本辦法依關稅法（以下簡稱本法）第五條第二項規定訂定之。
本辦法所稱關稅配額，指對特定之進口貨物訂定數量，在此數量內適用海關進口稅則所訂之較低關稅稅率（以下簡稱配額內稅率），超過數量部分則適用一般關稅稅率（以下簡稱配額外稅率）。
關稅配額之核配，由財政部為之，並得委任所屬機關或委託其他機關（構）辦理。
實施關稅配額之貨物適用配額內稅率者，依進口貨物先到先配或事先核配方式辦理。
依事先核配方式辦理者，得依下列方法核配關稅配額：
一、申請順序。
二、抽籤。
三、進口實績。
四、標售關稅配額權利。
五、其他經國際間約定或財政部會商有關機關認定之方法。
依前項規定核配關稅配額時，並得收取履約保證金或權利金。
實施關稅配額貨物適用之分配方式、分配期間、分配期數、開始與截止申請分配日期、核配方法、最低與最高總分配量、參與分配資格、收取履約保證金或權利金之類別及其他相關事項，由財政部會商有關機關後，於實施關稅配額日期前公告，並刊登政府公報；其屬事先核配者，應於開始申請分配日六十日前公告之。但公告之期間，國際協定另有約定者，依其約定辦理。
事先核配採分期分配方式者，應於每期開始申請分配日二十一日前公告該期分配數量。
關稅配額依本法第七十一條規定增加之數量，其核配方法、參與分配資格、履約保證金或權利金之收取、公告分配期間及其他相關事項，由財政部會商有關機關後公告之。
實施關稅配額，得考量國內特殊需要或依國際協定，對個別生產國家或地區訂定數量。
實施關稅配額之貨物，其原產地之認定，依進口貨品原產地認定標準辦理；必要時，海關得請納稅義務人提供產地證明文件。
依進口貨物先到先配方式核配關稅配額者，以進口日之先後順序核配關稅配額；同一進口日，其報關總數超過未使用數量時，按個別申報數量之比例核配關稅配額。
前項進口日，以裝載貨物之運輸工具進口日為準。但依本法第五十八條規定存儲保稅倉庫之貨物，以其申請出倉進口日為準。
依進口貨物先到先配方式核配關稅配額者，其報關數量達一定額度時，海關應公告，並俟財政部或其委任或委託之機關（構）分配作業完成後，再據以徵稅驗放；納稅義務人如有先行提貨之必要者，得按配額外稅率計算應納關稅之數額繳納保證金，申請驗放。
前項之一定額度，應於貨物適用之分配方式依第五條規定公告時，一併公告。
進口人未自裝載貨物之運輸工具進口日起十五日內，向海關辦理報關時，數量已核配完畢者，不得要求適用配額內稅率課稅。
依事先核配方式申請參與分配者，應於依第五條第一項公告之截止申請分配日前，檢具關稅配額申請書，載明下列事項，向財政部或其委任或委託之機關（構）申請核配：
一、申請人中、英文名稱、統一編號、地址及電話。
二、申請進口貨物稅則號別、貨名、數量、單位。
申請進口之貨物係依個別生產國家或地區訂定數量者，關稅配額申請書並應載明其原產地資料。
依事先核配方式核配關稅配額者，財政部或其委任或委託之機關（構）應於依第五條第一項公告之截止申請分配日起十四日內，公告獲配名單，並於核發關稅配額證明書時，收取履約保證金或權利金。
前項之權利金，除農產品部分作為農產品受進口損害救助基金之來源外，其餘部分繳歸國庫。
依第九條規定獲配之配額，得於關稅配額證明書有效期限內全部或部分轉讓。
前項之轉讓，應由權利人及受讓人聯名填具關稅配額申請書，並檢附下列文件，向原核配之機關（構）辦理，並按轉讓數量比例辦理履約保證金之移轉手續：
一、原關稅配額證明書。
二、雙方簽署之配額轉讓同意書。
三、雙方簽署之履約保證金移轉同意書。
原核配之機關（構）受理前項轉讓之申請時，得分別按轉讓數量及原關稅配額證明書所載數量扣除已進口與轉讓之餘量，重新核發關稅配額證明書；證明書之有效期限，同原關稅配額證明書所載有效期限。
權利人或受讓人於所持關稅配額證明書所載有效期限內全數進口，或扣除已轉讓之餘額全數進口後，得向原核配之機關（構）申請發還履約保證金。
不得依前項規定發還之履約保證金，未依前項規定得申請發還之履約保證金，未於得申請發還保證金之年度終了後五年內申請發還者，應繳歸國庫。
權利人或受讓人未進口餘量未達關稅配額證明書所載數量之一定比率者，得視為全數進口；其一定比率，於財政部依第五條規定辦理公告時一併公告之。
事先核配之配額，應於關稅配額證明書有效期限內整批或分批進口，由海關依關稅配額證明書所載數量驗明實到貨物後核銷之，並將核銷數量送原核配之機關（構）。
事先核配之配額，未能於關稅配額證明書有效期限屆滿前全數進口者，得於有效期限屆滿前檢附買賣合約及原關稅配額證明書，向原核配之機關（構）申請展期至當年關稅配額截止日。
事先核配採分期分配方式者，其每期獲配之配額，應於當期關稅配額證明書有效期限屆滿前全數進口，不得申請展期。但進口米及米食製品者，得依前項規定程序，申請展期至當年關稅配額截止日。
事先核配之配額，因天災、事變或其他不可抗力之事由，致運輸中斷或港口封閉，未能於關稅配額證明書有效期限屆滿前全數進口者，得於其原因消滅後十日內檢附相關具體事證，向財政部申請展期，並以因運輸中斷或港口封閉致無法運輸之期間為限。
依第九條獲配之配額，當年未核發關稅配額證明書或未辦理進口者，除已依前二條規定核准展期者外，財政部應辦理重分配，並於開始申請重分配日二十一日前公告。
前項重分配之申請參與分配、核配及關稅配額證明書之核發，依第九條及第十條規定辦理。
關稅配額證明書所載營利事業名稱、地址或電話如有更改必要者，得於證明書有效期限內，檢具原證明書正本及有關證件，向原核配之機關（構）申請核辦。
進口貨物適用事先核配之配額內稅率，進口人未能即時檢具關稅配額證明書而能補正者，得按配額外稅率計算應納關稅之數額繳納保證金，申請先行驗放，並於證明書有效期限屆滿前補辦手續；屆期未補辦者，依本法第十八條第三項規定沒入其保證金。
進口貨物未能適用關稅配額之配額內稅率者，進口人得依配額外稅率報關進口，或於海關放行前依下列方式辦理：
一、申請退運出口。
二、依本法第五十八條及保稅倉庫設立及管理辦法規定申請存儲保稅倉庫。
依本法第七十一條規定增加關稅配額數量之實施，除第五條第一項規定外，依本辦法規定辦理。
依本法第七十二條設定關稅配額之實施，依本辦法規定辦理。
本辦法自發布日施行。