式進行再利用。但經中央主管機關及其他中央目的事業主管機關公告得逕行再利用之事業廢棄物，事業及再利用機構得逕依其公告之管理方式內容進行再利用。
非屬前項公告再利用之事業廢棄物，應由事業及再利用機構共同提出再利用申請，經本部許可始得為之。
第一項經本部公告之事業廢棄物再利用種類及用途，有污染環境之虞者，本部得暫停其再利用，待原因消失時，始得解除之。
再利用許可之申請，由事業及再利用機構共同檢具下列文件一式十份，向本部為之：
一、再利用申請表。
二、事業及再利用機構共同申請意願書。
三、再利用運作計畫書。
前項第三款再利用運作計畫書內容，應包括下列事項：
一、廢棄物基本資料。
二、清運方式。
三、再利用方式。
四、污染防治計畫，包括再利用後衍生廢棄物之清理計畫。
五、再利用可行性相關佐證資料或國內外實績。
六、再利用產品品管及銷售計畫。
七、異常運作處理計畫。
八、緊急應變計畫。
九、其他經本部指定事項。
事業及再利用機構無前條第二項第五款之再利用可行性相關佐證資料或國內外實績者，得共同提出再利用試驗計畫申請表及試驗計畫，經本部核准後，進行再利用試驗計畫，並應於試驗計畫期間屆滿之次日起三十日內，檢具試驗結果文件，送本部審查；經本部審查同意者，事業及再利用機構得以試驗結果作為國內實績，依前條規定提出申請。
未依前項規定，於期限內送本部審查或經審查不同意者，再利用機構於試驗期間之產出物，應依本法第二十八條或第三十九條規定辦理。
第一項試驗計畫內容，應包括下列事項：
一、廢棄物基本資料、試驗數量及試驗期間。
二、再利用技術原理、設施及設備。
三、試驗方法、程序及步驟。
四、清運及再利用污染防治方式。
第五條之申請文件經審查合於規定者，應予許可，並副知事業、再利用機構所在地之直轄市或縣（市）主管機關及再利用機構之中央目的事業主管機關。
第五條及前條第一項之審查程序如下：
一、形式審查：由本部就申請文件內容進行書面審查。
二、實質審查：經形式審查通過之申請案，本部得邀集相關學者專家列席，必要時得進行現場勘查，並得委託私人、公立學校或專業機構辦理審查。
本部於受理第五條及前條第一項申請後六十個工作日內完成審查，情形特殊者，其審查期限得延長一次，延長審查期間以六十個工作日為限。
形式審查及實質審查之各次補正日數不算入審查期限內，且補正之總日數不得超過九十個工作日。
審查有下列情形之一者，駁回其申請：
一、申請文件經通知限期補正，屆期未補正。
二、申請文件補正之總日數超過九十個工作日。
三、再利用許可申請期間，曾因違反環保法令受限期改善而屆期仍未完成改善、按日（次）處罰鍰、停工、停業、勒令歇業、撤銷或廢止許可證（文件），或涉及刑事責任移送司法機關。
四、經實質審查，不具再利用可行性。
前條許可文件，應記載下列事項：
一、事業名稱、地址、負責人。
二、再利用機構名稱、地址、負責人。
三、再利用事業廢棄物種類（代碼）、名稱、許可再利用數量及用途。
四、核發日期及許可期限。
五、其他經本部規定事項。
前項第一款或第二款之記載事項有變更時，事業或再利用機構應自事實發生日起十五日內申請變更；第三款之記載事項有變更時，應依第五條規定重新申請許可。
許可文件毀損、滅失時，事業或再利用機構得向本部申請補發。
本辦法所核發許可文件之許可期限不得逾五年。事業或再利用機構於許可期限屆滿日前之三個月至六個月內，得向本部提出展延申請，每次展延不得逾五年。
展延申請文件內容，應包括下列事項：
一、廢棄物基本資料。
二、清運方式。
三、再利用方式。
四、污染防治計畫，包括再利用後衍生廢棄物之清理計畫。
五、再利用產品品管及銷售紀錄。
六、異常運作處理計畫。
七、原許可期限內，經所在地之直轄市或縣（市）主管機關稽查處分之改善情形。
八、緊急應變計畫。
九、其他經本部指定事項。
未於第一項規定期間內提出展延申請者，其許可文件逾期失效，不得從事再利用業務；如欲繼續從事再利用業務者，應重新申請許可。
事業或再利用機構依第一項規定期間提出展延申請，本部因故無法於有效期限屆滿前完成審查者，事業或再利用機構於本部作成准駁決定前，得依原核准內容繼續營運。
事業廢棄物除於事業內再利用者外，其送往再利用機構再利用前之清除，依下列方式為之：
一、事業自行清除。
二、再利用機構清除。
三、事業委託合法運輸業代為清除。
四、再利用機構委託合法運輸業代為清除。
五、委託領有廢棄物清除許可證之公民營清除機構清除。
事業於委託清除或再利用前，應先與再利用機構及公民營廢棄物清除機構或合法運輸業簽訂契約書，並妥善保存留供查核。
前項契約書，應附具事業廢棄物清理計畫書中之再利用檢核資料及廢棄物清除許可證或汽車運輸業營業執照文件影本，並記載下列事項：
一、事業廢棄物之種類、成分及清除或再利用量。
二、清除或再利用之工具、方法及設備。
三、再利用用途及再利用產品名稱。
四、契約書有效期限。
五、清除或再利用機構因故無法繼續運作時，對其尚未清除或再利用完竣之廢棄物處置方式。
事業對於事業廢棄物送往再利用機構之日期、種類、名稱、數量、再利用用途及再利用機構名稱，應作成紀錄。
再利用機構對於事業廢棄物收受日期、種類、名稱、數量、再利用用途、事業名稱、衍生廢棄物之處置及再利用期程，應作成紀錄。
前二項作成之紀錄應妥善保存三年，留供查核。
第一項及第二項紀錄之申報，依本法第三十一條第一項第二款相關規定辦理。
再利用機構之再利用產品銷售之流向、數量與前月底之庫存量等相關資料，應作成營運紀錄。
再利用機構之再利用產品未直接售予最終使用者，應將再利用產品經其他機構轉售至最終使用者之銷售流向及數量作成紀錄。
前二項作成之紀錄應妥善保存三年，留供查核。
再利用機構對於第一項之紀錄，應於每月十日前，主動連線至中央主管機關事業廢棄物申報及管理資訊系統，申報其前月再利用產品之營運紀錄。
再利用機構有下列情形之一者，本部得令其停止收受本部事業廢棄物進廠（場），並要求其限期改善：
一、再利用產品，未依許可文件內容貯存。
二、再利用產品庫存量超出前六個月之累積產出量。但庫存量經本部同意者，不在此限。
三、再利用設施故障或異常，未能於三十日內或本部核准完成再利用期限內完成修復。
四、再利用機構未依前項規定進行申報作業。
再利用機構生產再利用產品及清理再利用後之衍生廢棄物，應依下列規定辦理：
一、再利用產品之規格、品質及用途應符合國家標準、國際標準或該產品相關之使用規定，並於事業廢棄物清理計畫書資料中載明。
二、許可文件內容規定限制用途之再利用產品，應於產品包裝或盛裝容器明顯處，標示使用限制及其他注意事項之警語。
三、再利用後之衍生廢棄物應依本法相關規定清理。
再利用機構再利用事業廢棄物，應於收受事業廢棄物後三十日內完成再利用，其因特殊原因無法完成者，應敘明原因報本部同意後，再報再利用機構之中央目的事業主管機關及所在地之直轄市或縣（市）主管機關備查，並副知中央主管機關。
取得再利用許可之事業或再利用機構有下列情事之一者，由本部撤銷或廢止其許可：
一、申報資料內容與事實不符。
二、未依許可文件及計畫書內容進行再利用。
三、許可期間內違反第八條第二項、第十二條、第十三條、第十四條規定，經本部限期改善，屆期未改善。
四、其他違法情形，經中央主管機關、本部或再利用機構之目的事業主管機關認定情節重大。
本辦法所定之申請文件格式，由本部定之。
事業廢棄物再利用涉及輸入輸出者，應依本法第三十八條規定辦理，不適用本辦法之規定。
本辦法自發布日施行。