漁業權登記應提出申請書，載明左列各款：
一、申請登記人之姓名或名稱、住所。
二、登記之目的。
三、登記之原因。
四、漁場所在地，漁業權之種類核准日期及文號。
五、曾經登記者，其原登記號數。
六、為抵押權登記者，其擔保債權之數額。
七、其他依本規則規定事項。
八、申請年月日。

申請登記案件，有左列各款之一者，應附證明文件：
一、為繼承登記者。
二、登記人姓名或名稱或其住所之變更或更正者。
三、共有漁業權人或共有入漁權人因死亡而除名者。
四、登記事項須經有關機關核准者。
五、登記事項須經第三人同意者。
六、抵押權之設定或註銷者。
七、由代理人辦理者。

申請為左列各款之登記者，應附漁業權執照：
一、漁業權之分割、合併、變更、限制或停止。
二、漁業權之讓與或抵押。
三、漁業權之繼承。

申請回復已主銷之登記者，如於登記上有利害關係之第三人時，應附具第三人承諾文件或足以對抗第三人之確定訴願決定書或判決書。

申請事件有左列各款之一者，應予駁回。
一、不在管轄範圍之內者。
二、不屬於應行登記之範圍者。

申請事件有左列各款之一者，主管機關應規定期間，通知申請人補正。
一、申請書未依第十二條之規定記載者。
二、申請書所載漁業權、抵押權或入漁權之表示，與原案或原登記不符者。
三、申請書所載登記人姓名或名稱或其住所與漁業冊不符者。但有第十三條第一款至第三款之情形者不在此限。
四、申請書所載事項與證明登記原因之文件不符者。
五、為第十四條各款之登記未附漁業權執照者。
六、未具備必要之文件者。
七、未繳納登記費者。

登記之順序，以申請書收到之先後為準。

左列各款，應就原登記附記之：
一、登記人姓名、名稱、住所之變更或更正。
二、共有漁業權人或共有入漁權人之變更。

前項附記，引用原事項號數，記載於事項號數欄，其號數左側註明附記某號，並於原登記之事項號數左側，註明附記某號。

漁業冊之事項欄有所記載時，應註明收文字號，年月日及登記年月日，記載完畢後加劃縱線，以與餘白分隔。

依據訴願之決定或行政訴訟之判決為更正登記時，於相當事項欄註明其事項、原因及年月日，並將被更正之事項以朱線塗銷之。

前項情形其更正涉及漁場時，應將新漁場圖編訂於漁場圖冊之末，記載其登記號數。另於原漁場圖訴明因更正編入某冊某頁，並以朱線塗銷原漁場圖。

漁業權為共有時，應於定置及區劃漁業權登記冊之漁業權人之姓名或名稱、住所欄記載代表人之姓名或名稱及住所，並加訴共有字樣。

為漁業權變更之登記時，除分割外，於漁業權事項欄記載變更事項，核准年月日及變更之原因，其被變更之事項以朱線塗銷之。但漁場變更時，應將新漁場圖編訂於漁場圖冊之末，註明登記號數，另於原漁場圖註明因變更編入某冊某頁，並以朱線塗銷原漁場圖。

漁業權因分割而為甲、乙兩個漁業權之登記時，對於乙漁業權，用新登記用紙，記載新登記號數於登記號數欄，並於其下方記載「由某號分割」字號，另將原漁業權登記用紙事項欄所載原漁業權之修正事項與乙漁業權有關係者轉載之。註明分割核准年月日及因分割轉載自某冊某頁。

為前項登記手續時，於原漁業權之登記用紙記載「分割出某號」字樣於登記號數之下。並將漁業權事項欄所載原漁業權之表示，修正為甲漁業權之表示，註明分割核准年月日，及因分割轉載於某冊某頁。

前二項規定，於漁業權之分割達二個以上者，準用之。

漁業權之抵押權及入漁權，於漁業權分割後，不論其以分割後之各個漁業權為其標的或以分割後之一個或數個漁業為其標的，均應於各個漁業權登記用紙之相當欄內分別記載之。

分割漁業權之漁場圖，應編訂於漁場圖冊之末，記載登記號數，另於原漁場圖註明因分割編入某冊某頁，並以朱線塗銷之。

依漁業法第九條至第十一條及第二十九條之規定為限制、停止、變更或撤銷之登記時，應於漁業權事項欄記載其事項原因及年月日，其停止有期間者，並記載其期間，為撤銷登記者，並應以朱線塗銷其原登記部份。

撤銷依漁業法第九條、第十條及第二十九條所為之限制或停止處分之登記時，應於漁業權項欄，記載撤銷原因年月日及文號；並將被撤銷部分以朱線塗銷之。

漁業權之限制、停止或消滅，應於登記原因發生之日起七日之內，聲明原因，申請登記。

不於前項所定之期間內為登記之申請者，主管機關應依職權逕行登記。

漁業權因消滅或撤銷而為註銷之登記時，應於事項欄記載其原因及年月日，以朱線塗銷其他登記部分。

為更新漁業權存續期間之登記時，於漁業權事項欄記載核准更新之年月日，更新之存續期間及核准文號。

申請入漁權之設定登記時，應於申請書記載左列各款。如訂有契約者，並應檢附契約：
一、入漁權人之姓名或名稱、住所。
二、入漁區域。
三、入漁之漁業種類。
四、入漁之漁獲物種類。
五、入漁時期。
六、入漁費額。
七、定有存續期間者，其期間。
八、定有漁法者，其漁法。
九、漁船、漁具及從業人之數目。
十、其他權利、義務事項。

前項登記，主管機關得命申請人附具漁場圖。

入漁權為共有時，應於入漁權登記冊之入漁權人之姓名或名稱、住所欄，記載代表人之姓名或名稱及住所，並加註共有字樣。

以數個漁業權為一個抵押權之標的者，應於各該漁業權登記冊之抵押權事項欄內，為設定抵押權之登記，並註明其他漁業權之登記號數，及共同為抵押權設定標的原因。

經前項登記後，如其中一漁業權為抵押權註銷之登記時，應於他漁業權所登記之抵押權事項欄，附記其抵押權消滅之原因，並以朱線塗銷其已消滅之登記事項。

有關漁業權登記事項，主管機關於登記完畢後發現錯誤或遺漏時，應即更正。並通知登記權利人及登記義務人。

登記權利人或登記義務人發現登記有錯誤或遺漏時，得申請更正。

有關漁業權登記事項於登記完畢時，應記載於漁業權執照背面記載欄。有利害關係人者，並應將登記事項予以通知。